其宗趣，便是前文所說：對禪宗流弊之矯正。由今日所存文獻來看，晚明實乃禪宗大盛之時，自萬曆元年（1573）到明亡（1660）數十年間，所出禪史、語錄、輯本、注釋、編撰，凡五十種，達三八六卷，比曆史上任何一個時期都多。且不僅著作多，著名的禪師和居士也甚多。因此看起來確乎極一時之盛。可是從當時人著作中感覺到的，卻又截然相反，普遍對此禪風流行之景況感到憂慮，智旭即其中代表人物。他提倡“教”以矯禪門隻重“觀”之弊，繼而說教下本亦有觀，唯識之觀，遣相證性，俱詳前文。他又說聞唯識理、發菩提心，便可精進以達究竟。以此為《成唯識論》爭地位固然是個原因，但他之所以如此說，亦表明了他的修行觀根本不同於禪宗。他借《成唯識論》來闡發的這一套修行理論，即是要對治禪宗的。
智旭當時，曹洞臨濟兩宗激烈爭論法脈，智旭就不讚成，說：
“大迦葉、目犍連等皆俗氏也。阿難陀、莎伽陀、阿那律等，皆俗名也。出家證果，當時鹹以此稱之，後世亦以此傳之，然則別命法名，已非律製矣，況法派乎？”（《靈峰宗論》卷五《法派稱呼論》）“謂之見之聞之則可，謂以是相傳，可乎哉？”（同上《儒釋宗傳竊議》）不讚成禪家講法脈心傳。但這些批評尚非探本之說。探本者，謂其根本反對禪宗講頓悟也。《唯識心要》卷十有跋語雲：
一心實相，悉是諸法。諸法所生，皆從現行善惡熏習，第八識含藏種子為因，發起染淨差別報應為果。若不細微剖析，問答抉疑，何由到一心總別之源、徹八識性相之際？古德謂提綱意在張網，不可去網存綱。故知理事雙明，方通圓旨，教觀齊運，始達一乘。又雲：若不因教所指，何由得識自心？設不因教發明，亦須憑教印可。若不然者，皆成自然外道、暗證禪師。
跋與序之功能類似，均有總括全書的意思。此處先是說唯識學辨析心法，可以讓人真正明白性相。再則說此種辨析非常重要，不通過它，徑去講圓說悟，就隻是外道或暗證禪師。話語中，完全不承認禪家所謂的明心見性、自悟自知。卷十又借《成論》說：
此初家答也。雖似有理而實籠統，無有的義。近時宗門及圓頓教，多墮此見。
理講得高、講得圓，在智旭看，恰好就是缺乏一番“細微剖析，問答抉疑”之力，故含混籠統，而且缺少教之發明與印證。奢言頓悟者，不但遺事去教，亦於唯識之理頗未通達。而廢修言悟，尤為他所不滿。卷九：
問曰：“上根之人，直達空有，皆不可得。當下安住唯識真勝義理，何須如此次第修習？”答曰：“汝今空有皆不可得六字，便是所取之名。妄謂我能直達，便是能取之識。暖位止觀尚未夢見，而言安住唯識勝義，夢語刀刀，此之謂也。汝若實證唯識性者，必應頓了唯識之相。
如六祖雖不識字，然於性相宗旨，無不通達。觀彼轉識成智八句偈義，何等透徹？乃至《法華》《涅架》諸經，一入耳根，便達奧義，豈似今人妄稱悟道，乃於教法粗疎鹵莽者哉？”
也就是說，六祖之悟，實與他精熟通達於教法有關。此呼應前麵引文所說“若不因教所指，何由得識自心；設不因教發明，亦須憑教即可”。講這些話，目的都在勸人勿貪圖禪宗那種頓悟、一超直入如來地的便捷法門，老老實實深入教法、次第修行。
他所說的次第修行，具體言之，即前文所引“由唯識性相而生信解”論五位那一大段。卷七又以九定為說，雲：
凡佛弟子，欲修滅盡定者，必依次第而修。謂先以覺觀淨除欲染，離生喜樂而入初禪，次以內淨舍離覺觀定生喜樂而入二禪。次更舍喜動喜離喜妙樂而入三禪。次更雙亡苦樂，舍念清淨而入四禪。次更滅色緣空，入無邊空處定，次更滅空緣識，入無邊四處定。次更滅識緣無所有，入無所處定。次更滅無所有，緣於非想非非想處入非想非非想定。次後了知此種極微細想，仍是有漏有為，即依此定，遊觀寂滅真無我理，伏藏第六心王心所，並伏第七識中俱生我執，令不現行，乃入此滅盡定。是故九次第定，此居最後。