石墨默進去後，阿奇薩耶就說：“我沒有做任何事，也不知道任何事，這可能是一個誤會或有人想陷害我。”
石墨默安慰了阿奇薩耶幾句，說：“事情一定會搞清的，不用擔心。”
石墨默回來報告給範博士有關阿奇薩耶的情況，範博士仍然放心不下。
不幾天，又有人給聯邦調查局寫信，說石墨默跟國防部秘書和國會議員交往過熱，並附有他們相互交往的照片，推測她可能是台灣的間諜給中國大陸送武器情報。石墨默解釋是這國防部秘書來賓斯少將和國會議員卡瑞參議員主動追求她，還常邀請她去跳舞。
過幾天，有人又說，緹娜是以色列間諜；簡克是南非間諜；霍姆是蘇聯間諜，這些間諜都是範博士的學生，而研究院的重要武器技術被盜，也與範博士的管理無方有關，更有人要求聯邦調查局迫使範博士辭職。聯邦調查局感到壓力，隨後找範博士談話。
範博士從聯邦調查局出來後，心煩意亂，他沒有直接回家，而是獨自一人去了一家酒吧喝悶酒。由於長年研究，多年沒有來這裏喝酒了，不覺有點醉了。他搖搖晃晃地向家走，但走錯了方向，到達紐約著名紅燈區。街旁站著一個花枝招展的女郎，她走過來與博士搭訕，博士有點緊張，沒注意腳下有個石頭，拌了一下，差點摔倒。女郎急忙扶住博士，博士說了聲謝謝，說自己還可以走，但女郎仍攙扶博士走了幾步。
博士花了很長時間才回到家，進門時，猛然發現後麵有兩個便衣在跟蹤他。進屋後，發現便衣仍然在遠處監視著這棟房子。
範博士病了二天沒上班。第三天，範博士上班，在辦公室門前遇到了一個研究室助理研究員，他正眉飛色舞、大吐口水、亂喊亂罵。範博士知道此人因為他的阻止未能升級成研究員，所以才懷恨在心。
範博士沒理睬此人，進辦公室後打了幾個電話給研究院的教授。他想召開一個討論會，研究目前的局麵，但無人接聽，找秘書小姐，也不知哪裏去了。他有一種失落感，一種莫明其妙的感覺慢慢湧上心頭。想到自己以前從穀底拚命研究，才達到今天的地位，而眼下好象有一股力量正在將他拉下穀底。
範博士思索了一會兒，草草地寫了一個辭職書，放在抽屜裏。這時，秘書小姐總算來了，範博士問她到哪裏去了？她看起來無經打彩，推說身體有病，看醫生去了，醫生已開了五天病假。範博士問她得了什麼病，她說不好說，就轉身離開了。
範博士又打電話給霍姆，霍姆說：“現在全院都在議論我們這個研究小組是最大的間諜小組，現在怎麼辦呀？”範博士問：“為什麼會這樣？一定是有人在從後搞鬼。”
霍姆說：“昨天報紙上還登載了你和妓女在一起的照片，說是在交換武器情報。”
範博士歎了歎氣，要霍姆將緹娜、石墨默和簡克找來。
範博士將辭職書從抽屜裏拿進拿出幾次，最後還是放在辦公桌上，然後將金書“科經”和時間儀帶在身上。
當四個研究生到他辦公室來時，說好象樓外已有聯邦警察監視了，大概聯邦警察要采取什麼行動了。
幾個人商量了一下，由簡克穿上博士的風衣，假扮博士從樓前門先出來，往東走，去研究院東大門；由緹娜戴上範博士的帽子和圍巾，假扮博士從樓後門出來，往西走，去研究院西大門。
最後，霍姆、石墨默和博士出來，正要下樓梯，一個清潔工走過來，拉三人進了清潔工小屋，對博士說：“外麵都是密探，我知道你的興趣不是在武器上，而是在‘科經’上，我看過你的大統一理論，太絕了，我真佩服你。你趕快將你的西服脫下，換上我的工作服，然後從防火道走。”
博士來不及多想，就換上他的清潔工服，霍姆、石墨默也分別找了件舊清潔工衣穿上。三人拿起吸塵器、抹布、除臭藥水，扛上拖把，真象清潔工，從樓旁防火道小門出來。
石墨默邊走邊悄聲對博士說：“清潔工成了博士，我們成了清潔工，這個世界真捉弄我們呀！”
博士：“我也納悶！這‘科經’剛寫成，從沒有出版，隻你們幾個看過，這清潔工怎麼知道的？”
霍姆：“這清潔工對你的活動這麼熟悉，八成是真間諜，FBI的探員隻抓假間諜。”
三人出來真的無人懷疑和跟蹤，就徑出北門，在北門外上了霍姆的汽車後，開向東門，但看到簡克已被便衣警察抓住了，他們趕忙折向西門，發現緹娜也在西門被扣，所以不得不離開研究院，一路向西逃離。
三人開車沿公路一直向西飛馳，駛出紐約市後，他們在一家加油站買了點吃喝的東西，然後再加滿了汽油，就輪換著連夜開車到第二天早上。
清晨，他們看到蜿蜒的公路伸向遠方，兩旁的奇花異草爭相開放，天邊的山巒逶迤，這對長期生活在城市的人來說，見到如此壯麗景色都陶醉了。有山形畫詩讚山景：
山
秀麗，
林麓深。
奇花瑞草，
碧鳥鳴聲嫩。
河水清靜流淌，
重重峰巒繞穀門。
芳香噴玉，蜂舞布錦。
煙霞遍山崗，日光漫灑珍。
世間名川無數，獨此風景留人。
彎彎曲曲人生路，波迭起伏世情痕。
回顧往事雙眼垂淚，見景生情更覺傷恨。
今日方覺山林蒺藜路，來年更見雨蒙路途奔。
三人現在誰也沒有心思欣賞景色，隻是盯著汽車上的小電視屏幕。屏幕裏正在播放當日的重要新聞：“……警方已查獲一起最大的武器間諜案，尖端科學研究院院長範……將國家武器機密通過妓女出賣給外國……目前嫌犯畏罪潛逃，正全國通緝……”
“卑鄙小人，他們為了排擠你就胡說八道，真是太無恥了。”霍姆氣憤地轉換了頻道。
“這就是生活，你不得不相信命運有時上有時下。”博士歎口氣說。
“我是新加坡華人，與中國和台灣一點關係都沒有，他們怎麼將我說成是中國和台灣的間諜呢？”石墨默憤怒地說。
“他們還將我說成是蘇聯間諜呢！美、俄、中、法、英、德、日、以色列這幾個國家是世界上武器技術最強的，誰都想偷技術，武裝自己控製世界，納米比亞就不會偷技術，你就是給他們圖紙，他們也造不出來。”霍姆說。
“我們研究院是國防部的重點，又處在全球尖端技術研究的最前沿，這裏聯邦調查局、安全局、情報局、國防部的密探遍布各個角落，甚至連掃地、清廁所的都是密探，離開這地方我輕鬆很多。”博士說。
這時，新頻道正在播放衛星雲圖。博士看著這氣候雲圖說：“從雲圖上看，這個地區正在形成一個大的氣壓旋渦，在偏西不遠處將可能有龍卷風暴，這正是我們要去的那個方向”。
“老師，我們將去哪裏呀？”石墨默問到。
“向西，到我的一個秘密農場避一避，我不想讓警察抓住受辱，就是死也不讓他們抓住”。
“那到農場將來就不會被抓嗎？”石墨默又問。
“我不知道，也許將來事實澄清，還我清白吧。”
“那如果永遠不能還清白呢？”霍姆問。
“那我們就跟蹤這個龍卷風氣旋。”
“老師，你為什麼要跟蹤這個龍卷風氣旋呢？”石墨默不解地問。
“我是在想，如果我讓警察抓住審訊，還不如進入龍卷風中心受死。”
“老師，你可不要有什麼想不開呀！”霍姆擔心的說。
“不會的，我是開個玩笑，我有一個時間儀，當在一個強大的旋轉能量場下，它會形成時間能量場，罩住東西送進古代或未來。我研製出來後從未告訴任何人，也未在真人身上試過。過去，隻是用在了幾個動物身上，但由於試驗室產生的轉動能量不大，不知這幾個動物到了哪個時間層了。”
“這到是新鮮。”霍姆道。
“我的目標是想將真人送到古代或未來，但可能回不來了，所以無人敢試。”
“老師，你說這是不是時間隧道？”石墨默問。
“也許是的，但人能控製時間隧道是不容易的，這比人能控製核爆炸又高了一個層次。”
“但進入時間隧道有什麼條件呢？”霍姆問。
“物質是能量，時間是能量，空間也是能量，它們是一段一段斷裂的，可以中間插入。如果有強大的自然能量，如龍卷風、颶風、台風，其中心就是時空黑洞。當中心的轉速越高，黑洞的能量就越強，進入時空隧道的周期就越遠。當然還要看是左旋還是右旋，左旋進入古代，右旋進入未來。”
“為什麼要分左旋還是右旋？”石墨默問。
“這同電子和天體的自旋方向有關，不過，深一步，我還沒來的及研究。唯一的辦法就是我親自進去看一下。”
“什麼！老師，你真的要親自進龍卷風裏麵去嗎？”石墨默擔心地問。
“如果有可能的話。”範博士一副神泰自若的樣子。
“老師，真人進去太風險，如果到不了古代或未來，可能會被卷入高空摔死的。”霍姆說。
“即使到了古代或未來，也可能會被野獸吃掉的！”石墨默也說。
“為了探索科學，生命算什麼，這也許是我人生的最後一次機會了。”
……
師徒邊開車邊說，過了一個白天，不知不覺又到了傍晚，美麗的晚霞灑滿西邊的天空。
“老師，你看！前麵似乎有個小鎮？”石墨默說。
“我們開了一天一夜，太累了，今晚就住在這個小鎮，吃點東西，睡一覺，明早繼續趕路。”博士說。
三人很快就進入小鎮，看到路邊有一個汽車旅館的招牌，就把車泊在旅館前麵的停車場，然後進入旅館。
三人來到服務台前，旅館服務員很熱情，大概小旅館生意不是很好，所以見到客人就萬分高興。服務員先問三人從哪裏來，到哪裏去。三人說從紐約來，去旅遊。辦了住宿手續後，服務員帶三人上樓看客房，滿意後，收了小費，給了鑰匙。
進房間後，博士說想出去買些吃用的東西，石墨默也說想買些女人用的紙巾和化妝品，因為他們急急忙忙地出來什麼也沒帶。博士和石墨默一起從後門出去，找鎮上的商店，留下霍姆在旅館裏收拾東西。
再說這家旅館的值班經理，他聽服務生與客人談話時，開始注意博士三人，想到電視新聞報導的三名間諜潛逃，從畫麵上看似乎有點象，覺得可疑，就打電話報告了當地警察局。
當博士和石墨默回來時，驚訝地發現有大批警車正悄悄地包圍這個小旅館。博士一看這架式，趕忙拉石墨默藏在一邊。他們心想壞了，霍姆還在裏麵，想通知他已來不及了。眼看警察已堵住旅店前後門，然後衝進去。不一會兒就將霍姆抓了出來，塞進了警車。
博士和石墨默藏在暗處，看在眼裏，傷心極了，想到警察未抓到另外兩人，可能要包圍整個小鎮，不得不趕緊離開。停在旅館前的車是不能取了，博士摸了摸身上，好在隨身的時間儀和黃金書還在，這兩件東西是一刻也不能離身的。
兩人在鎮外麥田裏躲了起來，聽著鎮上的狗叫聲漸漸地稀落，大概警察折騰了半天什麼也沒找到，都回去睡覺了。
這時天上下起了小雨，冷風透骨，兩人在濕地裏坐著，衣服已被泥水打濕。博士和石墨默背靠背地坐著，互相取暖，兩人也不說話，她感到很幸福，她真希望永遠這樣，不離開博士。
第二天早上，天剛蒙蒙亮，雨停了，但還有許多雲。博士和石墨默全身濕淋淋的，走到公路旁的一個小樹叢中不斷向外張望，看看是否有車經過搭個順風車。這時就見有一舊車開來，車開的很慢，他們趕忙招手，走近後，見玻璃上寫了一行字“4sale”。
石墨默問車主想賣多少價錢，車主說是舊車，注冊期都已過了一個月，所以僅賣二百美金。石墨默衣袋裏隻有這些錢，也不還價，就買下了這輛老爺車。
倆人開車一路西行，博士因霍姆的被捕很傷感，石墨默說了許多安慰的話。正說著，天上又開始下起了細雨，不遠方的天上出現了一個高大的漏鬥狀龍卷風氣旋，從地下直上天空，非常壯觀。
這時，車的後方快速開來了一個警車，閃著燈，鳴著“嘀嘀”叫聲，示意他們停下，博士心想不妙，不得不假裝停下。一個胖黑警察從警車裏下來，搖搖擺擺地走近博士的舊車。博士知道這車注冊期已過，可能被罰款，如果亮出駕駛執照，就一定會暴露自己。所以當警察走近時，就突然加速，急駛向前離去。黑警察一驚，大罵了幾句，急忙轉回到自己的警車，按動警笛，向博士車追來。
雨開始大了，天也暗下來了，龍卷風在前方盤旋。警車追逐著博士的車在公路上急駛，博士車太舊了，開不快，一會兒，警車就要超過博士的車頭。博士趕忙打把，將警車擠下了公路，警車反身又追，兩車互相擠著，碰碰撞撞。博士的舊車被撞的東倒西歪，警車也是左凹右凸。
追逐了好大一會兒，突然，博士的車一震，大概是不小心撞到了路邊的尖石頭，車胎爆了，車輪鐵圈與地麵的磨擦，火花四濺，同時發出刺耳的響聲，最後車開不動了。博士和石墨默趕緊跳出車外，想向遠處跑，但石墨默跳車時太緊張，扭傷了腳，博士趕緊跑過來扶起石墨默。
“博士，你快走吧，不要管我。”石墨默說。
“不，我要和你一起走。”博士安慰說。
石墨默強忍疼痛走了幾步，又坐下了。
這時，胖警察也慢悠悠地從破爛警車裏出來，手裏還提著一把手槍。
“快走吧！老師，親愛的，我們還會見麵的，快走！快走！”
博士沒法子，隻好向前跑去。胖警察抓住石墨默，給她上了手銬。然後舉槍打博士，石墨默一急，用腳狠力踹向胖警察，胖警察沒注意，一下摔了一個狗吃屎，子彈不知打到哪裏去了，槍也扔了。胖警察氣的打了石墨默幾下，又滿地找槍，等找到槍時，抬眼再看博士，博士已跑出很長一段距離了。
胖警察提槍再來追博士，博士回頭一看，胖警察又追了上來，心想：不能讓這個胖警察抓住，心一橫，就迎麵向龍卷風中心跑去。這時龍卷風中心也正向博士方向移動，刮來的塵土、石塊、樹枝四下亂飛，胖警察嚇的趕緊向後跑。博士邊跑邊拿出時間儀，打開開關，將黃金書和時間儀一並，勇敢地衝入了旋渦中心……
有畫詩描此龍卷旋風：
無影形，風沙旋。
穿原破嶺，倒樹折杆。
翻土揚灰塵，鬥雲衝天暗。
冷颼颼吹露底，雨淋淋天地變。
屋倒瓦揭磚並裂，衣物家具飛滿山。
急入流雲疾似光，勢若騰空山傾漢。
天降濠雨紛盆瀉，路旁白浪轉地翻。
孤屋水漫窗台門，野岸波高平橋杆。
風洞倒旋黑無指，仙宮洞府易飄然。
人生上下逐流，名利金錢時斷。
拚博轟烈過，才知路艱難。
奇花異美，真情浮見。
送君行，萬裏千。
博士猛一下醒來，發現自己竟躺在一個孤島上，周圍潮濕濕的。他放眼望去，四周都是水，天連水，水連天，一望無邊。博士低頭看了一下時間儀，是公元前8000年，在中東的巴勒斯坦某地。博士覺得這時肚子裏在咕咕地叫，沒有吃的，隻有贓水。
博士心想：這下完了，會不會死在這裏呢？如果真是這樣，那是天知、地知、人不知，豈不試驗失敗，這也難怪以前發出去的動物都無聲無息呢！
正焦慮間，就見遠方有條船，慢悠悠地向這邊駛來。它越劃越近，博士高興地連忙揮手叫喊，遠方船上的人似乎也看見了他，就漸漸向這邊靠近過來。
博士看清來船，是一個很古老的舊船，有三層，船上有幾個男女正向他張望，滿船都是動物。博士想起聖經的故事：當世界全是洪水時，有一個方舟，載著挪亞一家人，他的妻子，他的三個兒子閃、含和雅弗，以及三個兒媳婦去逃難。方舟裏有百獸、牲畜和禽鳥，凡有血肉和氣息的活物都公母各一對。
船接近博士站的礁石有數十米時，就無法前進，這礁石也許就是一座山的山頂，也好象受到強大的水流阻擋，或許是時空阻擋。船上的人在奇怪地打量著這個站在洪水孤石上的人，向他招手呼喊。博士也想遊水上船去，但周圍都是湍急的水流，跳下水去將會出現什麼呢？
正猶豫間，水麵上突然出現了一個大旋渦，沿著博士站的孤島旋轉。由於能量很大，船也被帶動隨旋渦繞孤島旋轉。
轉著、轉著，旋渦使水麵提升，水越漫越高，越旋越快，博士站立的地方成了旋轉中心。大旋渦快將博士站的小島淹沒了，水麵上到博士的腳上，再上到腿上……博士已經站立不穩，身子也在隨著水的上漲而漂浮起來，他拚命劃水想向前遊，但不能向前，隻是隨著旋渦水流在旋轉，轉速越來越快。
博士著急了，趕緊拿出時間儀和金書，大聲叫喊……
當博士醒過神來時，發現自己正躺在一個大叢林的水窪中，全身濕透，剛才的大水早不知去向。他真不知道剛才出現的大水景象是夢還是現實，但其危難情景還深深地印在腦海中。小金書和時間儀還握在手裏，心想：這東西真是救命之寶。看了一下時間儀上的數字，它已顯示是公元前5500年，地點在地中海邊附近了。博士暗喜，不管剛才做的是夢還是現實，總之是小金書和時間儀幫他脫離了危險，他慶幸自己還沒死。
博士仰天看去，有一群大雁在高空結隊飛去，正是春天轉夏天的季節，有梅花畫詩為證：
瞧，
山林錦，
花草爭吐豔。
碧野芳馨舞，
滿穀香藤絆。
微風和煦吹柳嫩，晚霞漫灑黃花瓣。
池邊沼岸蘆花生，細雨落打蘑菇田。
野竹依依葉沉沉，青梅結豆春睡暖。
叢蓬脆韮爭豔綠，酸榴野棗開畫卷。
遍芳菲，
漪瀾轉。
風雨相映，
難得真情現。
黃昏的天邊布滿彩紅，一輪彎月早早就掛在了天上，有時還能隱隱看到幾顆亮星。博士在周圍轉了一圈，一片荒野、渺無人煙，全是灌木叢林。
天慢慢地暗下來了，四下裏靜悄悄的，偶爾還傳來幾聲動物的嚎叫。原始草原的蚊蟲特別多，它們就象餓狼見到肉，一下子全都撲向了博士。立刻，博士的手上、脖子上，以及身體暴露的部分已被饑餓的蚊蟲咬了許多紅包。而這時的博士也感到肚子很餓，但身邊無任何東西可吃。
博士意識到自己已從文明回歸原始了，昨天的全球首席科學家，今天竟淪落成荒原的野人，真是哭笑不得。但博士想到為了實現自己的親身探索目標，苦一點也值得，就又猛然站起身來，向外走了更遠一點，遠遠地看到有顆野黑棗樹，就走過去。
他隨手從矮樹上摘了幾個黑棗，放進嘴裏嚼了嚼，又苦又澀，但沒辦法，這是唯一可吃的東西了。他狠力地拍死了幾個吸他小腿血的蚊子，罵到：“你們這群畜生，敢喝我的血，而我隻能吃酸棗，我要打死你們。”蚊子打死後，自己也笑了，什麼科學家的高傲，一掃而光。
博士又向前方走了走，隱隱約約看到遠方有顆大樹，就向大樹走去。
由於光線昏暗，走著走著，他不知怎麼踩到了一個馬蜂窩，成千上萬的馬蜂突然發力，用它們的武器刺向博士。博士拚命跑向大樹，但這些馬蜂死追不舍，又把博士追的繞樹三圈才散去。
博士醒過神來，發現樹下有個大洞，就從附近樹叢旁折了一個幹樹棍，用它捅了捅樹洞，幾隻野兔從洞中竄出，嚇了博士一跳，不小心坐到地上，正好手按在一個尖植物上，刺的手鮮血直流。博士撕了衣服裏子上的一條布，纏在手上，又撿了一些幹草，放在樹洞裏，然後將自己隱進樹洞。
他靜靜地躺在幹草上，天完全黑下來了，天空上布滿了閃爍的繁星。黑暗中，博士半醒半睡，想著小時聽到的“魯賓遜漂流記”的故事，想到自己的童年和學生，想著石墨默最後對自己說的話，總之心裏甜甜的，就不知不覺地睡著了。