大陸沉沒導致海平麵的上升，肆虐的洪水毀滅了人類在此之前發展出來的一切文明成果，在亞特蘭蒂斯科技的幫助下，瀕臨崩潰的地球重新恢複了穩定，劇變的氣候也重新回歸了正軌，幸存下來的人類不得不過上了茹毛飲血的原始生活。
守護者們就是在這個時候進入的人類社會，在他們看來，雖然罪魁禍首是那些卓金蟲族，可進入戰爭的亞特蘭蒂斯人已經破壞了不幹涉其他文明發展的準則，人類社會有今天的遭遇，與這場曠日持久的戰爭是分不開的。
既然規矩已經被打破，就沒有必要再死守那些已經被打破的規矩，守護者們決定通過一種潛移默化的方式，將亞特蘭蒂斯先進的文明成果逐步的傳授給人類。
術業有專攻，這句話說的一點都沒有錯。即使是擁有巔峰科技的亞特蘭蒂斯人也無法做到精通所有的領域，分散到世界各個角落的守護者隻能將自己所精通的領域通過不同的代理人傳播給人類。
他們預想的是，讓不同地區的人類學習並發展不同的領域，再通過代理人之間的聯係將整個世界聯係在一起，從而使人類可以更快的繼承亞特蘭蒂斯的一切。
可惜，亞特蘭蒂斯人的一廂情願再次使他們犯了一個更嚴重的錯誤。其中一個守護者將太極圖騰帶到了黃皮膚人種聚居的區域，並將太極圖傳授給了他經過長時間觀察選出來的代理人——伏羲。
伏羲並沒有讓守護者失望，在他的努力下，華夏文明開始崛起，在太極圖的指引下，華夏文明在農林牧漁各個領域齊頭並進，都取得了長足的進步，其隨後的代理人更是帶領華夏文明戰勝或者同化了周邊的南蠻、西戎、東夷等強敵，成為了雄霸一方的霸主。
其他的守護者在各個地區也取得了不俗的成績，古希臘專注於建築、藝術、冶金、釀酒以及自然科學等領域，而西亞中東地區的守護者則更關注精神領域的建設，美洲大陸的守護者則肩負了記錄曆史的重任。
自私是任何生物都無法回避的問題，隨著智力越來越高，自私這種負麵情緒也就變得越來越不可琢磨。守護者之所以選擇代理人，是因為他們需要更多的時間去尋求解決卓金蟲族遺禍的方案，可這樣做的結果是，代理人擁有的能力遠遠超過了他們所能承擔的責任。
戰爭，在不同的代理人之間展開，幾個同源不同路的文明爆發了激烈的衝突，文明融合開始了，可這個過程卻不是守護者們所希望的那樣和諧美好。
為了停息這無休止的戰爭，幾個守護者終於再次聚首，坐下來一起商討如何解決這些問題。會議的初衷是好的，可結果卻是一個悲劇，幾個守護者竟不歡而散，負責非洲區域的守護者更是直接退出了守護者聯盟，獨自一人乘坐飛船踏上了回歸之旅。
這次不愉快的會議在守護者心底埋下了不和的種子，當不和的種子生根發芽後，生長出來的就是仇恨與厭惡。