針對西安市中級人民法院受理被害人在侵犯知識產權刑事案件中提起附帶民事訴訟的做法，學術界、實務界的部分學者、法官表示了反對。他們的主要理由是：
首先，這種做法違背了現行法律及司法解釋的規定。依據最高人民法院2000年12月發布的《關於刑事附帶民事訴訟範圍問題的規定》第1條的規定：“因人身權利受到犯罪侵犯而遭受物質損失或者財物被犯罪分子毀壞而遭受物質損失的，可以提起附帶民事訴訟。”可以看出，人民法院並不對所有刑事案件都受理附帶民事訴訟，而隻受理下列兩類附帶民事訴訟：一是因人身權利遭受犯罪侵犯而遭受物質損失的案件，例如殺人、傷害、搶劫和綁架等案件中有物質損失的；二是因財物被犯罪分子毀壞而遭受物質損失的案件，例如故意毀壞公私財物等案件中有物質損失的。而裴國良案是侵犯商業秘密犯罪，其客體即商業秘密是智力成果，它既不屬於人身權利，也不屬於因財物被毀壞而遭受到的物質損失，因此不應屬於刑事附帶民事訴訟的受理範圍。同時，根據我國《刑法》第219條的規定：侵犯商業秘密行為，給商業秘密的權利人造成重大損失的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處罰金；造成特別嚴重後果的，處三年以上七年以下有期徒刑，並處罰金。以及我國刑法第64條的規定：“犯罪分子違法所得的一切財物，應當予以追繳或者責令退賠。”我國現行法律已經為知識產權受到侵害的被害人規定了相應的救濟途徑，如給國家造成的損失可通過適用財產刑挽回損失，給個人、法人造成的損失可通過追繳、退賠的方式解決，完全不需要被害人再去提起附帶民事訴訟。
其次，這種做法不利於被害人知識產權權利的保護。當今時代是一個社會化分工日益精細的時代，即使民事法官在審理知識產權案件時都需要有深厚的知識產權知識作為基礎，更何況刑事法官。受法院內部專業分工的限製，刑事審判庭的法官大多是審理刑事案件的專家，他們對刑事案件的審理非常精通，但一般缺乏民事審判特別是知識產權方麵紮實的專業知識和豐富的審判經驗，因此在審理較為複雜的知識產權附帶民事賠償案件時往往力不從心，這就容易在審理中忽視程序公正，從實體上損害被害人的利益，不利於被害人知識產權權利的保護。雖然刑事附帶民事訴訟製度能夠提高訴訟效率，節約司法資源，但“訴訟製度或程序真正永恒的生命基礎在於它的公正性。”斷訟效率的實現應當是在“滿足國家利益願望和公民願望之間實現。”
再次，這種做法會使刑事、民事案件的管轄權產生衝突。對於知識產權民事侵權案件，我國《民事訴訟法》實行的是集中管轄原則，一般由中級人民法院作為第一審。而依據《刑事訴訟法》級別管轄的規定，可判處有期徒刑十五年以下的刑事案件一般由基層人民法院作為第一審。加之侵犯知識產權犯罪是數額犯，數額是區分一種行為是侵犯知識產權犯罪還是一般民事侵權行為的重要根據。即隻有侵犯知識產權的數額達到一定量時，才能構成犯罪；如果達不到這一量，就是一般的民事侵權行為。如此一來，就可能出現基層法院在審理侵犯知識產權刑事案件中，對於附帶民事訴訟的審判超越了管轄權限，導致無權管轄。
最後，這種做法也不利於人民法院通過收取訴訟費用抑製部分被害人“濫訴”現象的發生。
到目前為止，盡管有關人民法院能否受理侵犯知識產權刑事案件中被害人提起附帶民事訴訟的爭論仍然很大，尚無定論，但這一爭論的理論價值和實踐價值卻是顯而易見的。“法律必須穩定，卻不能靜止不變，我們總是麵臨這一巨大的悖論。無論是靜止不變，還是變動不居，如果不加以調試和製約，都同樣具有破壞力。”