有一天晚上，霍光正在殿中和衣睡著，夜半忽然有人入報，說是殿中出現怪事。他聞報即起，想到禦璽至關重要，便先召出掌璽之官尚符璽郎，先把禦璽保護好。那尚符璽郎一向視璽如命，當然不肯交付。霍光沒有時間與他細說，見他手中拿著禦璽，就想奪過手來。那郎官竟按住佩劍道：“臣頭可得，禦璽決不可得！”霍光這才恍然大悟，爽然說道：“你能以性命守住禦璽，這還有何說？我不過是怕禦璽輕落人手，哪裏是要硬取禦璽呢？”郎官道：“臣職所在，寧死不肯私交！”說畢，乃退。霍光看著他的背影，點點頭，當即傳令殿中宿衛，不得妄嘩，違命即斬。此令一出，並沒有什麼怪異。待到天明，便安靜如常了。
翌日，霍光即承製下詔，加尚符璽郎俸祿二等。又追尊鉤弋夫人為皇太後，諡先帝為孝武皇帝，並大赦天下。在昭帝即位的這一年，霍光輔政，把國家大小事務處理得井井有條。朝野都佩服他辦事公正，是國家的棟梁之臣。
第二年，照例改元，號為始元元年（前86），卻發生了燕王謀反之事。《漢書》卷六十三《武王子傳》。
燕王劉旦與廣陵王劉胥，都是昭帝之兄。當初，武帝見劉旦性情倨傲，劉胥專喜遊獵，所以立儲時自然就沒有考慮他們。霍光等奉昭帝即位，隨即頒示諸侯王璽書，通報大喪。燕王接到璽書後，得知武帝凶耗，卻並不悲痛，反而借口璽書封函甚小，真實與否，很難相信，懷疑朝廷發生變端。他就派遣近臣西入長安，托言探問喪禮，實為偵察內情。近臣回去將真情相告，燕王又借口未見武帝遺囑，近臣又沒有見到鄂邑公主，又遣中大夫入都上書，請就各郡國立武帝祠廟。霍光已看出他懷有異誌，遂不予批答，但傳詔賜予他和蓋長公主、廣陵王劉胥錢各三千萬，益封各萬三千戶，聊示安慰，使其免露形跡。燕王卻傲然道：“我依次應該嗣立，當做天子，還勞何人頒賜呢？”當下詐稱前受武帝詔命，收集銅鐵，鑄兵械，練士卒，暗中與齊孝王之孫劉澤、中山哀王之子劉長等互相通使，密謀為變。他先以“武帝親子”名義號令國中，汙蔑“今所立者，非武帝子，乃大臣所妄戴”，表示“願與天下共伐之”。又使劉澤申作檄文，傳布各處。不料劉澤一到齊地，就被青州刺史雋不疑捕獲，隨即查出逆謀，飛報朝廷。霍光聞報，因昭帝新立，不宜驟殺親兄，便息事寧人，隻讓劉旦謝罪了事。又升雋不疑為京兆尹，算是賞功罰罪，各得所宜。《漢書》卷七十一《雋疏於薛平彭傳第四十》，所述雋不疑事，並見此傳。
霍光在輔政時謙讓謹慎，但也不是一味遷就昭帝，而是注意引導這個年幼的皇帝，照祖先章程辦事。武帝遺詔中封金日為侯，金氏卻以嗣主年幼，辭讓不受。不久，金氏病重，霍光急忙報告昭帝，授他以侯封，翌日即去世。金氏的兩個兒子曾與昭帝一同臥起，一子照章承襲父爵，昭帝想封另一子也為侯，霍光認為照例不應封侯。昭帝笑道：“欲加侯封，但憑我與將軍一言。”霍光正色道：“先帝有約，無功不得封侯。”昭帝也就打消了這個念頭。
第二年，按照武帝遺詔，封霍光為博陸侯，上官桀為安陽侯。霍光處事更加小心謹慎，有人提醒他說：“將軍獨不見諸呂故事麼？呂氏攝政擅權，背棄宗室，卒至天下不信，同就滅亡。今將軍入輔少主，位高望重，卻不與宗室共事，如何免患？”霍光聽罷，愕然起謝道：“敢不受教！”隨即舉楚元王孫劉辟強為光祿大夫，徙官宗正。
始元四年（前83），昭帝年已十二。上官桀之子上官安，已娶霍光女為妻，生下一女，剛剛六歲。他找到老丈人霍光，想送女入宮，好做皇後。霍光認為此女年齡太小，不合入宮。上官安不死心，就請蓋長公主的情人丁外人幫忙疏通。這丁外人原是蓋侯王充家的門人。王充死後，蓋長公主雖然已近中年，但風韻猶存，耐不住獨居的寂寞。丁外人風姿獨美，對公主的豐腴美豔，早已垂涎三尺。兩人各取所需，暗中湊合成雙。公主入宮照料昭帝，兩人再難以偷情。霍光見公主經常托詞回家，夜出不歸，從宮人口中得知此情。他心想私通事小，供奉昭帝事大，索性叫丁外人一並入宮陪伴公主，公主私欲得到滿足，好一心一意照料昭帝。公主自然很滿意，丁外人也很得意。聽了上官安所請，丁外人滿口應承，馬上入宮奏請，蓋長公主也願意一手促成，遂召上官安之女入宮，封為婕妤，不久就立為皇後。上官安也不次超遷，升任車騎將軍。