原本早在三縱一成立，首任司令員也就是原來的三分區司令員，就點名要李子元。但新任軍區司令員說通了政委，點名李子元留下也最終無可奈何。政委說話了誰也不敢去改變，李子元也隻能留下。
如果說原來一二九師的部隊是一個大家庭的話，說有些婆婆嘴的師長是一位慈母，那一向馭下極嚴格的政委就是一位嚴父。在幹部調動這件事情上，師長一向都是給政委予以充分尊重的。要不然，後來的晉冀魯豫野戰軍怎麼會被稱為劉鄧大軍？
由太行軍區組建的第一個縱隊時候，李子元被新任軍區司令員給硬扣了下來。結果在新組建六縱的時候，原本已經定了擔任旅長的李子元，還是因為這個原因被留下，擔任太行軍區獨立旅的旅長。
到了四七年太行軍區組建九縱隊的時候，同樣已經內定為旅長的李子元，因為新部隊與四縱隊組成一個兵團，主要負責外線與機動作戰。除了晉南之外，基本上已經不在山西戰場作戰。
在接替指揮山西戰場的晉冀魯豫軍區第一副司令員，原來的紅四方麵軍總指揮，又用同樣的理由點名將給硬留了下來。李子元就以地方武裝的身份，先後參加了太行軍區參加的曆次作戰。
從晉南到豫北，在從隴海路、運城再到臨汾戰場，都是以地方武裝的身份參與的，而且是一向都承擔著最重要的任務。隻是盡管在山西戰場上，李子元不能不說不被委以重任。但對於李子元來說，山西戰場的天地還是有些太小，讓他總感覺渾身的力氣無處使。
總感覺有勁使不出來的李子元，卻看著此時已經打出外線，先後出擊隴海線、魯西南，到千裏躍進大別山，劉鄧大軍曆次行動也隻能幹瞪眼，自己隻能無奈的縮在山西戰場上，指揮一些獨立團作戰。
好在接任山西戰場的那位四方麵軍總指揮，軍事素養與能力都是極高的。盡管老部隊和主力部隊，幾乎是培養成一批升級拉走一批。不是調往西北作戰或是編入晉冀魯豫野戰軍主力，就是基本上組成外線兵團，留在都是新編的部隊或是地方武裝。
這些地方武裝裝備差，山野炮僅有三十多門，迫擊炮的數量也不多，而且炮彈的數量也嚴重不足。有的團甚至無重機槍，輕機槍的數量隻有幾挺。輕重機槍彈藥普遍不足一個基數，步槍子彈平均每支隻有三十發。
但在山西戰場上就是依靠著裝備差，精兵強將被先後調走的一群地方武裝，在山西戰場越打越精彩。依靠掘進坑道爆破戰術，先後攻克了運城和臨汾這兩座設防堅固的城市。在晉中一戰中更是以六萬兵力，一舉殲滅及晉綏軍主力十萬人。
而然指揮所部編入太行軍區最後整編一個縱隊，也是還沒有合並到華北軍區的晉冀魯豫軍區第十三縱隊，擔任旅長的李子元指揮所屬部隊先後參加了臨汾戰役、晉中戰役。在晉中戰役中，李子元以一個旅的兵力連續作戰，打垮了晉綏軍九個團。
隨即又集中兵力，將晉綏軍以留用的日軍組成的第十總隊全殲。在整個晉中戰役之中，李子元充分發揮了連續作戰精神，作為機動兵力在整個晉中戰役中打滿了全場。取得了參戰所有部隊中最大的戰果，僅僅山炮就繳獲了三十多門。
在山西戰場期間，李子元不僅在戰場上的打得相當出色，而且還充分發揮了擅長練兵的特點。將一批批的地方武裝打造成精兵強將，不斷的輸送給主力部隊。他一手帶出來的老潞東獨立二團，以及主持整訓的一團、新二團。
在整個解放戰爭期間，都是劉鄧大軍的頭等主力團。後擔任旅長的一個獨立旅，也成了陳謝大軍中的兩把尖刀。而交給他一批主力先後升級，調走之後的地方基幹武裝，也硬是被他調教成了留守部隊中的拳頭部隊。
成為太行軍區最後一個成立的縱隊中，戰鬥力最強的一個旅，也是整個山西戰場戰鬥力最強的一個旅。在縱隊剛一成立參加的第一次戰役中，就在表現分外的搶眼。每次作戰，都被當過鋼刀部隊使用。
原本在組建這個縱隊的時候，李子元被任命為副司令員。但他並不想留在上麵，還是想要在一線帶兵作戰。最終在那位擔任晉冀魯豫軍區第一副司令員，全權指揮山西戰場的總指揮拍板之下，擔任縱隊副司令員兼主力旅旅長。
隻是盡管在山西戰場表現出色，可整個解放戰爭期間，李子元過的並不如意。他隻能看著自己的戰友，在中原大地上馳騁縱橫，一仗打的比一仗大，而且打的都是第五軍、第八軍、整編十一師等這樣的中央軍美械精銳。
一心想要和那邊的五大主力，尤其是美械部隊較量一番的李子元。卻是隻能窩在一隅的山西戰場上，與戰鬥力差了一截的晉綏軍，或是那邊的雜牌軍較勁。震驚中外的淮海戰役，也連看都沒有看到，更別說參加了。