愷撒一向軍紀嚴明，此次率軍回國，主要是向龐培興師問罪，所以一路上秋毫無犯，百姓們也很擁護他，使他兵不血刃，在短期內就占領了意大利北部的許多城鎮。
愷撒大軍開進了羅馬，城裏一片寧靜，沒有絲毫騷亂跡象。老百姓知道愷撒此來是向龐培和元老院興師問罪，不會影響他們的生活，這使愷撒非常欣慰。他清點國庫，並貼出安民告示。龐培的黨羽都跟著他逃亡去了，留下來的官員，愷撒讓他們恢複原職。愷撒羅馬人民見到這位雖是貴族出身，卻處處為平民著想的愷撒如今又重回羅馬，內心裏除了擁戴以外，更有一份熱望和期待。
龐培放棄意大利後，寄希望於他的海上部隊和隸屬於羅馬的東方各國國王、部落顯貴，企圖從希臘組織反攻。他在那裏集合了11個軍團、7000騎兵以及由600艘戰艦組成的艦隊。同時，龐培派駐西班牙的兩個將領在西班牙擁有重兵，仍不時從海上運送給養接濟龐培，使得龐培頑強抗拒，不肯與愷撒言和。愷撒決心來個釜底抽薪之計，使得龐培的接濟中斷，然後再來對付他。
就在當年的六月，愷撒親自率兵進入西班牙去攻擊龐培派駐的守軍，八月間，終於將之擊敗，主將阿富拉紐斯和培特留斯先後投降，愷撒收編了大部分的叛軍。
公元前49年12月，羅馬的議會一致決議將政權全部交給愷撒，並推舉他為獨裁官。但是愷撒主動放棄獨裁官的地位，而和賽維萊斯及依薩利庫斯共同擔任執政官，以保持羅馬傳統的政治精神，這是他第二次擔任執政官。
愷撒固然是一位親民愛民的政治家，但他更是一位卓越的軍事將領，具有無人可及的軍事才能。
龐培雖然已經逃到了南方，但愷撒始終覺得如芒在背，寢食難安，龐培一日不除，國家就難望統一。他和賽維萊斯及伊薩利庫斯商議對策，當下決定，羅馬暫時交由賽維萊斯及伊薩利庫斯共同管理，自己則率領軍隊去討伐龐培。
公元前48年1月，愷撒率軍向龐培的盤踞地——布隆迪休姆出發，龐培知道自己不是愷撒的對手，因此帶領部下乘船逃往希臘和小亞細亞去了。
愷撒雖然不費一兵一卒而取得了布隆迪休姆，卻沒有真正打擊龐培的有生力量，心裏很是不甘，他認為放虎歸山必然後患無窮，必須趁熱打鐵，於是就在布隆迪休姆征集大小船隻，率領先頭部隊渡過了愛琴海。
愷撒的部隊氣勢如虹，很快就攻占了奧利康和阿玻羅兩個重要據點，並俘獲了許多船隻和物資。隨後，他命令這些船隻開往布隆迪休姆，去接運陸續抵達的步兵和騎兵，不久，愷撒的主力部隊已經全部結集在東岸了。
當時，龐培擁有3.6萬個步兵、3000個弓箭兵、1200個投石兵、7000騎兵以及300艘戰艦。愷撒這方麵有3.4萬個步兵、1400個騎兵和百餘艘戰艦。論實力，愷撒比不上龐培，何況他千裏遠征，背海作戰，休息和給養都跟不上。
這一場戰鬥的勝敗關鍵，就在於信心和鬥誌。
龐培見到愷撒率師遠征，背海而戰，認為這是犯了兵家大忌，心中不免暗暗高興。兩軍在都拉基烏姆展開了陣地戰，雙方戰鬥非常激烈，龐培軍以他優勢兵力步步進逼，愷撒軍雖然拚死搏鬥，仍然屈居下風，傷亡頗重，不得不暫行撤退。愷撒很後悔自己在這荒野的海濱和敵人展開廝殺，由於補給的不足而影響了士氣。為今之計，必須先找到一處有充分給養的富庶地區，才能和龐培決一死戰。
這時候，他的一名部下向他進言說，前麵不遠就是一大片肥沃的平原，那兒有兩座城市，都很富足，何不將主力移往那邊，再作計較。
愷撒聽從了部下的建議，轉向法薩羅平原進軍，很順利地占領了那兩個城市，士兵們獲得充分的休息後，兵強馬壯，軍威大振，準備下一次的殊死戰。
龐培這方麵看到愷撒潰退，許多將領都勸龐培趁勝追擊，一舉消滅愷撒的殘部。但是龐培認為愷撒已成強弩之末，不足為患，等自己的部隊稍作休養、整補後再去追剿，還不是手到擒來嗎？此外，不是軍人出身的加圖見到戰場上的慘烈情況，也覺得於心不忍。因為死的都是自己的同胞，所以他也附和著說：“愷撒勞師動眾率軍遠征來攻打自己人，一來出師無名，二來給養困難，久而久之，他的部下必然心生怨懟，離心離德，誰還願意為他賣命？過不了多久，就是他的部下也會生起叛離之心，殺了愷撒來投奔我們的。我們且拭目按兵不動，拭目以待吧！”