軍隊作為政權的支撐，清廷本來是將其嚴格控製在滿人手中的。“滿洲軍隊稱八旗兵，為國家武力主幹，全國各軍事要地，都派八旗兵駐防。下麵的綠營，說是中國軍隊，實際上率領綠營的將領還都是滿洲人”，後來為了對付太平軍，清廷號召各地舉辦團練即民兵，雖不能由滿人掌管，卻也設置團練大臣實施控製。曾國藩就是利用出任湖南團練大臣之便另起爐灶而組建的湘軍。因為他曾先後出任過兵部右、左侍郎，憑著他從理學家那裏學到的求知方法，深入了解到八旗、綠營這樣的正規軍已經腐敗透頂，不堪其用，並且已由堵剿太平軍的節節潰敗所證實，要想平滅太平軍，必須另外打造一支精悍敢戰的軍隊，於是他借鑒了明代抗倭名將戚繼光的經驗，暗中組建湘軍，其要害在於將正規軍的兵為國有改成兵為將有。所謂兵為國有，是軍隊與將帥分開，平素訓練有人負責，真正用時，卻另派大員統帶，致使兵與將之間缺乏默契而形不成戰鬥力。而兵為將有則是兵由將選，故此兵士隻知有將，不知有國，兵將之間靠各種親緣關係構築成層遞而上、私相隸屬的體係，如同宋代的嶽家軍、明代的戚家軍一樣，湘軍也基本上成了曾家軍。曾國藩組建陸軍是打著興辦團練的旗號偷偷進行的，組建水師則是奉旨而行，因為形勢嚴峻，亟需建造水師，而有關的各省巡撫對此不感興趣，曾國藩則趁機將差事攬到自己手上，最終打造出一支水陸兼備、船炮齊全、多達一萬兵將及七千夫役的湘軍。這如何讓清廷放心得下，便調貴州提督滿人布克慎進入湘軍，於內部監控，同時命湖廣總督滿人台湧與湘軍會師，從旁牽製，由於太平軍由鄂入湘，曾國藩不能及時赴鄂，致使這一計劃破產，鹹豐皇帝心生氣惱，終於抓住曾國藩在籌餉中的一件小事大發邪火，嚴加懲處，盡管“降二級調用”的處分要等幾天後才正式做出，但鹹豐皇帝下旨對曾國藩“交部議處”的消息早已不脛而走。
至於胡林翼受到猜忌，是因為他的手上也有一支親兵。在貴州剿匪時，胡林翼先是發現巡捕不可用，因為他們將盜匪視為自己的飯碗，盜匪若是被他們捕盡了，他們的財源也就斷了，故此他們絕不會真心捕盜，而是設法將盜匪藏匿起來。後來又發現官兵不可用，因為“賊行如鼠，兵行如牛，以牛捕鼠，必不可得”，而且“見盜在前，即拋棄槍械，即拚命先逃”，往往一個盜賊，追得上百名官兵狼狽逃跑，致使“官兵數萬，已成廢器，即令千人為營，而十賊可破”；豈止是無用，“甚至妄拿良善，無惡不作”；而且用兵的開銷，大得讓地方無法承受，曾有三千名官兵在黎平府駐紮三個月，就需要六萬到七萬個勞力為他們搬運行李。沒辦法，胡林翼隻好親自打造一支像雕鷹一樣凶猛迅捷的精幹隊伍，與曾國藩的湘軍一樣，都是取法於明代的戚家軍，是戚家軍的清代版。隻不過胡林翼的親兵僅有三百人，後來去湖北的路上發展為六百人，但問題的關鍵在性質而不在數量，畢竟是能夠由貴州帶往湖北，這無疑是基於它的私相隸屬性質，從而自然成了滿人的監督對象。
但是滿人青麐所奏並不確切。因為太平軍於安徽拿下廬州後，便把戰略目標鎖定兩湖，調水陸大軍三萬大舉進攻湖北，於黃州堵城大捷、迫使湖廣總督吳文鎔自殺後，又兵分三路，一路圍困武昌，一路經鄂中、鄂北，進逼荊州、襄陽，一路南征入湘。當曾國藩率湘軍離開衡州抵達湖南省城長沙時，太平軍已經從湖北進入湖南，占領了緊鄰湖北的嶽州，隨後一路南下，拿下了湘陰以及省城長沙以北的靖港和以西的寧鄉。這就是曾國藩在接到胡林翼在湖北金口的求救信後，派人送救援物資中途受阻無功而返的原因，無奈才令胡林翼趕往嶽州等候會剿，隨後又派他增援嶽州的平江，阻擊太平軍由湖北崇陽、通城一路南下，進而出兵崇、通。同時，曾國藩分撥兵馬，先後收複湖南寧鄉、湘陰、嶽州，將太平軍驅回湖北，可就在湘軍節節勝利之際，退出湖南的太平軍在另支人馬的有力增援下卷土重來。但是湖北巡撫青麐仍在企盼湘軍救援，因為隻探到曾國藩的前部已抵湖北境內，卻不知胡林翼本為曾國藩三路出兵中的一路，便上奏給鹹豐皇帝，而遠在北京的鹹豐皇帝一不知前敵形勢瞬息萬變，二不知胡林翼的具體行蹤，卻聽信青麐並不確切的一麵之詞，即嚴加責問，這就不能不讓曾國藩心中凜然。
曾國藩當然清楚自己所為不合朝廷軍製，甚至是對既有軍製的嚴重踐踏。但是他實在是沒有辦法。出於內聖外王的理想，出於誠意踐行的操守，曾國藩義無反顧。如今看到滿人青麐對胡林翼的檢舉以及鹹豐皇帝的責問，自是同命相憐，不過更多的則是慷慨濟世、勇於擔當的兩位英傑之間的惺惺相惜。故此，曾國藩不遺餘力地予以堅決保護，他立即上疏，愷切說明胡林翼未能赴鄂的理由，更格外提出極能打動鹹豐皇帝的兩個要點，一是“胡林翼之才勝臣十倍”；二是“將來可倚以辦賊”。此後，每逢胡林翼立有軍功，曾國藩都於奏折中奏明皇上，諸如上塔市大勝，通城、安化剿匪，收複常德郡城等，其中一句“所至皆愜民望”，褒意分明。而且在閏七月初九《胡林翼羅澤南隨同東征片》，以及十一月二十一日《調胡林翼來潯助剿片》中一再稱讚胡林翼“膽識絕人，威望夙著”，“識略冠時”，“才大心細，為軍中萬不可少之員”。