盡管“冥司案”是吳勉學辭官的托詞，民間以訛傳訛，仿佛他真到陰曹地府走過一般。其實，新安的醫學環境良好，讓他從小讀了許多醫學書籍，具有很廣博的醫學知識。但是，他在閱讀當中發現大量差錯，想到這些治病救人的書謬種誤傳，不僅損害健康，而且加重病情，甚至害人性命，他憤恨不已，始終沒有放下廣刻醫書的宏願，而且堅持刊刻醫書必須有脈統觀念。
一旦投入，他親自參與校勘，認真糾錯補漏，特意在他經手的刻本卷端加上“新安後學吳勉學校正”或“吳勉學××合校”等字，打出自己的名字，就有文責自負的擔當。
吳勉學在在校刊《痘疹全書》時發現，不同作者不同書名的居然有六本之多，無法定論真正的作者。經過反複翻閱、仔細考證，根據時間和其它方麵的緣由推算，結果其餘五本都出自於萬全的《痘疹世醫心法》，交相傳錄者一個錯了，後麵人跟著錯下去，因此在將該書收入《痘疹大全》時，以原本為主，嚴格進行了勘對。
他的觀點就是，“醫有統有脈，得其正脈，而後可以接醫家之統……”
抱著這樣的宗旨，為了出好書，在刊刻大型叢書《古今醫統正脈全書》時，他帶著兒子專門去拜謁醫學大家王肯堂。
那王肯堂不是什麼人都見的，出身於官宦之家，父子進士，為母病才學醫的。官至福建參政。因上書直言抗倭被降職，這才稱病辭歸，重新精研醫理。一個內外兼修之人，聽說有商人求見，一口回絕。後來一看拜帖，是書商吳勉學，親自出門迎進家門，盛讚他的書刊印得好。
吳勉學躬身致禮，說：“正是想出更好的醫書，所以才來求助於王大人。”
王肯堂哈哈一笑：“吳先生的書可與宋代善本媲美，我能幫什麼忙？”
吳勉學就說出了此行的來意，說：“吾觀醫集，率多訛舛，當為訂正而重梓之。但本人才疏學淺，特地乞求於大方之家。”
王肯堂對吳勉學刊印的書了如指掌：“你刊刻的《醫學六經》六種六十八卷、《劉河間傷寒六書》八種三十五卷、《痘疹大全》八種二十卷等，都體現了承繼醫脈正統的思想，刻工精良，裝幀精美，裝訂考究，獲得了學者士人紛紛讚譽啊。”
吳勉學也對王肯堂的書如數家珍：“哪及王大人您，編成了《證治準繩》四十四卷，竟然有二百二十萬字。另外，還著有《醫鏡》四卷、《新鐫醫論》三卷等，無不精準優良，校勘嚴密，是醫學大幸，是患者之大幸……”
兩人相互吹捧，心有靈犀一點通，大有相見恨晚之憾。吳勉學這才提出來，想出刊一套《古今醫統正脈全書》，需要統編醫學名著，從《黃帝內經》，到當時的醫學著述，上下千年，縱橫全國，需要極其高深的專業學術知識，所以來請王大人支持。
王肯堂沉吟片刻，撚須頷首：“我也早有此意，但如果成書，大約有兩百來卷，那可是一筆巨大的花費呀。”
吳勉學站起來慷慨表態：“不要擔心，這資金我來出。”
王大人驚訝地問：“你要拿多少錢出來呀？”
“願以十萬家資成書，為百姓造福。隻希望王大人百忙中抽時間校勘。”
兩人一拍即合，很快投入花費巨資且勘校複雜的運作中。終於萬曆二十九年完工，《古今醫統正脈全書》四十四種二百一十五卷，浩大的醫著，成為我國最早彙刻的醫學叢書之一。三百多年後，還列為中華十大醫學叢書之一。
吳勉學一生刊刻圖書三百多種，三千五百多卷，大量的刊印醫學書聞名於世，吳本書籍也被稱之為明代的善本。