四是神秘的灰燼或炭跡。兵馬俑是秦始皇陵墓中的一部分，那是一支8000兵馬的部隊。他們依次排開，麵朝東方。這些陶俑神態各異，栩栩如生。在發掘中，人們發現一、二號俑坑裏的木結構全部被燒成了灰燼或炭跡，甚至連陶俑、陶馬的彩繪顏色也被燒掉了。那麼，為什麼會在地下俑坑裏出現大火？有的說是項羽所為，可是，史書上隻記載他縱火燒毀阿房宮，並沒有燒毀陵墓的記述；有的說是地下陵寢中產生了沼氣，發生了自燃現象；有的說是秦朝人在祭祀時不慎惹起了一場大火，造成了一場不該有的災難。但是，這些灰燼或炭跡到底是什麼大火造成的，仍然查不出原因來。
五是神秘的寶劍。在兵馬俑中，人們看到了秦始皇使用的一把寶劍，長達91厘米，彎曲45度也不會折斷。雖然經過了千年的風雨，它還是寒光逼人，一疊19張厚的紙隻要輕輕一劃，就能劃透，可見其鋒利無比。在青銅時代，鑄劍的關鍵是在冶煉時向銅裏加入多少錫。錫少了，劍太軟；錫多了，劍硬，但容易折斷。秦劍做的化學定量分析顯示：它的銅錫配比讓青銅劍的硬度和韌性結合得恰到好處。經過科學家測定，劍的表麵還鍍上了2%的鉻來防鏽。可是，世界上最早用鉻鹽氧化來防鏽的記載是1937年德國人所發明的。那麼，2000多年前的中國是怎樣獲得這一“專利”的？真有這樣的技術嗎？如果沒有，這把寶劍為什麼不生鏽，表麵上為什麼會有鍍鉻？
六是神秘的秦始皇遺體。20世紀70年代中期長沙馬王堆出土漢墓“女屍”，其屍骨保存之完好舉世罕見。21世紀初，江蘇連雲港市出土的漢代女屍，也恍如生前，皮膚竟然有一定的彈性。這讓世界震驚。那麼，秦始皇的遺體能不能完好地保存下來？從遺體保護技術上分析，相距秦代不足百年的西漢女屍能很好地保護下來，秦代也應具備保護遺體的防腐技術。可是，秦始皇死在出巡途中，而且是酷暑，當時屍體就發出了熏人的腥味，是用鮑魚放在屍體邊上以混淆嗅覺的。最後能不能有特殊技術讓秦始皇的屍體“臭而不腐”呢？這也是一個謎。
以上神秘的謎團，也隻是秦皇陵眾多謎團的冰山一角。電影巨星成龍在他的力作《神話》中將秦始皇陵想象成了一個無重力的世界，可見，秦始皇陵對於世界來說仍然是一個未知的“神話”。
“小檔案”
古代帝王生前造陵並非秦始皇的首創。早在戰國時期諸候國王生前造陵已蔚然成風。如趙肅侯“十五年起壽陵”（《史記·趙世家》）。還有平山縣中山國王陵墓也是生前營造的。秦始皇隻不過是把國君生前造陵的時間提前到即位初期，當他13歲剛剛登上秦王寶座時，陵園工程也隨之開始了，直至秦二世繼位又修建了一年多才基本完竣。第一位記錄秦始皇陵的是史學大師司馬遷。他在《史記》中記載始皇陵“墳高五十餘丈。”以當時的尺值折算其高度在115米左右。1961年，當地文管部門測量的高度是43米。1982年，某部工程兵再次對陵墓封土進行了測量，測得結果是墳高55.05米。這一結果與後來航空測量的海拔高度相近。可見2000餘年來的水土流失，封土高度比原來已下降了二分之一多。神秘的秦始皇地宮曾引起了華裔物理學家丁肇中先生的興趣。他利用現代高科技與陳明等三位科學家研究撰文，推測秦陵地宮深度為500至1500米。雖然這個結果誤差很大，但是首開利用現代科技手段探索秦始皇陵奧秘的先河。根據最新鑽探資料，秦陵地宮並沒有人們想象的那麼深。實際深度應與芷陽一號秦公陵園墓室深度接近，地宮坑口至底部實際深度約為26米，至秦代地表最深約為37米。當然，是否如此還有待將來的進一步挖掘驗證。