元朝是中國曆史上第一個由少數民族建立的統一政權。由於讀書人自小受儒家思想熏陶，朝中士大夫為了表示對宋室忠貞，紛紛隱居起來。這些隱士不免自恨生不逢時，唯有借詩文書畫抒發亡國傷痛和抑鬱悲憤。同病相憐的讀書人又自組雅集，以文藝活動為媒介互相來往，在江南形成小集團。在這種客觀環境和主觀意識交織下，文人寫意花鳥畫在元朝有著長足發展。
在題材和表現手法上，由於文人的抒情需要，梅蘭菊竹、歲寒三友等象征高尚品格的素材尤其受到畫家偏愛；文人繪畫又須有書卷氣，於是用筆講求以書法線條為主，並以墨代色，著色亦以素淡為尚，而題畫詩也在文人手上有更大發展，使托物言誌的文人花鳥畫在抒情的領域上得以擴大。現藏日本大阪市立美術館的鄭思肖（1214-約1318）《墨蘭圖》，是反映其創作思想和繪畫造詣的代表作，也是繪畫史上以蘭為題材而影響甚大的作品。蘭花生於深穀，不畏風雨，清雅幽香，質樸無華，被文人喻為具孤傲、超凡脫俗的高尚品格。《墨蘭圖》構圖雖然十分簡單，並且純用水墨，毫不著色，但不論蘭花或蘭葉都畫得相當飽滿；用筆剛勁流暢，達到書法的要求，也表現出蘭葉挺拔的狀態。鄭思肖所畫的蘭花都是露根而沒有畫泥土的，他曾說過那是由於家國的土地已被外族侵占了，蘭花是絕對不願意長在這種土地上的！可見鄭思肖是以蘭花自比，他雖然無奈地活在蒙古人統治的土地上，但卻引以為恥。“思肖”是他隱居後才取的名字，有“思念趙宋”的含意，他的原名已無可考究。鄭思肖又說過自己坐臥必向南，因此自號“所南”，以示不忘南宋。因此，他的作品是立意通過不著土的墨蘭來表達自己的故國情懷，抒發自己身處逆境而絕不相類的品格情操。
文人酷愛梅花在百花凋零的寒冬下仍吐芬芳，而在嚴寒之際逢春梅，也教元朝的讀書人睹物思情，對未來萌生盼望，故梅花也是元代文人畫家常應用的題材。王冕（1287-1359）是畫家也是詩人，他畫的梅花充滿文學寄興。元朝禮部尚書泰不花很喜歡他的畫，想推薦他進翰林院，但被王冕拒絕了，可見他對前朝是有著深厚的感情。王冕四十歲時在浙江山間蓋了三間草屋，並栽種了幾千樹梅花，自稱梅花屋主，過著清貧的生活。王冕《墨梅圖》畫倒掛梅，枝條茂盛，交錯穿插；枝頭綴滿繁密的花朵，有的含苞待放，有的燦爛盛放，有的漸衰將殘。雖然花朵茂盛並分布得幾乎密不透風，但長枝處疏，短枝處密，富有韻律感，而勾瓣點蕊簡潔灑脫，正好與鐵骨錚錚的枝條相映照。他繪這幅畫時已經六十八歲，代表他晚年畫梅藝術臻至化境的精心傑作，深為後世珍重。王冕在畫中題詩共五首，其中兩首很能表達隱士的心誌，其一為：“城市山林不可居，故人消息近何如？季來懶作江湖夢，門掩梅花自讀書。”江湖上發生什麼事，畫家也不想去管了，寧願閉門與梅花為伴，讀自己喜愛的書。另一首是：“明潔眾所忌，難與群芳時。貞貞歲寒心，唯有天地知冤。”他自喻品格高潔，難免受人猜疑，但天知道、地知道和梅花知道他的為人。兩首詩表明畫家的誌趣，也烘托了畫中梅花的象征意義，使畫品、詩品、人品融為一體。在元人統治下，他將滿腔熱情寄於筆墨，以畢生精力從事藝術創作。王冕以梅花自比，反映出中國人萬物有情並能互通的思想，有節之士在亂世中仍特立獨行，不隨波逐流，卻有梅花作為他們的知心友。
在元代畫家的筆下，花鳥畫已經成為文人借物抒情、托物言誌的途徑，這種發展無疑拓展了繪畫的欣賞層麵，豐富了花鳥畫的內涵。發展至明清時期，許多花鳥畫家更把家國觀念、道德品評、祈求幸福的理想等傳統的人文精神寄托於畫中，有些畫家甚至將花鳥內容個性化，借以表達喜怒哀樂。因此，畫家創作時重視追求境界多於形似，使得明清時期的文人寫意花鳥特別講究筆墨運用，注重意境，而他們不把繪畫稱為“畫畫”，卻叫“寫畫”，確實有其原因。