焦竑是晚明重要的思想家。與修國史，編有《國朝征獻錄》《國史經籍誌》，在儒家經典的收輯和解釋權上，具有無可比擬的地位。老壽而博學，又曾任皇太子的教育重任，可說在儒林中位望俱尊。故連不甚讚同他學問的黃宗羲，在《明儒學案》中也不得不說“弱侯自是真人”。可是，這樣一位學者，隻因他之好講佛學，乃不得不受某些儒家陣營裏的人士所指摘。特別是他與李贄的交誼，使得討厭李贄的人不免遷怒於他，謂其為狂禪，並認為他是用佛說解釋儒學。當然，這樣的評價在近代是翻轉過來了。“五四”運動以後，晚明成了“五四”在曆史上的精神投射對象，李卓吾等人成為“中國先進知識分子對於封建禮教與經學的長期壓迫所做的反抗”，是自由意識的醒覺，是獨立人格的建立。焦竑也被列入這個所謂反官學的係統中，視為泰州學派的同調。但在這種“愛屋及烏”的做法中，焦竑不過是個配角，很少有人真正研究焦竑的思想與主張。
但在李卓吾等人眼中，焦竑是極受推崇的人物。李卓吾自述：
“宏甫之學，雖無所受，其得之弱侯者亦甚有力。”（《續焚書》卷二）公安三袁亦受焦竑啟迪甚大，袁中郎曾說：“自餘山居七載，再遊南北，一時學道之士，俱落蹊徑。至白下，晤焦先生，使人複見漢官威儀。有來詢者，餘曰：‘焦先生，洪鍾也，試往叩之。’夫使海內人士無誌大乘則已，若也生死情切，則幸及此二老尚在，痛求緘箚。餘非阿私所好者，蓋餘參學二十年，而始信此二老及自謂不至誤人。”（卷五四《書念公碑文後》）二老，指焦竑與李贄，可見焦氏在他們這批文人心目中之地位。
不過這也不能簡單地就解釋為李贄、袁中郎等人均受到了焦竑之影響，更不能遽謂焦袁等人思想一致。焦竑在其生活圈中，確有巨大影響和崇高之地位，然其生命關懷及思想內容，與李卓吾等人未必相同。例如他不像李氏那樣，徑行削發出家，也不講淨土。由禪宗轉入淨土的思想轉折，對他來說並無意義；吸收禪學以言三教合一，其功能亦與袁中郎不同。就中郎言之，吸收禪學最重要的意義在於破執去縛，對焦竑來說則否。焦竑采取佛教法性論之作用，旨在說明性空，以破生死生滅之心，故強調見性。至於廣泛采擷道教言說並參酌轉化之，李卓吾、袁中郎等無此興趣，亦無此學力，更足以看出焦竑的特殊性。
由最後這一點來看，也可以發現：時代事實現象的存在，對學者來說，意義殊不相同，有時可能隻是“無所覺察的存在”。
例如明末道教之風氣雖然如此興盛，如前第三、四節所述，帝室風靡於求仙，社會上亦流行各種丹法道派，可是當時論三教合一者，卻有許多人不太討論道教的問題，或隻是虛說道家道教；論三教合一時，也隻把重點放在爭辯儒佛之異同上。對他們來說，道教之存在，實為無所覺察的存在，等於不存在一般。
造成他們對某些現象無所覺察的原因，並不是當時佛教比道教更健全更高明，故吸引了學者的眼光，而是學者本人的基本關懷影響了他的眼耳心誌。在焦竑當時，高僧雲棲祩宏曾在《竹窗三筆》中大力批判當時佛教界僧人務雜術，“有作地理師者、作卜筮師者、作風鑒師者、作醫師者、作女科醫藥師者、作符水爐火煉師者”“有手持緣簿如土地神前之判官者、有魚擊相應、高歌唱和、而談說因緣如鼓目師者；有扛抬菩薩像、神像而鼓樂喧填、讚勸舍施如歌郎者；有持半片銅鐃，而鼓以竹箸，如小兒戲者”（《蓮池大師全集》卷四《雲棲法彙》）。可見明末佛教界事實上也極為腐敗，未必好過道教。然而，這些腐敗的現象，對焦竑不構成意義，他也不討論這些問題。對晚明興起的另一種反方向的佛教學術化風氣，即唯識學，他同樣不太關心。
關心，對了，研究時代與思想的關聯，不是從該時代有何現象，而此現象如何關聯著思想家之思維來討論的，而是要探索該思想者究竟關心什麼問題，由這個關切點上去追究他如何關聯於其時代。
以焦竑來說，他不太談唯識。可是當時如真可、德清、紫柏都以禪宗而兼弘唯識。焦竑之不隨風氣，原因可能就在於唯識學與他關心的問題不甚幹切。唯識旨在說明人生和宇宙的原因，焦竑則隻關心如何滅識。故講了緣生無自性之後，便接之以心性本淨之說，要求轉不淨無明煩惱惑染諸識為清淨心。同理，淨土家在晚明也很興旺，雲棲祩宏、無盡傳燈、蕅益智旭諸大師外，李卓吾、袁中郎皆精嫻其法門。但對焦竑來說，淨土代表生命最後之依托，而他則不必再有這樣的依托，隻要歸根複命、明心見性就足以滿足他的生命之關懷了。