又有徐樹錚的問題使府、院雙方的矛盾進一步激化。
徐樹錚字又錚、幼錚，號鐵珊，江蘇蕭縣人。少有神童之譽，年廿二間關至山東投靠袁世凱，踵轅上書，值袁喪居，命道員朱鍾琪代見，未得結果，住在濟南的高升店，旅居無聊，在廳堂寫楹聯，時值嚴冬，徐僅著夾袍，可是並沒有寒酸氣。這天段祺瑞剛好到高升店訪友，見徐氣宇不凡，乃探問其姓名，徐告以投友不遇，盤纏用罄，正在等候家款。段問其願就事否？徐答以：“值得就則可就”。段乃約徐長談，聘徐擔任文牘工作，從此畢生追隨段祺瑞。袁世凱任北洋大臣，段督辦陸軍各學校，徐雖擔任文員職務，但時與兵士習跑步，同操作，後赴日本入士官學校，回國後仍在段左右，領袖群僚，不僅是段的靈魂，簡直是段的化身。段一生剛愎，有人說段是剛愎“他”用，這他，就是指徐樹錚。
黎元洪就職總統後，任命段祺瑞為國務總理，這是段的第三次組閣。段組閣時有一個老問題，就是要任命徐樹錚為國務院秘書長，黎也是堅決不同意的，段把這意思請張國淦向黎去講，袁死前段亦是請張國淦向袁要求派徐為秘書長而被拒。張知道黎也不會同意，可是又不能不講，才向黎一提，黎就沉下臉來說：“請你告訴總理，一萬件事我都依從他，就這一件我辦不到。”張不好把這話對段講，就去請教徐世昌，徐怕黎、段兩人因此鬧僵，乃親自去見黎說：“我以為你一萬件事都可以不依從他，這一件非依從他不可，不要怕又錚跋扈，芝泉已經夠跋扈的了，多一個跋扈也差不了多少。”徐世昌的話一點也沒有錯，在當時的情勢，段有沒有徐樹錚都是一樣，他的眼中根本就沒有黎元洪。
當黎同意徐樹錚為國務院秘書長時，有一個保留條件，就是規定國務院秘書長來見總統陳事時，須先知會總統府秘書長一同入見。這個規定也是令人不解的，原來黎做總統後，段從不以總理身份去見總統，而是由國務院秘書長前往。徐樹錚見黎時也並不尊敬，黎有時問起某一件公務時，他總是這麼說：“現在是責任內閣製，有總理負責，總統不必多問。”
小徐有才氣但任性，段能倚信小徐，實在很難得，可是小徐的缺點是跋扈，很難與人共事，像張國淦這樣能夠忍讓的人，亦無法和小徐相處，竟於8月1日辭職，由丁世嶧繼任。丁鑒於張的失敗，所以采取不讓步態度對小徐，並提出府院辦事手續草案，建議：“大總統得出席閣議發表意見，但不得參加表決；大總統對國務自由行使其職權。如用人不同意，得拒絕蓋印。閣員應隨時向總統麵商要政，國務會議前須將議事日程陳報，會議後須將議事紀錄呈閱。”
黎自丁世嶧入幕後，聲勢一振，其左右如哈漢章、金永炎、黎澍、蔣作賓等，亦附和丁的建議。段一怒而請假不視事，賴徐世昌等調和，段才稍稍讓步，於八月廿六日手諭徐樹錚：“本院呈請大總統核閱文件，應責成該秘書長躬自遞呈，用印後齎回，無論風雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差異。”又呈報黎：“逐日文件，均由樹錚躬遞。該員伉直自愛，不屑妄語，其於麵對時，凡有聲明為祺瑞之言者，祺瑞概負全責。”對有關府院權限問題，亦議定折衷辦法，即
（一）國務會議議事日程先期呈閱，事後送呈議事紀錄；
（二）國務會議散會後，推國務員一人入府報告議決事項；
（三）每星期五，國務員齊集總統府會商政務。舉行聚餐；
（四）總統對國務會議議決案如有認為不合者，得命總理及主管閣員說明其理由，如仍認為不合，得交複議一次；
（五）未經國務會議議決之命令，總統得拒絕蓋印。府院職權因此明確劃分。
徐樹錚不隻和總統府秘書長對立，在國務會議中也引起了極大的麻煩。在第一次閣議中，內務總長孫洪伊就和徐樹錚吵了起來。照法理講，國務院秘書長隻能列席內閣會議，並無發言權，那次閣議中，討論到廣東李烈鈞和龍濟光的糾紛，徐主張電令閩、粵、湘、贛四省會剿李烈鈞，孫主張去電和解，其他閣員皆讚成孫的主張，不過為了段的麵子，沒有製止小徐發言，小徐竟於閣議後，將會剿李烈鈞的電報拍發，待四省複電國務院，閣員們才知其事，孫洪伊遂在閣議席上指責小徐，小徐也反唇相譏，兩人幾乎拍桌吵鬧，而段卻有左袒小徐的意思。
總統和國務院職權劃分後，國務院大權幾全集中於徐樹錚之手，不止孫洪伊不滿，其他閣員也不滿意，不久發生了任命郭宗熙為吉林省長和查辦福建省長胡瑞森案，遂使內閣的火藥氣氛接近爆炸。這兩案都是徐樹錚擅行決定，得段同意辦理，既未經閣議審查，又沒有主管內務總長副署，徐即以國務院名義徑行谘複國會。孫洪伊認為小徐眼中完全沒有內務總長，段也不尊重自己，乃當麵質問段：凡與各省民政長及有關的問題，內務總長是否無權過問？院秘書長是否有權擅自處理？段無言回答，隻說了一句：“又錚荒唐。”吩咐把胡瑞森一案的谘文追回，可是國會已經印發了出去，無法追回，孫乃於八月三十日憤而辭職。段一麵派許世英致意慰留，一麵調整內閣辦事程序五點：
（一）凡答複議會之質問書，須由主管部起草；
（二）頒布命令須由國務員副署；
（三）院令須經國務會議通過；
（四）閣議通過者，秘書不得擅改；
（五）各項法令非經總理及主管部總長副署，不得發出。黎聞知此事，乃於十月一日召見孫，麵予懇留。
不久，孫以裁汰內務部員司，為被汰人員祝書元等28人借口不合文官任免休職條件，控拆於平政院，平政院決定受理，限孫五日內提出答複。孫認為平政院是袁所設，其本身地位有問題，因而置之不理。10月7日平政院認為內務部非法，任免令一律取消，由院呈請大總統下令執行。孫則力斥平政院非法設立，不在民元《約法》內。雙方爭執甚為激烈，孫認為這是徐樹錚幕後策劃出來的。
孫和總統府秘書長丁世嶧同為國會中的韜園係，這一係在國會中頗有力量，所以孫亦有恃無恐，與丁聯合對抗小徐。丁對小徐處處防範抵製，不似張國淦那麼隨和，因此遂使當時政治空氣緊張。
10月18日，徐樹錚忽然手持“孫洪伊著即免職”的命令請黎蓋印，黎為之駭然，堅決不肯蓋印。此後，徐一連到公府催促四次，最後一次公然很不禮貌地說：“總統不蓋印，就隻能不準伯蘭（孫）出席國務會議”！此時，黎一肚子的火大喝一聲：“你說的是一句什麼話”！徐冷冷地回答說：“這是總理說的”。
這次政潮的範圍非常之廣。國會議員王玉樹等提出對政府的質問案，認為要罷免一個總長，應該由國會提出彈劾，而不能準許國務總理獨斷獨行。孫洪伊本人則認為“國務員對總統應負聯帶責任，內閣可以總辭，不能單獨免一個閣員的職。”
10月24日，很少到公府來的段忽然來到了公府，親自請黎在免孫的命令上蓋印。黎仍然拒絕。段乃氣勢洶洶地說：“總統不肯免孫伯蘭的職，就請免我的職吧”！黎被他這一將軍抵擋不住，便又無可奈何地說：“可以讓伯蘭自動辭職，免職令還是不下的好”。但是孫洪伊表示除非總統下令免職，自己決不自動辭職。
10月27日，黎請參謀總長王士珍與孫同到公府來商量這個問題。王士珍勸孫讓步，以一個專使的名義出洋考察，不開去內務總長的職，由次長代理部務，以便和緩政潮。孫表示不願出洋。
國會中韜園派議員呂複、褚輔成等提出了彈劾院秘書長徐樹錚案，並且還擬進一步彈劾國務總理段祺瑞。徐看見問題鬧大了，不免情虛膽怯，便表示“隻要伯蘭辭去內務總長，維持總理的威信，可以調任為全國水利總裁，或者外放省長”。孫表示：“什麼官我都不要，隻要維持我的人格”。段聽了孫不辭職，不出洋，不外調的話，不禁怒衝衝地說：“好，我們大家都辭職，讓孫洪伊一個人去幹”！
一方麵表示決不辭職，一方麵表示不把他逐出內閣就不能維持總理的威信，可是如果維持了總理的威信，勢必又會影響到總統的威信，這個問題糾纏不清，始終找不出一個適當的解決辦法來。於是黎的策士主張電召“隱居”衛輝的徐世昌到北京組織內閣以代段。他們認為，段的政治資本是北洋派，而徐世昌在北洋派中的資望遠在段之上，並且張勳對徐抱有特殊好感，因此以徐代段不會引起嚴重後果。黎也覺得傀儡總統和蓋印機器做得太苦了，不如痛痛快快地幹一下，就采納了策士們的建議，派王士珍到衛輝迎接徐世昌來。
從10月下旬到11月，徐世昌突然變成“解決時局的中心人物”。北京傳出來的消息異常混亂，一會兒說徐即將來京，一會兒又說他不肯來。最後，他提出了“擁護元首”、“維持合肥”、“不入政界三個條件，要黎答應後才肯動身。
徐世昌於11月16日到北京，當天並不到公府謁見黎。17日，黎親自到五條胡同拜訪他，希望從他取得一些安慰，但是他隻向黎說了一些海闊天空漫無邊際的話，黎十分掃興地回到公府來。府秘書長丁世嶧勸黎不要因此灰心，他認為：“半推半就是人之常情，徐世昌不會爽爽快快地表示自己願意做總理。段是個心地狹小的人，先發表命令，必然會負氣出走，徐就可以從容上台了”。黎不以這個意見為然。另外有人建議電召馮國璋、陸榮廷晉京，然後下令免段的職，黎也不以為然。那些策士不滿於這種畏首畏尾的態度，因此，他們沒有取得黎的同意，就打電報給馮國璋，假造“菊老已允出山”的消息，請馮發電為之捧場。可是馮的消息很靈通，早已知道徐世昌不敢取段而代，同時馮自己正因為當選副總統，地位在段之上而感到局促不安，想找一個機會應酬段一下，因此回電說，內閣仍以維持原狀為宜。這樣，就使黎的逐段計劃多了一層阻力。徐世昌上台多了一層顧慮。
17日，徐世昌到府提出府院威信雙方兼顧的辦法，就是孫洪伊、徐樹錚兩人同時免職，並且推薦張國淦繼任院秘書長。他認為張國淦以前做過府秘書長，又做過段內閣的閣員，這樣一個與雙方都有良好關係的人繼任秘書長，一定能夠融洽府院感情。此時黎既沒有勇氣拒絕徐世昌的意見，而舍此之外又無更妥善的辦法，就於20日下令罷免了孫洪伊的內務總長。
22日，徐樹錚拿了免他自己的職的一道命令入府蓋印。黎一麵蓋了印，一麵又覺得忐忑不寧，要聘徐做公府軍事顧問，還說了一些安慰他的好話。
24日，段向公府提出三點質問：一、現在府方一切措施，是否與責任內閣製的精神完全相符？二、府方經常延擱國務院的呈閱公文，倘有貽誤，其責任應當誰屬？三、經國務會議通過應當發布的命令，府方經常拒絕蓋印，能否說明其理由？
孫洪伊仍然退回到國會，仍然不斷利用國會黨團的力量打擊段。6年1月14日，步軍統領江朝宗忽然派兵到羊肉胡同孫宅進行搜查，據說孫宅藏有“危險分子”八人，孫洪伊有“陰蓄死士進行暗殺”的嫌疑。這樣，孫便隻得逃往南京托庇馮國璋。
一般人都以為府院政潮已因黎之軟化而告解決，但是段的看法不一樣，他認為孫洪伊免職僅僅是內閣內部的問題，不能視為府方的讓步，院秘書長徐樹錚既然去職，府秘書長丁世嶧也該去職。黎本想拒絕段的這個無理要求，可是忽然張勳來一個痛斥丁世嶧的電報，因此黎隻好同意段的要求，2月25日派夏壽康繼任府秘書長。
參戰問題的爭執，最終導致府、院徹底決裂。
第一次世界大戰中，德國潛艇無限製進攻引起了美國的極大反感，乃於民國6年2月3日正式宣布對德絕交。中國駐美公使顧維鈞把美國總統威爾遜的決定電告北京，這時北京的各國駐華使節都積極活動爭取中國，在此以前中國是堅持中立的。2月4日，美國照會中立各國政府，歡迎各中立國和美國采取一致的行動。美國駐華公使芮恩施竭力勸告中國政府響應美國的號召，以加強中美合作關係。外交總長伍廷芳主張走美國路線，以爭取美國在經濟上和政治上援助中國，抵製日本侵略，並在戰後國際和平會議上有發言權。這些利害關係很能打動黎元洪。可是段祺瑞一向是親德的，他平素吃西藥，非德國藥不吃，同時深信德國陸軍無敵於天下，最後勝利必屬於德國。不過段這時正和日本親近，日本已和德國宣戰，因此段很想聽聽日本方麵的意向。2月7日段以國務院名義電令駐日公使章宗祥就近探詢。章回答說：日本外相本野表示不反對中國對德絕交。日本這個態度和過去大相徑庭，袁在世時，英、法、俄三國曾勸誘中國參戰，被日本所反對，日本認為中國既已宣布中立，就無須對德國宣戰。那時日本反對中國對德絕交是怕中國加入協約國後，就使日本無法“乘火打劫”侵略中國，何況當時袁世凱是拉著英國對付日本的。現在段內閣正和日本親近，中國參加協約國，對日本也是有利的。國會方麵議員們大多數同情協約國，抨擊德國的黷武政策。
中國人最壞的一種觀念，常把對外問題牽連到對內恩怨上。段聽說黎和國會也主張對德絕交，他便力爭先發，不願在黎之後，而黎聽說段主張對德絕交，乃反過來變成反對對德絕交。這時黎恨段達於極點，段的政策在黎看來，無一是處，段東黎則西，段是黎則非。老好先生的黎有時弄僵了也不好惹的。
3月1日，段祺瑞率領全體閣員到總統府舉行最高國務會議，討論對德絕交問題。黎表示這個問題應該先交國會討論。這當然是很中肯的意見，就黎來說也是避免和段鬧僵的一個回旋。