尋又修正法製局官製，訂定法律編查會規則，統是責成官長，不采公議。未幾，又取消地方自治製。曾記民國三年二月三日，有一通令雲：
地方自治，所以輔佐官治，振興公益，東西各國，市政愈昌明者，則其地方亦愈蕃滋。吾國古來鄉遂州黨之製，嗇夫鄉老之稱，聿啟良規，允臻上理，要皆辯等位以進行，決非離官治而獨立，為社會謀康寧，決非為私人攘權利。乃近來迭據湖北、河南、直隸、甘肅、安徽、山東、山西等省民政長電呈，僉以各屬自治會，良莠不齊，平時把持財政，抵抗稅捐，幹預詞訟，妨礙行政，請取消改組等語，業經先後照準在案。茲又續據熱河都統薑桂題，電稱承德縣頭溝鄉議事會，私設法庭，非刑拷訊。湖南都督湯薌銘，電稱湘省各級自治機關，密布黨徒，暗中勾結，當亂黨叛變，各會職員，跳蕩譸張，或汙偽命，自任中堅。且平時弁髦法令，魚肉鄉民，無所不至，請即行解散以清亂源。山東民政長田文烈等，電稱棲霞縣鄉民，因上下兩級自治會，平日私受訴訟，濫用刑罰，集怨釀變，聚眾圍城，業已派隊彈壓。吉林民政長齊耀琳，呈稱長春縣議事會議決，不按法定人數，違反省行政官命令，把持稅務，非法苛捐，冒支兼薪，並對於外交重事，公然侮辱。貴州民政長戴戡，電稱黔省自治機關，由多數暴民專製，動稱民權，不知國法，非廓清更始，庶政終無清肅之時。浙江民政長屈映光，電稱浙省自治會，侵權違法，屢形自擾，請停止進行，另訂辦法各等情。本大總統深維致治之道，貴在無擾，革命以來，吾民兩丁困厄，滿目瘡痍，每一念及，惄焉如搗。似此骫法亂紀之各自治機關，若再聽其盆踞把持，滋生 厲階，吏治何由而飭？民生何由得安？著各省民政長通令各屬，將各地方現設之各級自治會，立予停辦，所有各該會經管財產文牘，及另設財務捐務公所等項，由各該知事接收保管。會員中如有侵蝕公款公物者，應徹底清查，按律懲辦。其從前由各該會擅行苛派之瑣細雜捐，諸凡不正當之收入，並著各該縣知事，詳晰查報內務部，酌量核定。至於自治不良，固由流品濫雜，亦由從前立法未善，級數太繁，區域太廣，有以致之。著內務部迅將自治製度，從新厘訂，務以養成自治人才，鞏固市政基礎，為根本之救治，庶符選賢與能之古旨，漸進民治大同之盛軌。其自治製未頒定以前，各該地方官，尤宜慎選公正士紳，委任助理，自治會員中，亦不乏賢達宿望，並宜虛哀延訪，勤求民隱，不得誤會操切，致違本大總統懲除豪暴，保乂良善之本意。此令。
地方自治，既已取消，各省都督民政長，又推趙秉鈞領銜，呈請將各省議會議員，一律停止職務。恐仍由老袁授意。袁總統複有所借口，又續下一令道：
據署直隸都督趙秉鈞暑直隸民政長劉若曾等電稱，各省議會成立，瞬及一年，於應議政事，不審事機之得失，不究義理之是非，不權利害之重輕，不顧公家之成敗，惟知懷挾私意，壹以黨見為前提。甚且當湖口肇亂之際，創省會聯合之名，以滬上為中心，作南風之導火，轉相聯絡，胥動浮言。事實彰明，無可為諱。有識者潔身遠去，謹願者緘默相安。議論紛紜，物情駭詫，而一省之政治，半破壞於冥冥之中。推求其故，蓋緣選舉之初，國民黨勢力，實占優勝，他黨與之角逐，一變而演成黨派之競爭，於是博取選民資格者，遂皆出於黨人，而不由於民選。雖其中富於學識，能持大體者，固不乏人，而以擴張黨勢，攘奪權利為宗旨，百計運動而成者，比比皆是。根本既誤，結果不良。現自國民黨議員奉令取消以來，去者得避害馬敗群之謗，留者仍蒙薰蕕同器之嫌。議會之聲譽一虧，萬眾之信仰全失。微論缺額省份，當選遞補，調查備極繁難，即令本年常會期間，議席均能足額，而推測人民心理，利國福民之希翼，全墮空虛。一般輿論，僉謂地方議會，非從根本解決，收效無期；與其敷衍目前，不如暫行解散，所有各省省議會議員，似應一律停止職務，一麵迅將組織方法，詳為厘定，以便另行召集，請將所陳各節，發交政治委員會議決等語。該都督所陳各節，自係實情，應如所請，交政治會議公同議決，呈候核奪施行。此令。