李子元采取了種種手段，不僅在最短的時間之內，將被調走的部隊重新組建完畢。而且李子元還從全分區抽調了一批班長，以及兩年以上的老兵進行整訓。班長作為排長訓練，老兵作為班長訓練。
作為連排級後備幹部的輪訓人員，要學習的東西相當的多。旗語指揮、地圖識別、指北針的使用，以及多種地形之下的戰術運用。為了輪訓這批幹部和骨幹，李子元專門將新組建的潞東獨立營調了過來，作為戰術實驗部隊。
完成整訓之後，全部下到主力各團作為各級建製軍政主官的副手使用。按照李子元的要求，每個營連都要配備三名副職，其中要有第一名的副職，重點就是熟悉正職幹部的工作。除了營連之外就連排級，都要配備兩名副職。
所有的副職幹部，分管的工作也要不斷的輪換。以便讓各個副職，能盡快的掌握該建製部隊的全麵指揮和管理能力。而且在提拔的時候，李子元點名要求一律都要從主力部隊選拔。就連重新編成的地方武裝，不僅一樣要超額配備副職，也同樣都從主力部隊考慮。
李子元的這個決定，在軍分區可謂是引起了很大的爭議。大家都不明白他的這個做法究竟是什麼意思，甚至有些人認為他這種超額配備副職的做法，是在亂提拔幹部，是在搞山頭主義、亂拉宗派。還有幹部一律從主力選拔，有看不起地方基幹武裝的嫌疑。
這件事情，在整個軍區引起了很大的 轟動。李子元司令部裏麵的電話，很長一段時間都沒有消停過。已經調任八分區副司令員，曾經在十字嶺並肩作戰的老上級。擔任一分區司令員的老首長，四分區司令員等一些老上級、老首長，都紛紛的打電話來詢問他又搞什麼鬼。
對於這些老上級、老首長的關心，李子元都嘻哈過去。就連分區政委還有最親密的老戰友訓問李子元，李子元就是緊閉著嘴什麼都不說。隻是告訴大家，他這種做法是有原因的。是為了今後部隊，可以更加長遠的發展。
配備多名副職，是有多名副職的作用。隻要是每一名副職，都充分讓他發揮作用，那就不是浪費。而且李子元一直在強調，這些副職一定要按照正職培訓。絕對不能現在將他們定位為副職，就真的拿他們當副職使用。
李子元搞出了一係列動作不說，還將分區政治部的幹部都派出去了。將前兩年精兵簡政時候動員退伍，返鄉回去擔任民兵或是直接務農的老兵，隻要還在潞東分區以及年齡不超編的，以及沒有傷殘的基本上都動員了回來。
將部隊中已經超齡，不適合在一線作戰，但是具備豐富作戰經驗的基層幹部和老兵，全部動員到各縣的區擔任武裝幹事。這些傷殘戰士除了接到上級命令整訓轄區的青壯年之外，不負責也不幹涉地方的任何的工作。
各縣的武裝工作部門，也增編一名專職軍事幹部。現在已經擔任二團供給主任的老班長，這次經過再三的要求，也轉調到了地方到了壺北縣工作。李子元也幹脆直接將原來的武委會，直接改編為了武裝部。
隸屬縣委和分區雙重管理，專門主官民兵工作和地方青壯年輪訓。到地方工作的人員，都編入這個武裝部的建製。考慮到一些問題，這些人都算是脫產幹部。軍區也批準，各縣的民兵都編成了民兵團。縣武裝部長兼任民兵副團長，縣委書記兼任政委。
這個民兵團，除了幾個幹部之外，全部為不脫產人員。每年在一定時間之內，將轄區內的民兵整訓。以地方獨立營為主，民兵為輔助力量。戰時配合主力和地方武裝作戰，在地方獨立營需要擴編的時候，隨時可以成建製的補充進入地方武裝。
這一係列很多都是李子元強硬推進的，在軍分區乃至整個軍區都引起了很大的爭議。有些爭議，尤其是超額配備副職的事情，甚至影響到了他扶正的事情。李子元頭上的這個代字，在一些幹部的反對之下，遲遲都沒有能夠取消。
但李子元也不解釋，隻是默默的推進各種工作。至於代字始終未能取消，自己一直都沒有轉正一事，李子元反倒是沒有太在乎。現在分區沒有司令員，他這個主持工作的副司令，軍事上的事情都是他說了算，轉不轉正對於現在的他無所謂。
到了一九四五年六月三日，李子元正式卸任潞東軍分區獨立二團團長的職務，老戰友劉海山接任團長。該團政委馬永成調任軍分區政治部副主任，參謀長何三亮調任軍分區副參謀長兼作戰科長。
政委由錢朋接任，參謀長則由三分區作戰科長下派擔任。副團長，由三分區十三團一營長調任。何三亮是李子元去軍區政委那裏，走了後門千方百計的要來的。隻是原本隻是想著將何三亮調到分區擔任作戰科長，卻沒有想到直接提升為副參謀長。