施琅獲勝後並不急於繼續進攻，而是在澎湖“撫綏地方，人民樂業，雞犬不驚”，甚至派人撈救跳水未死的台軍官兵，使得台灣、澎湖軍民“莫不感泣，願內向”。與此同時，施琅建議朝廷“頒赦招撫”鄭氏，以爭取和平統一台灣，使台灣百姓免去刀兵之災。康熙帝也同意施琅的招撫政策。鄭克爽、劉國軒見施琅“無屠戮意”，也願意歸順。
7月31日，鄭克爽派人到澎湖施琅軍前請降，要求仍居台灣，“承祀祖先，照管物業”。施琅拒絕了他們的條件。
8月13日，施琅率領舟師到達台灣，劉國軒等帶領文武官員軍前迎接，各鄉社百姓亦沿途“壺漿迎師”，台灣終於實現了和平統一。9月17日，鄭克爽等遞送了正式的降書，並繳納了延平王等冊印。10月3日，施琅親往台灣，接受了鄭氏的歸降。從1662年上書請求收複台灣，至1683年統一台灣，前後共計20餘年。
清軍攻下澎湖以後，有人向施琅進言：“公與鄭氏三世仇，今鄭氏釜中魚、籠中鳥也，何不急撲滅之以雪前冤？”施琅卻說：“吾此行上為國、下為民耳。若其銜璧來歸，當即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之與有？”他還向鄭氏手下的人聲明，“斷不報仇！當日殺吾父者已死，與他人不相幹。不特台灣人不殺，即鄭家肯降，吾亦不殺。今日之事，君事也，吾敢報私怨乎？”
施琅到台灣後，果然不計前嫌，冷靜處理國事與家仇的關係，不但沒有誅殺一人，而且還到鄭成功廟祭拜，肯定了鄭成功開發台灣的貢獻，與鄭克等人“握手開誠，矢不宿怨”。他疏請減輕台民的賦稅負擔，妥善安置歸降的鄭氏官兵。
施琅收複台灣後，在清廷內部產生了一場對台灣的棄留之爭。許多大臣對台灣的戰略地位缺乏認識，竟然認為“日費天府金錢於無益，不若徙其人而空其地”。大臣中主張守台者隻有姚啟聖和施琅等少數人。在《恭陳台灣棄留疏》中，施琅力陳台灣戰略地位之重要性：台灣“乃江、浙、閩、粵四省之左護”，“台灣一地，雖屬外島，實關四省之要害”，“棄之必釀成大禍，留之誠永固邊圉”。施琅對西方殖民者覬覦台灣多年的情況有所了解，認為“紅毛”（西方殖民者）“無時不在涎貪，亦必乘隙以圖”，如果一旦讓其占有台灣，必定會以台灣作為基地，利用“精壯堅大”的戰艦進犯大陸沿海，“此乃種禍後來，沿海諸省斷難晏然無虞”，國家安全和領土完整將會受到嚴重威脅。
在隨後的幾次奏陳中，施琅還指出：台灣土地肥沃，物產豐富，交通發達，棄之未免可惜；“耕桑並耦，魚鹽滋生”，滿山遍野種植有各種竹木，“一切日用之需，無所不有”。還盛產木棉，“經織不乏”，“舟帆四達，絲縷踵至”，怎能拱手送人？由於施琅力主保留台灣，最終促成清政府在1684年設台灣府，隸屬福建省，駐兵1萬戍守。
康熙二十二年（1683年），中秋佳節，康熙帝召見了平台得勝歸來的施琅，“解所禦龍袍敕賜，親製褒章嘉許”，並封施琅為靖海侯，世襲罔替，令其永鎮福建水師，“鎖鑰天南”，並特準在澎湖大山嶼媽宮城內及台南城內樣仔林街建生祠，稱為“施將軍祠”。
康熙三十六（1697年），施琅卒於住所，葬在惠安黃塘虎窟口同聲地說康熙加贈太子少傅，諡襄壯，命官3次諭祭，並於泉州府學前建祠祀之。
在施琅的故鄉福建省晉江縣施琅紀念館中，有這樣一副對聯：“平台千古，複台千古；鄭氏一人，施氏一人。”