二是石窟的建築工具之謎。現代工程師利用現代機械化的工具，要想開鑿出80座石窟來，其工程難度和工程量也是非常艱巨的。可是，幾千年前石窟開鑿者是怎樣完成這樣龐大工程的設計、勘探、測量、照明、廢料運輸、地下抽水、排水等一係列難題的呢？用的是什麼工具，特別是切割洞頂和洞壁的工具是什麼？這讓我們非常困惑。石窟並行排列，並行的石室間隔僅50厘米，而且互不溝通，在當時的曆史條件下，又采用什麼方法來完成如此精確的測定？這麼多廢棄的石料都運到哪裏去了？有專家提出，從鑿洞的方式看，是逐層下剝，采用斜鑿的方式把岩石和岩體剝離。石窟緊靠衢江，可能通過船隻運到了外地。如果是這樣，也應該有堆積如山的廢棄石料，可是人們至今沒有發現一點蛛絲馬跡。
三是石窟建築的用途之謎。洞中有鳥、馬、魚的石雕圖案和閃電狀刻紋，表達什麼意思？有的專家在查閱縣誌時發現明代一幅叫《翠岩春雨》的畫，畫中描繪了衢江邊一個用來作倉庫的人工石洞。據此，有人提出了龍遊石窟的“地下倉庫說”。有的專家提出開鑿的工具應當是青銅器，時間大致定在春秋時期，而當時發生了吳越之戰，越國戰敗後越王勾踐藏匿深山打造兵器，訓練士兵，有人指出石窟可能就是用於藏兵練兵的地方。這就是“藏兵說”。有的還提出了“地下宮寢說”、“道家福地說”、“伏龍治水說”、“巨石文化說”，甚至“外星文明說”等。
四是石窟還有謎中謎。石窟數量究竟有多少？石窟曾是石背山上的明代古刹竹林禪寺的放生池，放養了許多魚鱉，為什麼抽幹水以後一條魚或鱉都沒有發現？它們為什麼會“集體失蹤”？如此龐大的工程，史書、方誌以及典籍為什麼沒有隻言片語的記載，甚至連民間傳說也沒有？這一切都讓人費解。
謎，是一種資源，千年之謎，更是神秘之至，讓黑暗的石窟世界也魅力無窮。
“小檔案”
在安徽黃山市屯溪東郊花山也有一座罕見的石窟遺址，有36座石窟呈現線形分布於屯溪下遊南岸的群山之中，布線總長約5公裏。專家根據石窟內一處石壁上長著的鍾乳石考證，該石窟群開鑿於晉代以前，距今至少1700年。花山謎窟規模宏大，構思奇巧，堪稱中華一絕。石窟裏有“石房”、“石床”、“石橋”、“樓中樓”等奇觀，洞內套洞，洞下有洞，而且還有明池、暗井等。花山石窟也給世人留下了許多不解之謎。如：石窟開掘出的石料運到了哪裏？什麼時代開始開鑿石窟？為什麼要開鑿這樣規模宏大的石窟？有的說開鑿石窟是為了采石，有的說是為了屯兵，有的說是為了修陵墓，還有的說是徽商的糧鹽倉庫，等等。還有洞內的潭水來自從哪裏？如果是洞門前新安江的水，為什麼洞內水位要低於江麵2米？如果不是，又來自哪裏？一係列謎團無人能夠解答，有人甚至提出了“天外文明”的假說。