更始遣侍禦史持節立光武為蕭王，悉令罷兵詣行在所。光武辭以河北未平，不就征。自是始貳於更始。
是時，長安政亂，四方背叛。梁王劉永擅命睢陽，公孫述稱王巴蜀，李憲自立為淮南王，秦豐自號楚黎王，張步起琅邪，董憲起東海，延岑起漢中，田戎起夷陵，並置將帥，侵略郡縣。又別號諸賊銅馬、大肜、高湖、重連、鐵脛、大搶、尤來、上江、青犢、五校、檀鄉、五幡、五樓、富平、獲索等，各領部曲，眾合數百萬人，所在寇掠。
光武將擊之，先遣吳漢北發十郡兵。幽州牧苗曾不從，漢遂斬曾而發其眾。秋，光武擊銅馬於□，吳漢將突騎來會清陽。賊數挑戰，光武堅營自守；有出鹵掠者，輒擊取之，絕其糧道。積月餘日，賊食盡，夜遁去，追至館陶，大破之。受降未盡，而高湖、重連從東南來，與銅馬餘眾合，光武複與大戰於蒲陽，悉破降之，封其渠帥為列侯。降者猶不自安，光武知其意，敕令各歸營勒兵，乃自乘輕騎按行部陳。降者更相語曰：“蕭王推赤心置人腹中，安得不投死乎！”由是皆服。悉將降人分配諸將，眾遂數十萬，故關西號光武為“銅馬帝”。
赤眉別帥與大肜、青犢十餘萬眾在射犬，光武進擊，大破之，眾皆散走。使吳漢、岑彭襲殺謝躬於鄴。青犢、赤眉賊入函穀關，攻更始。光武乃遣鄧禹率六裨將引兵而西，以乘更始、赤眉之亂。時，更始使大司馬朱鮪、舞陰王李軼等屯洛陽，光武亦令馮異守孟津以拒之。
建武元年春正月，平陵人方望立前孺子劉嬰為天子，更始遣丞相李鬆擊斬之。
光武北擊尤來、大搶、五幡於元氏，追至右北平，連破之。又戰於順水北，乘勝輕進，反為所敗。賊追急，短兵接，光武自投高岸，遇突騎王豐，下馬授光武，光武撫其肩而上，顧笑謂耿弇曰：“幾為虜嗤。”弇頻射卻賊，得免。士卒死者數千人，散兵歸保範陽。軍中不見光武，或雲已歿，諸將不知所為。吳漢曰：“卿曹努力！王兄子在南陽，何憂無主？”眾恐懼，數日乃定。賊雖戰勝，而素懾大威，客主不相知，夜遂引去。大軍複進至安次，與戰，破之，斬首三千餘級。賊入漁陽，乃遣吳漢率耿弇、陳俊、馬武等十二將軍追戰於潞東，及平穀，大破滅之。
朱鮪遣討難將軍蘇茂攻溫，馮異、寇恂與戰，大破之，斬其將賈彊。於是諸將議上尊號。馬武先進曰：“天下無主。如有聖人承敝而起，雖仲尼為相，孫子為將，猶恐無能有益。反水不收，後悔無及。大王雖執謙退，奈宗廟社稷何！宜且還薊即尊位，乃議征伐。今此誰賊而馳騖擊之乎？”光武驚曰：“何將軍出是言？可斬也！”武曰：“諸將盡然。”光武使出曉之，乃引軍還至薊。
夏四月，公孫述自稱天子。
光武從薊還，過範陽，命收葬吏士。至中山，諸將複上奏曰：“漢遭王莽，宗廟廢絕，豪傑憤怒，兆人塗炭。王與伯升首舉義兵，更始因其資以據帝位，而不能奉承大統，敗亂綱紀，盜賊日多，群生危蹙。大王初征昆陽，王莽自潰；後拔邯鄲，北州弭定；參分天下而有其二，跨州據土，帶甲百萬。言武力則莫之敢抗，論文德則無所與辭。臣聞帝王不可以久曠，天命不可以謙拒，惟大王以社稷為計，萬姓為心。”光武又不聽。
行到南平棘，諸將複固請之。光武曰：“寇賊未平，四麵受敵，何遽欲正號位乎？諸將且出。”耿純進曰：“天下士大夫捐親戚，棄土壤，從大王於矢石之間者，其計固望其攀龍鱗，附鳳翼，以成其所誌耳。今功業即定，天人亦應，而大王留時逆眾，不正號位，純恐士大夫望絕計窮，則有去歸之思，無為久自苦也。大眾一散，難可複合。時不可留，眾不可逆。”純言甚誠切，光武深感，曰：“吾將思之。”
行至鄗，光武先在長安時同舍生彊華自關中奉《赤伏符》，曰“劉秀發兵捕不道，四夷雲集龍鬥野，四七之際火為主”。群臣因複奏曰：“受命之符，人應為大，萬裏合信，不議同情，周之白魚，曷足比焉？今上無天子，海內淆亂，符瑞之應，昭然著聞，宜答天神，以塞群望。”光武於是命有司設壇場於鄗南千秋亭五成陌。
六月己未，即皇帝位。燔燎告天，禋於六宗，望於群神。其祝文曰：“皇天上帝，後土神祇，眷顧降命，屬秀黎元，為人父母，秀不敢當。群下百辟，不謀同辭，鹹曰：‘王莽篡位，秀發憤興兵，破王尋、王邑於昆陽，誅王郎、銅馬於河北，平定天下，海內蒙恩。上當天地之心，下為元元所歸。’讖記曰：‘劉秀發兵捕不道，卯金修德為天子。’秀猶固辭，至於再，至於三。群下僉曰：‘皇天大命，不可稽留。’敢不敬承。”於是建元為建武，大赦天下，改鄗為高邑。
是月，赤眉立劉盆子為天子。
甲子，前將軍鄧禹擊更始定國公王匡於安邑，大破之，斬其將劉均。
秋七月辛未，拜前將軍鄧禹為大司徒。丁醜，以野王令王梁為大司空。壬午，以大將軍吳漢為大司馬，偏將軍景丹為驃騎大將軍，大將軍耿弇為建威大將軍，偏將軍蓋延為虎牙大將軍，偏將軍朱祐為建義大將軍，中堅將軍杜茂為大將軍。
時，宗室劉茂自號“厭新將軍”，率眾降，封為中山王。
己亥，幸懷。遣耿弇率強弩將軍陳俊軍五社津，備滎陽以東。使吳漢率朱祐及廷尉岑彭、執金吾賈複、揚化將軍堅鐔等十一將軍圍朱鮪於洛陽。
八月壬子，祭社稷。癸醜，祠高祖、太宗、世宗於懷宮。進幸河陽。更始廩丘王田立降。
九月，赤眉入長安，更始奔高陵。辛未，詔曰：“更始破敗，棄城逃走，妻子裸袒，流冗道路。朕甚湣之。今封更始為淮陽王。吏人敢有賊害者，罪同大逆。”
甲申，以前密令卓茂為太傅。
辛卯，朱鮪舉城降。
冬十月癸醜，車駕入洛陽，幸南宮卻非殿，遂定都焉。
遣岑彭擊荊州群賊。
十一月甲午，幸懷。
劉永自稱天子。
十二月丙戌，至自懷。
赤眉殺更始，而隗囂據隴右，盧芳起安定。破虜大將軍叔壽擊五校賊於曲梁，戰歿。
二年春正月甲子朔，日有食之。大司馬吳漢率九將軍擊檀鄉賊於鄴東，大破降之。庚辰，封功臣皆為列侯，大國四縣，餘各有差。下詔曰：“人情得足，苦於放縱，快須臾之欲，忘慎罰之義。惟諸將業遠功大，誠欲傳於無窮，宜如臨深淵，如履薄冰，戰戰栗栗，日慎一日。其顯效未酬，名籍未立者，大鴻臚趣上，朕將差而錄之。”博士丁恭議曰：“古帝王封諸侯不過百裏，故利以建侯，取法於雷，強幹弱枝，所以為治也。今封諸侯四縣，不合法製。”帝曰：“古之亡國，皆以無道，未嚐聞功臣地多而滅亡者。”乃遣謁者即授印綬，策曰：“在上不驕，高而不危；製節謹度，滿而不溢。敬之戒之。傳爾子孫，長為漢藩。”
壬午，更始複漢將軍鄧曄、輔漢將軍於匡降，皆複爵位。
壬子，起高廟，建社稷於洛陽，立郊兆於城南，始正火德，色尚赤。
是月，赤眉焚西京宮室，發掘園陵，寇掠關中。大司徒鄧禹入長安，遣府掾奉十一帝神主，納於高廟。
真定王楊、臨邑侯讓謀反，遣前將軍耿純誅之。
二月己酉，幸修武。
大司空王梁免。壬子，以太中大夫宋弘為大司空。