默克爾終於圓了自己的基民盟黨主席之夢。圓夢的感覺當然是美好的，但是在享受過這美好的一刻之後，默克爾就要麵臨更大的挑戰了，因為就從她嚐到領袖滋味的那一刻起，不會再有人像埃佩爾曼、克勞澤和科爾那樣扶植她、幫助她。
別無選擇
朔伊布勒在辭去基民盟主席的職務時曾經語重心長地說：“基民盟處於曆史上最嚴重的危機中。”誠然，在獻金案和其後的科爾與朔伊布勒之間的大論戰中，基民盟其實已經元氣大傷。在這個時間點上，這個德國曆史上最成功的政黨正急需一個可以站出來收拾局麵的人，他們已經別無選擇，雖然他們唯一的選擇正是造成今日局麵的罪魁禍首之一，每一個人都明白其中的利害和關鍵所在，所以《明星》雜誌用“統帥女士，請您接管！”這樣的話來做標題也就不是一件讓人感到意外的事了。在從政10年之後，默克爾終於可以嚐一嚐當領袖是什麼滋味了。
發生在科爾與朔伊布勒之間的那場驚天動地的戰爭是默克爾一手挑起的，而現在，她更願意站出來填補這兩位可憐男士離開後所留下的空白。當然，在這樣一個民主的時代，就算全世界所有人都知道默克爾將會成為基民盟主席，將會成為拯救基民盟的那個人，但是在她真正達到自己的目的之前，還是要經過一場合法的選舉的，無論這場選舉的結果多麼一邊倒都沒關係。在爭當基民盟主席的道路上，默克爾的兩個名義上的競爭者是呂爾和呂特格斯。呂爾曾經當過國防部長，也當過基民盟總書記，而呂特格斯則是北萊茵—威斯特法倫州（簡稱北威州）的基民盟黨主席。
這兩個人根本不可能是默克爾的對手，因為呂爾受基民盟獻金案影響，剛剛在石勒蘇益格—荷爾斯泰因州（簡稱石荷州）的選舉中失利，因而聲望大損。而呂特格斯正麵臨北威州基民盟州主席的競選，他根本沒有多餘的精力來理會這場注定會失敗的選舉。第一個站出來推舉默克爾的是下薩克森州在野黨領導人克裏斯蒂安·烏爾夫。在地區聯席會議上，同意默克爾做候選人的呼聲同樣十分高漲。
就這樣，默克爾在2000年4月10日召開的埃森聯邦基民盟黨代會上獲得了935張選票中的897張，以巨大的優勢毫無爭議地當選為基民盟黨主席。默克爾的當選同時也創造了曆史，成了德國曆史上第一位女性黨主席。“默克爾克服了一個又一個阻力，有時大張旗鼓，有時悄然無聲。”菲爾德邁耶在《法蘭克福彙報》一篇文章中這樣總結了默克爾走過的路。時事評論員戴特靈在《日報》提出了默克爾究竟是“清除廢墟的婦女還是救世主”的問題，並預言，隨著默克爾的當選，“科爾的權力正在毀掉，科爾時代將一去不複返了”。
當選後的默克爾馬上開始組建屬於自己的新一屆領導班子。根據默克爾的提名，明斯特地區聯邦議員魯普萊希特·波倫茨以781票當選為總書記，一直擔任副主席的呂爾繼續留任，默克爾的前任朔伊布勒仍為7名主席團成員之一。與此同時，根據默克爾的建議，原德意誌銀行監視會成員烏利希出任財務主管，事後證明這個人選是一個錯誤的決定，因為他不具備政治經驗，且在在位不長的時間裏一直不了解黨的本職工作是什麼。
在埃森黨代會上，誌得意滿的默克爾還曾禮節性地對缺席的前任黨主席科爾表示問候。不過對於科爾來說，這一刻當然是十分沉重的，因為這是他40年來第一次缺席基民盟黨代會。
更大的挑戰
在埃森黨代會上，默克爾終於圓了自己的基民盟黨主席之夢。圓夢的感覺當然是美好的，但是在享受過這美好的一刻之後，默克爾就要麵臨更大的挑戰了，因為就從她成為基民盟領袖的那一刻開始，不會再有人像埃佩爾曼、克勞澤和科爾那樣扶植她、幫助她，那些她原本隻能在電視中才能看到的叱吒風雲的政治家將唯她馬首是瞻。現在，她隻能靠自己了。
連默克爾自己也承認，她的黨主席之路並沒有一個順利的開端，這其中一個重要的原因是，在2000年5月14日那場異常重要的北威州議會選舉中，基民盟又一次失敗了，他們的地盤仍在萎縮，這一事實說明獻金案造成的影響依然存在，進而導致一部分基民盟的忠實選民放棄了自己的投票資格，因為他們實在對自己所支持的政黨感到失望。默克爾有些無奈地發現，自己在埃森黨代會上取得的勝利並沒有像期望中那樣幫基民盟立即止住頹勢。
此外，默克爾當上主席之後，她所領導的聯盟黨在稅收改革問題上低估了聯邦總理施羅德和財政部長艾歇爾的巧妙策略，在計算上出現了相當大的偏差。在聯邦參議院內，聯盟黨執政的州席位雖然占多數，但一些州被聯邦政府收買導致稅收改革方案通過，施羅德和艾歇爾向基民盟新參與執政的聯邦州（不萊梅、柏林、勃蘭登堡州）做了專門承諾，致使這些州從拒絕稅收改革的立場轉變為支持的態度，由社民黨/民社黨執政的梅前州和以社民黨/自民黨聯合執政的萊法州盡管存在不少顧慮，但也對稅收改革表示了同意。就這樣，聯盟黨在參議院投票上鬧了個灰頭土臉。至此，黨內原有的樂觀主義氣氛不複存在，不少人都開始懷疑默克爾究竟是不是那個可以拯救基民盟的救世主。
同樣也是在稅收改革這件事上，默克爾與議會黨團主席邁爾茨的關係惡化到了不可挽回的地步。聯盟黨本來信心滿滿地想用聯邦參議院內的表決失敗給政府點兒顏色看看，但聯邦議院和聯邦參議院共同組成的調解委員會已於2000年7月14日聯邦參議院表決前作出決議。默克爾作為黨主席，在稅收改革問題上能起的作用十分有限，因為政策的實際執行是由議會黨團主席邁爾茨負責的，而在內容上，在州一級進行協調則屬於巴伐利亞州州長施托伊伯的分內事。