〇民國二十六年丁醜（1937年）二十一歲
春，《儒家之禮的理論》刊於安徽省立圖書館所編《學風》第七卷第一期，是為耕望發表的第一篇真正意義上的學術論文。
5月，錢穆的《中國近三百年學術史》由商務印書館出版。
是書述有清一代學術，遠追溯於兩宋，近討源於晚明東林，分十四章，以人為綱，自黃梨洲以迄康長素，跡其師承，踵其衍變，然後三百年間學術發展遞蟬之詳，如網在綱，粲然畢具。書末複有附表一通，於諸學者生卒年月、仕宦出處、師友交遊、著作先後，爬羅抉剔，一一備載。
入夏，中學畢業。耕望與同學結伴赴武漢，向三大學（中央、武漢、浙江）聯合招生會及中山大學招生會報考。因中學時代喜看人類學、民族學方麵的書，遂立誌今後從人類學的觀點研究中國古史。當時中山大學在人類學、民族學方麵成績較好，故初以中山大學曆史係為第一誌願。但至珞珈山後，見武大校舍宏偉壯麗，兼具幽靜自然之美，不禁心馳神往，遂改變誌願，以武大史學係為第一目標。
在安慶填大學報名表時，表中有家庭財產一項，耕望填寫了二千銀元。城裏學生從旁瞥見，輕蔑地說：隻二千元還要讀大學！
7月，盧溝橋事變。耕望考取武漢大學史學係，並獲安徽省公費資助，每年可領取百餘元補助。其時，成績好的學生大多報讀理工科，因大學文科畢業生，多半找不到適當職業。耕望素以數理科見長，知其考上史學係，一班師友皆大詫異。然在耕望看來，天下沒有勤奮的人會找不到飯吃，隻是物質生活有好有差而已。學術當因興之所至，不可采功利主義。故斷然有此反時尚之誌願。
8月，史語所隨中研院西遷，駐長沙聖經學院。所長傅斯年仍暫留南京。
至武漢大學報到，9月18日開學。武大建校在兩座山上，瀕臨東湖，環境優美，建築偉麗，就當時中國建築而言，無疑已達到最高水準。入校後，住在古典式的宏偉輝煌的建築中，耕望感覺無比的興奮，也增強了對於學術追求的信念。後來慢慢知道，這都是前任校長王世傑雪艇先生一手擘劃樹起的規模，當時就歎服雪公的氣魄與遠見，非常人所能及。再後來又了解到，那些建築物大多為雪公向各方麵奔走呼籲獲得捐款而興建的，並非全由教育部撥款所興建，覺得這更顯示創校的艱難和創校者的能力了。自那時起，王世傑在耕望心中已有了深刻的印象。
抗戰軍興，教授不免有些流動。如李劍農即離開學校，郭斌佳隻授了一學期的課，就去從政。故其時武大史學係陣容不甚強大。耕望所在班級二十幾人，多來自中南各省。一日“中國通史”課後，來自江蘇南通的錢樹棠與同座的耕望攀談起來。錢對“中史”課的教學頗為不滿，隻覺得任課老師（吳其昌）從皮包裏取出折好頁的幾本書，東搬幾句，西搬幾句，既不深入，又無頭緒，連筆記也記不下來。耕望亦有同感，但覺方法還新，即老師還是經過五四思潮的洗禮，具有疑古辨偽的觀點，比一般老夫子把五經全當作真史料，奉三代為上古盛世要強。該課實際隻講了古代民族史。耕望給錢樹棠的最初印象如下：
他衣著樸素，身軀和麵龐都顯得瘦長，大概那時患有鼻炎，不時要掏出手帕承在鼻孔下搐鼻涕。
平、津高校紛紛南遷。雙十節後，錢穆與湯用彤、賀麟結伴南下。轉香港，至湖南，隨北大加入當時與清華、南開合組之長沙臨時大學。錢穆隨行所帶衣箱底層夾縫內，藏有平日講通史之筆記底稿五六冊。
11月，國民政府西遷重慶。
12月13日，南京失陷。中研院在長沙舉行抗戰時期第一次院務會議，議將曆史語言、工程、化學、天文研究所遷往昆明。
武漢大學停課，耕望返回桐城老家。
〇民國二十七年戊寅（1938年）二十二歲
1月，傅斯年因兼代中研院總幹事，不在史語所內，由專任研究員李濟代所長，負責西遷昆明事務。
在老家未住多久，耕望便覺戰氛逼人，於是又跑出來，寄住在長江岸邊木船上一月有餘。待聞武大將內遷四川的消息，始自江岸返回珞珈山校區。
春，耕望與同學數人乘民生公司小輪，溯江入川。三峽中，晝駛夜泊，不隻一日。耕望終日手持《蜀中名勝記》一冊，坐立船頭，觀賞風物，與古人詩文相印證，幾於忘食。深感峽中不但風景奇絕，而氣氛意境尤迥異人世，令人有憑虛淩雲，飄飄欲仙之感，乃悟到巴蜀迷信意識特濃之故，巫山雲雨之神話，不過諸般神話之特富浪漫情調者耳。道教非起自巴蜀，而巴蜀之道教最盛，固亦有其自然環境之背景也。
4月初，武漢大學遷至四川嘉定（樂山縣），臨時定名為“國立武漢大學嘉定分部”，29日正式複課，學生到達總數341人。
史學係新生來了四五人，隻及原額五分之一，且小半轉係，剩下耕望、錢樹棠和鄭昌淦三人，加上此後轉來的借讀生和高複班學生，全班總共八人。因為年齡相近，治學興味相同，耕望、錢樹棠、鄭昌淦三人同食、同桌、同寢室，自修對案，上下課同進出。
大學通論課程除“中國通史”外，有方壯猷的“史學方法”及“西方史學名著選讀”（講授者姓名不詳），還選修陳祖原的“西洋通史”和韋潤珊的“世界地理”等。
是月，長沙臨時大學西遷昆明，改名“國立西南聯合大學”。
文學院南遷蒙自，錢穆隨往任教，複為諸生講國史。每周四晚開講，校外旁聽者爭坐滿室，錢穆上講壇須登學生課桌，踏桌而過。
時在“九·一八”、“七·七”事變後，國人民族意識高漲，錢穆學養深厚，史識卓拔，才思敏捷，亦擅講演天才，加以自幼民族情懷熱烈，並又正當壯年，精力充沛，詞鋒所扇，動人心弦，故諸生折服，爭相聽受，極一時之盛。惟學校於播遷流離之餘，圖書無多，諸生聽其講述，頗有興發，而苦於課外無書可讀。同事陳夢家乃力促錢穆撰寫通史教科書，以應時代青年之迫切需要。錢穆意動。
5月10日，錢穆就前三年所撰中國通史綱要稿，自魏晉以下，陸續起稿。逮魏晉以下全稿粗具，還讀三年前東漢以前舊稿，又嫌體例、文氣、詳略之間，均有不類，乃重複改寫。
7月，史語所駐進昆明靛花巷三號，展開工作。後為避敵機空襲，複遷昆明北鄉龍泉鎮棕皮營村響應寺、龍頭書塢和寶台山彌陀殿。
耕望向錢樹棠、鄭昌淦介紹文化人類學，大談摩爾根的《古代社會》。錢、鄭二人始知文化人類學是研究古代史的必具知識。稍後，鄭昌淦且深入大涼山考察彝族生活。
耕望曾說：“我好古，我要研究古代史。”錢樹棠道：“我亦如此，在中學時代就想編一部世界通史，不用基督紀元，改用古埃及史紀元。”耕望聽後表示，這是不可能編成的，要從斷代史入手，一個專題一個專題做起。稍後，鄭昌淦對錢樹棠說，自己想要如何如何，錢說“你的野心太大”，耕望從旁插嘴道：“你自己的野心就不知道有多大。”大學二年級的學生，腦子裏充滿了天真離奇的幻想，耕望則顯得相對懂事和老練。
其時，耕望已深感上古史史料太少，又太簡單，解釋起來困難，是非難辨。遂下移目標，對秦史產生興趣，並以秦史為中心問題閱讀古史書籍，係統搜錄材料。
〇民國二十八年己卯（1939年）二十三歲
耕望那一班曆史係人數不多，但對老師的教課卻非常挑剔，尤其錢樹棠，性情生硬固執，有時弄得耕望在旁都覺得不好意思。所以教授們對於這班學生多感頭痛。係主任方壯猷的“宋遼金元史”，前後各班都開，卻自動未給1937級講授，且在“史學方法”課上忿忿然曰：“袞袞諸公十年以後都將是大學教授，就知道也不容易！”不但係中教授要被挑剔，新聘的教授更要被挑剔。
一次，史學係請來一位老教授徐子明（徐光）給1937級講授“秦漢史”與“三國史”。聽說徐曆教北京大學、中央大學，同學們也很高興。但一經開講，徐便倚老賣老，好像隻有他讀過很多書，學生都一無所知，然所講不過就《通鑒紀事本末》摘要演述而已，且多有錯誤。聽了兩堂後，耕望寫了一篇文章，指出錯誤十幾條，連同錢樹棠所寫一篇呈文，經全班簽名後送呈校長王星拱。
王星拱看完呈文及摘繆後說“史學係有人才”，徐子明就此離開武大。
在校期間，耕望等人又常要求學校聘請某人某人，校方也都盡可能照辦，校長王星拱對於教授之進退，真能做到優先考慮學生的意見。在耕望眼裏，王世傑雪公校長是一位有氣魄有衝勁的創業長才，而王星拱撫五校長則是一位善於守成的良才。其時，同學都稱撫公校長為“王菩薩”，大約覺得他是位老好人，具有菩薩心腸。王星拱每天乘黃包車到文廟辦公，在車上正襟危坐、道貌岸然，遇有同學向他敬禮，總是微哂作答，那種肅穆慈祥的麵貌與表情，多少也讓人加深“菩薩”之感。
此一時期，耕望的課外閱讀已漸限於史學方麵，主要為史學基本古書，泛覽其他科係的書已大為減少。但還是看了些經濟學方麵的書與論文，也有少數政治學方麵的書。在同學中得有“二書櫥”的綽號，“大書櫥”為錢樹棠。樹棠也是耕望大學時代最佩服的好友。耕望自認為除在社會科學知識方麵有一日之長外，他如天分、勤力、舊學根柢樣樣不如樹棠。論成績，尤其國文書法，樹棠都較耕望為優，耕望寫文章且定要先請樹棠看過，故係中教授亦作如是觀。二人之個性亦有截然差異，表現於行事之不同：同讀《史記》，錢樹棠於書眉用蠅頭小字節錄名家評語殆遍，耕望則遠不如此精勤；同讀《漢書·地理誌》，樹棠幾能成誦，耕望隻略識各郡縣之大約方位而已；同摩楊守敬《水經注圖》，樹棠筆筆依循不苟，耕望則大致規摩而已，以為細節處，楊氏亦隻以意為之耳，無所依據；同習太極拳，耕望很快即能略得其形似，而樹棠則伸拳出腳剛勁如少林，教師糾正亦不能改。戰時大學沒有教科書，臨近期末，同學間互對課堂筆記，共同複習。樹棠因書寫快捷，故筆記極完備，耕望聽講雖專心，筆記卻甚簡略。
鄭昌淦以此取笑，耕望則答以陸九淵詩句“簡略功夫終久大”。
在校時，耕望社交不出同鄉、同學的範圍，亦不作其他活動。
托他辦點事，有時怕麻煩，就說“我怕咧”。在同學印象中，耕望待人和藹可親，外表雖很寧靜，內心卻富於感情。他曾告訴錢樹棠，自己中學時讀《離騷》，竟一邊讀一邊哭。兩人都很敬重的老大哥尹培真同學是個有抱負有魄力，想幹一番事業的人，尹後來不幸在樂山逝世，耕望聞訊哭得很傷心。
大學斷代史課程，除“秦漢史”與“三國史”外，有吳其昌的“殷周史”，汪詒蓀的“明清史”（隻講了明清之際），陳祖原的“西洋中古史”，郭斌佳的“西洋近代史”等。大學時期，耕望除專業課外，還選修了不少別係的課，如文學院的“文字學”、“聲韻學”、“訓詁學”（皆劉賾講授）、“詩選”（徐天閔講授）、“中國文學史”（蘇雪林講授）、“近代文藝思潮”（朱光潛講授）、“論理學”、“哲學概論”等，法學院的課有“政治學”、“社會學”、“經濟學”、“中國經濟史”等。
6月，錢穆撰《國史大綱》竣稿，時距動筆已十有三閱月。全書計八編，四十六章，約五十餘萬言。以其時昆明屢遭空襲，急欲付印。乃於暑期赴香港，交商務印書館出版，惟仍須由上海印刷廠排印。錢穆遂請昔日常州府中學堂之業師，時任上海光華大學教授的呂思勉為《史綱》作最後一校。呂讀後盛讚書中“論南北經濟”一節，又謂：“書中敘魏晉屯田以下，迄唐之租庸調，其間演變，古今治史者，無一人詳道其所以然。此書所論，誠千載隻眼也。”
8月，史語所所務會議通過“曆史語言研究所與北京大學文科研究所合作辦法”，由史語所代為指導北大文研所研究生，並予以圖書及宿舍使用之便利。
19日，日軍飛機36架轟炸樂山縣城，城內傷亡損失慘重。
武漢大學第二男生宿舍全被炸毀，學生、工友、教工家屬14人慘死炸彈之下，受輕重傷者20餘人。耕望所住宿舍亦被炸彈擊中，萬幸是日午後與錢樹棠、尹培真渡江去茶樓看書，乃逃過一劫。錢樹棠日後回憶：
敵機接連飛入四川轟炸，我們在樂山也是連續好幾夜跑警報，然而敵機竟未來襲。同學們既感疲乏，也有點放鬆警惕。忽地一天白晝十時許放了警報，適逢食堂加菜，同學們催廚房提前開飯。飯後有人走，也有人不走。我正在遲疑，尹、嚴二兄勸我：還是渡過岷江，看書吃茶為好。我就跟他們去了。才過渡到對岸，下船走了十幾步，忽聞上空機聲隆隆，敵機真的來了。我們馬上向山邊奔跑，轟炸聲隨即大作。我一下滾入路旁幹溝之中，回首隻見隔江城中煙焰漫天。等到聽不見機聲，我才發現尹、嚴二兄躲藏在山崖缺口之下。黃昏回到宿舍，才知宿舍挨了兩三個輕磅炸彈，同學、校警、廚工死了好幾個人。我們遇見了鄭昌淦，他沒有跑警報，說活著真是千萬分之一的幸運。我幸虧聽了尹、嚴二兄的勸告，如果不走，我是否會有鄭兄那樣千萬分之一的幸運，真難說了。耄年思之，猶覺感激不盡。這次大轟炸，敵機投下的大多是燒夷彈。由於四川人蓋屋，內牆多用竹片編成密籬，夾在柱間，塗泥粉刷，容易著火，所以敵機投彈一下就毀掉半個樂山縣城。許多市民被活活燒成炭屍，抬出城外掩埋，絡繹不絕，慘不忍睹。日寇蓄意屠殺中國人民，連樂山這個距離前線千餘裏，並非軍事目標的小山城，也不放過。
大學三年級，耕望已計劃編寫一部《秦史》，從秦族初興至秦朝滅亡，認為材料少，又集中，容易成事。當時抄錄史料，本印製一種卡片紙。但後來覺得太機械，改用白紙本子，已抄約十來本，連卡片約二十餘萬字。時樂山常有敵機空襲警報，每次跑警報，不論晝夜，手上提的隻有這包資料，可見其時敝帚自珍之心。
結合高中時代讀顧祖禹《讀史方輿紀要》之“曆代州域形勢”及各省“方輿紀要序”的體會，配以抗戰大後方的地理形勢，耕望開始撰寫《中國軍事地理形勢之今昔》，屬通論性文字。
11月，《中國軍事地理形勢之今昔》寫就。
複撰論文《楚置漢中郡地望考》，辨漢中郡乃楚國所置，不始於秦。地在漢水中遊，當時尚無漢上南鄭之地，故郡治亦不在南鄭。是為耕望有關曆史地理學的第一篇學術論文。
〇民國二十九年庚辰（1940年）二十四歲
元旦，《楚置漢中郡地望考》完成，係主任吳其昌甚為稱許。
春，耕望為畢業論文選題犯難。時已抄錄有關秦史的材料近二十萬字，但方麵很廣泛，若拿《秦史》作論文，勢必龐雜而不能見精彩；若抽出部分資料寫專題，又怕分量不夠，勢必要在秦史以外另找題目。想起高中時曾看過陶希聖與沈巨塵合著的《秦漢政治製度》，是書為以現代方法研究古代政治製度的開山之作，讀後深感興趣，但覺《地方政府》一章太過簡略，頗有意另作一文。其時要選擇論文題，不免又想起此事。
3月5日，中央研究院院長蔡元培病逝香港。
稍後，耕望看翁方綱的《兩漢金石記》，發現很多碑陰題名關涉漢代地方政府的組織，且為前人所絕未提及，因大感興趣。複取宋人洪適的《隸釋》、《隸續》讀之，所獲更多，遂決計以“秦漢地方行政製度”為題作畢業論文，並開始搜錄資料。
6月，錢穆的《國史大綱》在上海出版。是書多具創見，勝義紛陳。作者才思橫溢，往往能以數語，籠括一代大局。時抗戰正在艱苦階段，此書刊出，寓涵民族文化意識特為強烈，激勵民族感情，振奮軍民士氣。一時學者交相稱譽，群推為中國通史之最佳著作。然在意境與方法論上亦與以史語所為代表之新考證學派日漸殊途。一日，張其昀告錢穆，其於重慶晤傅斯年，詢以對《史綱》一書之意見。傅道：“向不讀錢某書文一字。彼亦屢言及西方歐美，其知識盡從讀《東方雜誌》得來。”張問：“君既不讀彼書文一字，又從何知此之詳？”傅亦無言。