特麗莎離去後，托馬斯才意識到她是自己生命中不能沒有的人。托馬斯回到布拉格。但此時的布拉格已不是他們當初記憶中的樣子，布拉格是破碎，是迷宮，是謊言，是告密，是肮髒，是恐怖，是專製。電影在這裏完成了托馬斯作為一個知識分子的形象，他發表言論，他不妥協，不與強權合作，堅守自己的原則。回來的特麗莎發現布拉格並非她想象那樣，它似乎是一個巨大的陷阱。
又一次出軌的托馬斯讓特麗莎陷入內心的困境中，她對托馬斯說：“我知道你隻是肉體的放縱，你可以把愛和性分開，但我怎麼也不相信沒有愛竟然可以上床，對你而言是很輕的事情，我也想試試。”在憤怒和好奇心的驅使之下，特麗莎報複丈夫，她去找在小酒館給她留下好印象的工程師，但最後她發現那個溫情脈脈的工程師是一個滿腹陰謀的騙子警察。可憐的特麗莎，她想嚐試的肉體之歡是她生命中不能承受的重，這重在托馬斯那裏卻是輕的。備受煎熬的特麗莎又想逃離布拉格。托馬斯跟她說為了回來找她，護照被沒收了。布拉格再也待不下去，托馬斯和特麗沙選擇了鄉下耕種的田園生活。在恬靜的鄉下，托馬斯和特麗莎失去了他們心愛的狗，卻換回他們之間迷失多時的真正的愛。電影選擇他們在找回愛情之時讓他們死於車禍，這是令人惋惜的結局，但悲劇的結局卻如此令人震撼。
米蘭·昆德拉在小說中思考的是輕與重、靈與肉、性與愛等永恒的生命主題，他對人的生存境遇和存在本身進行了探尋。電影在動蕩的政治環境下講述人的情感和欲望，它闡釋的是當專製不斷入侵個人的生活與精神空間時對生與死、愛情與責任、道德與權勢的思考。顯然，“性”在這部電影中是導演要濃墨重彩敘述的主題，也正是這樣才有潑辣大膽的表演。“性”在布拉格之戀中是安慰也是反叛，是迷失也是冒險，是恐懼也是悲傷；是彼此的關懷也是水乳交融，是優雅和激情，是歡愉和閃耀。電影把性處理得輕盈是對沉重戰爭的消解。“性”在電影中是複雜的，但最美好的人生必須通過愛才能皈依，愛才是人生最後的歸途。
布拉格之戀的尾聲處理得異常優美，有著浪漫感傷的筆觸和自由深沉的氣息。電影鏡頭移到美國海濱正在畫畫的薩賓娜身上，這一天她收到一封來自布拉格的信：她生命中最親密的兩個朋友死了。那天，他們到一家小旅館喝酒跳舞，外麵下著雨，回去的途中刹車突然失靈……電影再次回到托馬斯和特麗莎相愛的場景裏去，仿佛回到最初他們在小鎮認識的時光，重拾生命中失落的愛。對於有愛的人們來說，不論經曆了怎樣的人生，愛並沒有遺忘。
電影的音樂有著令人心動的曲調，它拓展了映像留在我們腦海中的形象，進入布拉格豐富的詩意裏。小提琴和鋼琴飄蕩出愛的優美、盈動和感傷，又透露出布拉格春天來臨的信息，一條小路通向遠處，汽車在雨霧中行進，駛進一片白色的光中……