（一）專家輔助人資格的認定
《證據規則》第61條規定，當事人申請專家輔助人須得到法院的準許，由此產生法院對專家輔助人資格的審查與認定問題。考慮到專家輔助人屬新確立的製度，各地法院對專家輔助人資格一般均采取較嚴格的審查標準，進而要求其專家輔助人必須具有高學曆、高職稱或者權威的學術地位。我們認為，實踐中所采納的審查標準，已與專家輔助人特有性質相悖，其結果不僅導致當事人的訴訟權利受損，而且使包括對鑒定結論在內的案件事實的真實性失於審查。
司法實踐中對專家輔助人資格的審查標準錯誤地集中在學曆、職稱或者學術地位上是因為受到司法鑒定人資質條件的影響。對於鑒定人的資質，應適用嚴格的審查標準，保證司法鑒定的質量。但專家輔助人與鑒定人不同，其作用在於對案件涉及的技術問題進行說明，而知識產權案件所涉及的技術領域多為技術應用領域而非理論研究領域，其更多體現專業理論於實踐中的運用，因此實踐能力和經驗應當成為考察專家輔助人資格的最重要標準。
美國的立法可為我們提供借鑒。根據《美國聯邦證據規則》及其判例確定，考量專家證人的因素包括：特殊的技能和知識，受到的技能訓練和教育，經驗，熟悉鑒定適用的標準或者為該領域的權威，為專業組織或者協會的成員。考慮到美國有關專業組織和協會的特點，這五項幾乎全部圍繞專家的理論運用能力及經驗設定。由此，即使是專業的汽車修理工也可以成為專家證人。事實上，對於某一品牌車輛所涉及的技術問題，汽車領域學術權威的了解程度遠不及長期與該品牌車輛打交道的專業技工。除此之外，專家輔助人此前的出庭經曆及相關評價亦是應當審查考慮的因素。即使是針對專家實踐能力與經驗的審查標準，亦應從寬把握為宜。聘請專家輔助人是當事人在案件所涉技術問題上實現訴訟對抗的重要措施，當事人對專家輔助人的選擇，尤其是某些特殊技術領域的專家的選擇餘地十分有限；同時中國的專家基於不願卷入紛爭的考慮，往往不接受當事人聘請其為專家輔助人的請求。由此，若對專家輔助人資格審查過於苛刻，將可能導致當事人無法找到“適格”的專家出庭，其結果勢必損害當事人的訴訟權利，並使剛剛創設的專家輔助人製度形同虛設。有觀點認為若降低專家輔助人資格審查標準，將可能誤導法庭對相關事實的認定。事實上，參加庭審的專家輔助人將受到包括審判人員（包括專家陪審員）、鑒定人、對方當事人（包括其聘請的專家輔助人）的詢問和質疑，這種擔心是不必要的。
（二）專家輔助人程序規則的適用
由於《證據規則》對“具有專門知識的人員”的性質並未確定，實踐中采用專家輔助人製度所遇到的問題之一就是對專家輔助人應適用何種程序規則。比如專家輔助人是否屬於證人，是否應當適用證人的相應程序規則（如申請期限、不得旁聽等等），對此各地法院做法各不相同。有些法院確定專家輔助人適用證人製度，不允許其旁聽案件審理過程，隻能出庭接受詢問；也有法院允許專家輔助人旁聽審理，並可對旁聽過程中了解的雙方技術觀點進行說明、分析和評價。
司法實踐表明，沒有必要將專家輔助人確定為證人，從而適用證人的全部製度，或者將專家輔助人排除於證人範疇之外，不適用證人的全部製度。因此我們建議結合專家輔助人的特點，構建獨立的程序規則，這裏有兩點需要討論。
首先，對於專家輔助人是否適用舉證期限的規定。《證據規則》第54條對當事人申請證人出庭的期限作出明確規定，即舉證期限屆滿前10日，但第61條卻沒有對申請專家輔助人明確期限。當事人申請專家輔助人出庭是否必須在舉證期限之內，甚至在舉證期限屆滿前10天提出？回答是否定的。如前所述，我國傳統民事訴訟法理論上的證人證言，均是“感知證言”，這種證言的特點在於訴訟開始時，哪些人對案件事實進行了“感知”已經是確定的，因此當事人可以根據其主張，在庭審前確定需要出庭的證人範圍並向法院提出申請。然而，專家輔助人的作用與此不同，其出具的說明事實上是“意見證言”。在經曆一定訴訟程序之前，當事人可能無法知曉對方的訴訟主張，因此無法確定案件的技術爭議焦點（如商業秘密案件，原告方可能無法判斷被告會提出哪些公知信息對其信息的秘密性進行抗辯）；同時專家輔助人的重要作用在於對鑒定結論進行分析、質疑，當事人亦無法在對方當事人申請鑒定之前對是否存在專家輔助人的需要進行判斷。因此，我們認為，可以結合審理案件的實際情況，在證據交換之後限定雙方當事人申請專家輔助人的期限；若案件涉及司法鑒定，則在鑒定結論送達當事人之後限定其申請專家輔助人的期限。這樣既可充分發揮專家輔助人的作用，又能避免當事人不必要的申請專家輔助人導致的訴訟資源浪費。其次，可以允許專家輔助人旁聽審理，這同樣是由於專家輔助人與證人對於法庭查明事實所起的不同作用決定的。傳統訴訟法確定證人不能旁聽案件整個審理過程的理由在於防止證人受到庭審的影響而喪失其證言的真實性。然而，專家輔助人與此不同，其作用是基於對案件事實、材料的分析，進行推理並作判斷性陳述。因此充分了解案情和對方關於技術問題的主張有利於專家輔助人的意見更加準確並且更具有針對性，這也是雙方當事人聘請的專家輔助人之間充分對質所需要的。