元豐八年（1085）三月，支持新法的宋神宗去世。十歲的幼子哲宗趙煦繼位，英宗妻高後以太皇太後垂簾聽政，起用司馬光為相，反變法派人物紛紛上台，政局發生逆轉。蘇軾從登州知州入京，任禮部郎中，又轉起居舍人（皇帝侍從官），二十天內連升幾級，可謂仕途順遂。然而，反變法派的高官厚祿並沒有換來蘇軾對他們的忠誠。
司馬光當政後，打起“以母（高後）改子（神宗）”的旗號，全麵廢除新法，一切回到熙寧以前的原樣。這是所謂“元佑更化”時期。
蘇軾對司馬光等人“專欲變熙寧之法，不複校量利害，參用所長”的倒行逆施，表示極大的不滿和憂慮：“深慮數年之後，馭吏之法漸寬，理財之政漸疏，備邊之計漸弛”（《辯試館職策問劄子二首》之二），將會導致不堪設想的後果。元佑元年（1086）三月，他和司馬光之間就免役法的存廢問題展開了激烈的爭論。司馬光指責免役法有使“上戶”“出錢比舊費特多”等五大罪狀，蘇軾分析說：“差役、免役各有利害：免役之害，掊斂民財，十室九空，錢聚於上而下有錢荒之患；差役之害，民常在官，不得專力於農，而貪吏猾胥得緣為奸。此二害輕重，蓋略相等。”這個分析是頗為中肯的。
但他不是不加軒輊。他接著說，免役法相當於前代的募兵製：“農出穀帛以養兵，兵出性命以衛農，天下便之。使聖人複起，不能易也。今免役之法，實大類此。”（同上）他和司馬光在政事堂（最高行政機構中書省的辦公處）爭論不休，對司馬光的頑固態度極為憤慨，“連呼曰：‘司馬牛，司馬牛！’”（蔡絛《鐵圍山叢談》卷四）九月，司馬光死，他繼續上疏“極言衙前（差役的一種）可雇不可差，先帝（神宗）此法可守不可變”（同上）。後來他還具體指出免役法對“中戶”的好處：“差役之法，天下皆雲未便。昔日雇役，中戶歲出幾何？今日差役，中戶歲費幾何？更以幾年一役較之，約見其數，則利害灼然。而況農民在官，吏百端蠶食，比之雇人，苦樂十倍。”（《宋史紀事本末》卷四三，參看蘇軾《論役法差雇利害起請畫一狀》）元佑二年（1087）蘇軾在回憶這場論爭時說：“（司馬）光既大用，臣亦驟遷，在於人情，豈肯異論。但以光所建差役一事，臣實以為未便，不免力爭”（《乞郡劄子》），說明他是從利國“便”民的原則出發的，而不是看風使舵、徇從私情。這場論爭規模不小，在一些維護免役法的人物如蘇轍、範純仁、範百祿、李常等人中，蘇軾是較為激進的一個。當時人孫升說：“若欲以軾為輔佐（宰相），願以安石為戒”，簡直把他看作第二個王安石了。
司馬光死後，蘇軾又和程頤發生矛盾。程顥、程頤兄弟是洛陽人，蘇軾、蘇轍兄弟是四川人，所以曆史上稱為“洛蜀黨爭”。當時程頤任崇政殿說書，為皇帝講書；蘇軾任翰林侍讀學士，是皇帝的侍從官，也有講書之責，官位比“說書”高。程頤講究“尊師重道”的一套“古禮”，給皇帝講書，堅持在殿上坐講，儼然以師道自居；蘇軾認為不近人情，加以譏誚。司馬光死，官員們正好參加一次明堂慶典後要去吊唁，程頤以一天之內又歌又哭，與“古禮”不合，認為不可；蘇軾嘲笑程頤“此乃枉死市叔孫通所製禮也”，於是“眾皆大笑，結怨之端，蓋自此始”。這樣看來，蘇程不和似起於細故，並不涉及國家大政的爭論，但他們的思想誌趣確有不同：蘇軾說他“素疾程頤之奸，未嚐假以色詞”（《杭州召還乞郡狀》，又見《再乞郡劄子》）。程頤指斥蘇軾有縱橫家捭闔的習氣。服膺二程的朱熹說蘇軾“他好放肆，見端人正士以禮自持，卻恐他來點檢，故恁詆訾”，又說蘇軾要“打破”程頤所奉行的“敬”字。（《朱子語類》卷一三〇）
但是，封建官場中派性傾軋的積習太深了，他們各自的門人互相攻訐，愈演愈烈。元佑元年（1086）十一月，蘇軾為試館職而出的一道試題中說：“今朝廷欲師仁祖（仁宗）之忠厚，而患百官有司不舉其職，或至於媮；欲法神考（神宗）之勵精，而恐監司守令不識其意，流入於刻”（《策問·師仁祖之忠厚，法神考之勵精》），這本來頗為準確地概括了仁宗、神宗兩朝施政方針的不同特點，但洛黨左正言（諫官）朱光庭等卻認為“謗訕先朝”而加以彈劾。後洛黨右司諫（諫官）賈易等首先以“蜀黨”之名攻擊對方。接二連三的彈劾使蘇軾又不安於朝，“二年之中，四遭口語”，“臣若不早去，必致傾危”（《乞郡劄子》），經過一再請求，他才獲準出知杭州。但洛蜀兩黨之爭，整整延續了六七年之久，給蘇軾的生活道路蒙上了嚴重的陰影。