事實上，默克爾更傾向於采取與政府合作的戰略，但如果基社盟持強烈反對態度，聯邦議會黨團又進行阻撓，默克爾這個黨主席也無力抗拒，現在聯盟黨對於稅收改革的反對沒有成功，邁爾茨自然要為此負責任。
於是，默克爾因為這件事狠狠地訓斥了邁爾茨一頓，使得邁爾茨怒火中燒。針對邁爾茨采取的策略和行動，默克爾還提出警告：“基民盟在今後應特別注意正確估計自身力量的問題，我不希望再看到這種醜事發生！”
更令默克爾鬱悶的是，她領導下的基民盟在各州的地方選舉上遲遲取得不了進展。2001年3月25日，巴符州和萊法州的地方選舉並沒給聯邦基民盟帶來突破性進展。雖然基民盟在巴符州取得了得票率為44.8％的好成績，增長了3.5％，這是“獻金案”醜聞以來基民盟難得的進賬，但實際上，這主要是備受愛戴和信任的州長艾爾溫·托伊費爾的個人功勞。萊法州的選舉也不能使人感到其對聯邦基民盟有所推動。政績平平、在日常工作中主張強硬處世哲學的基民盟候選人克裏斯多夫·博爾與受公眾歡迎、瀟灑開放的州長庫爾德·貝克（社民黨）相比，在參選人數減少的情況下顯得大為遜色。在這個昔日基民盟老巢、科爾曾擔任領導多年的萊法州，基民盟得票率僅為35.3％，這無疑令默克爾大失所望。
幾個月後的2001年6月16日，迪普根及其柏林基民盟由於社民黨、綠黨和民社黨提出的不信任案而退出柏林市政府，新的選舉定於2001年10月21日舉行。在黨內醞釀參加柏林議會的競選者時，默克爾再次受挫，她經過再三考慮，正式提名朔伊布勒為候選人。默克爾的想法是，隻要能將朔伊布勒調到柏林市工作，那麼他就再也不可能在聯邦一級的政治舞台上給她添亂了。但是，人們顯然還沒有忘記他在一年多以前都曾經做過些什麼，在柏林這位前任基民盟主席顯然得不到更多的信任和支持。另外還有一個人阻撓了默克爾如意算盤的實現。哪裏有朔伊布勒，哪裏就有科爾，科爾利用自己殘餘的政治能量在幕後操縱，使柏林企業家弗蘭克·施泰弗成了候選人，從而阻止了朔伊布勒的提名。就這樣，在2001年10月21日的選舉中，基民盟在柏林的選舉減少了17個百分點，降至23.8％，這一毀滅性的打擊對默克爾來說真是禍不單行。
默克爾的總書記
2000年10月，默克爾決定推翻自己5個月前的人事任命，她事先沒打招呼就把總書記波倫茨叫到辦公室，並且向他宣布了辭退決定。默克爾想要一個在實質問題上與她完全保持一致且不太影響到她個人風格的人來做總書記，而波倫茨顯然並不符合她的要求。事實上，默克爾在升任黨主席之前所擔任的正是總書記這一職務，但是她在升遷的時候卻把當總書記時的全套秘書處班子一起帶走了。就這樣，可憐的波倫茨在上任後不得不十分吃力地重新組建整個總書記的秘書處係統，這使得他苦不堪言。女記者蘇薩娜·赫爾這樣評價波倫茨：“善於思考的波倫茨不是好鬥的人，不會在各種形式的政治作秀中贏得什麼，但相比之下，他是一個值得信任的總書記。”但很顯然，默克爾並不會因為媒體的評論而改變自己的決定。
令人驚奇的是，波倫茨本人對於自己被免職這件事好像並沒有感到難過或難以接受，他是笑著接受默克爾將他免職的決定的，因為這讓他有一種如釋重負的感覺。波倫茨說他至今仍與默克爾關係很好，並沒有生她的氣。
默克爾解除波倫茨的職務導致基民盟總書記這個位置空了出來，鑒於這個職位的重要性，默克爾需要盡快再找到一個合適的人選才行。於是，基民盟準備於2000年11月20日在斯圖加特召開黨的聯邦委員會會議。聯邦委員會會議被視作“小型黨代會”，這個會議的職能是可以臨時委任總書記並讓其工作到下一屆聯邦黨代會召開。
至於下一任總書記的人選問題，默克爾將目光瞄準了勞倫茨·邁爾。邁爾當時的職務是北威州的副州長，此前他曾擔任過北威州州議會黨團主席，但在呂特格斯成了北威州反對黨領袖後，邁爾就被迫把州長的位子讓給了他。默克爾之所以選中邁爾自然有她的考慮，她不想讓一個有實力的聯邦政治家坐到這個位置上去，因為她害怕有人會效仿她的做法，走她走過的那條路。
在斯圖加特會議上，邁爾獲得100票中的99票，成功當選為基民盟的臨時總書記。這位北威州人在斯圖加特開會時強有力的發言十分引人注目，顯示出他與帶著鮮花辭職的前任波倫茨是完全不同類型的人。邁爾呼籲“必須解除人們的憂愁”，形容紅綠聯合政府在“欺負百姓”。他強調：“我們不必跟著酒館裏的那些人說一樣的話，但我們必須讓這些人理解我們的話。”為了使黨內朋友興奮起來，他最後說道，“老百姓可不願意總是看到一些愁眉苦臉的人”。成功當選之後，邁爾滿心喜悅地試圖把胳膊搭在黨主席默克爾的肩膀上，但向來習慣於與人保持身體距離的默克爾可不喜歡他的這種舉動，就像她不喜歡別人議論她的外觀一樣。就這樣，邁爾碰了個釘子，當然他是不會在乎這些小事的。
從邁爾在斯圖加特會議上的種種表現來看，他是一個性格活躍、精力充沛且不拘小節的人。這樣的一個人成為基民盟的總書記，馬上就為原本死氣沉沉的基民盟帶來了一抹亮色。
但是，邁爾並不是一個非常成熟的政治家，他在州裏任職時可以說是駕輕就熟，但是到了總書記這種聯邦一級的職位上，就明顯地感覺有些不適應。當上總書記的第一步，他本想讓基民盟與民社黨解除那種“扭曲的關係”，結果卻在基民盟黨內引起憤怒，他感到自己被誤解，以報道失誤為由駁回了對他的所有指責。