第二幕
幕間曲過後，舞台上出現的是戴著麵具的Firmin和Andre，時間已經是繼吊燈墜下後大概6個月了。已經是新的一年。期間，Phantom沒有再來打擾任何人，新的吊燈也安裝好了，於是人們在劇院裏舉辦了一次化妝舞會(Masquerade)來慶祝這新的生活。已經秘密訂婚的Christine和Raoul也在人群中攜手共舞。雖然Raoul很希望公開這個秘密，但是Christine依然害怕Phantom會知道後威脅他們的生活，要求Raoul繼續保密，並把Raoul給的訂婚戒指串在項鏈上，而不是戴在手上。Raoul雖然不是心甘情願，但也無可奈何。
正在歡樂進行到高潮的時候，突然出現一個戴著紅色死神麵具的客人，大家都被這奇異嚇人的裝束震住了。來者正是銷聲匿跡許久的Phantom。他帶來了剛剛寫就的一出歌劇《唐璜的勝利》（Don Juan Triumphant）要求劇院上演。並且，在再度消失前，他從Christine脖子上奪走那枚戒指，告訴她他還沒有放棄她。
舞會不歡而散，Raoul見Giry夫人心事重重，就上前詢問她是否知道Phantom的底細。Giry夫人在Raoul的苦苦勸說下，這才道出Phantom的來曆。原來幾十年前，巴黎來過一個江湖馬戲團，除了表演雜耍，他們還展出一些畸形人供大家娛樂，其中有一個被關在籠子裏的怪臉人，卻是一個知識淵博的建築師，音樂家。後來，這個怪臉人逃出了籠子，大家遍尋不著，都以為他已經死在某個角落。而Giry夫人則清楚意識到，之後出現在歌劇院的Phantom，就是這個怪人。Raoul聽到這一切，心中飄過一絲寒意，還想繼續追問，但是Giry夫人已經不敢再說下去，他也隻得作罷。
兩位經理對著新的總譜一籌莫展，說實話，他們不想聽從Phantom的命令，但是實在害怕再來一次意外。這時，他們又收到了Phantom發來的字條，上麵對歌劇院的人事安排等做出了一係列的指示。接著，Carlotta和Piangi又闖了進來，大呼小叫，原來Phantom給Carlotta在戲中安排的是一個隻有合唱的小配角角色。Carlotta無法接受，說這是對她的侮辱。Raoul帶著Christine前來詢問兩位經理到底有無決斷，是否讓Christine出演主角。而Giry夫人又帶著另一張字條匆匆趕來。Phantom在這張最後指示中聲明他的要求必須都得到滿足，否則，更大的災難將會等著他們。大家一時沒了主意
Raoul突然覺得這是一個很好的機會，便跟兩位經理商議一切按照Phantom的意思辦，但是另外他們將布置崗哨，誘捕Phantom。Giry夫人聽了十分驚慌，極力勸說他們，但是三人不聽，Christine雖然百般懇求他們不要讓她陷於其中，但是經不起Raoul的規勸，遂答應了他。當然，Phantom也沒有錯過他們的談話。
於是乎，一切都開始行動，Reyer先生開始給大家排練新的歌劇，在嘈雜的排練房裏，正當人們忙碌而且緊張到了極點的時候，突然放置一旁的鋼琴在沒有人彈奏得情況下自己彈出了排練曲目。驚惶失措的Christine奪路逃出，來到了父親的墓地前，向墓碑上的父親塑像訴說著自己的憂慮和恐慌，希望能得到他的幫助。突然，Phantom又出現在了她麵前。Phantom告訴她自己就是他父親說的Angel of Music，就是來引導和保護她的。被過度驚嚇的Christine再次被Phantom迷惑住。這時Raoul也聞訊趕到了墓地，並力勸Christine不要相信Phantom的話。Phantom企圖挑逗Raoul上前跟他決鬥，但是Raoul被Christine製止並一起逃離了墓地。Phantom憤怒之餘，發誓要報複他們兩個人。
地點回到劇院，Raoul和兩位經理正在緊急安排警察布哨布崗，準備在《唐璜的勝利》的首演式上，在5號包廂抓住Phantom。不過這一切都沒有逃過Phantom的耳目，Phantom的聲音在劇院各個角落響起，嘲笑他們的狂妄，並且挑戰他們說如果真想抓他，就盡快開演《唐璜的勝利》。Raoul也決定破釜沉舟，和Phantom做最後一次較量。