正在這時，張勳忽然來電說，內閣及軍事會議所決定的外交方針不能變更，如果國會反對，就要采取最激烈的方法對付國會。
10日下午，眾議院舉行全院委員會審查對德宣戰案時，北京城忽然出現了“五族公民”、“陸海軍人代表”這些光怪陸離的隊伍。這些“公民團”從四麵八方聚集有2000餘人，看見議員走過，就投以各種各色的“請願書”和“警告”傳單，議員如果拒不接受，就被他們拉下車來施以毆打，當場受到毆打的有鄒魯、呂複、田桐、陳策、吳宗慈、郭同等10餘人，田桐受傷最重。“公民團”推舉代表張堯卿等到眾議院樓上議長室會見了議長湯化龍，要求在秘密會議上允許他們列席旁聽，湯以不合議場規則加以拒絕。他們公然威脅國會必須當天通過政府提交的對德宣戰案，否則“公民團”對國會和議員將采取激烈手段，請大家慎重考慮。眾議院門外布滿了武裝警察，議場的四麵便門都有佩帶手槍的警官把門警戒，對議員們加以“保護”。被保護的議員都被禁止出外，而“公民”代表們卻可以出入自由。
“公民”包圍國會的問題一直僵持到晚間9時，終於沒有得到解決。竟有一些公民向議院內投擲磚瓦，意在恫嚇議員接受他們當晚通過對德宣戰案的要求，不料一塊飛石擊中了跑到國會來采訪新聞的日本聯合通訊社記者中野，段恐因此引起外交事件，才命令吳炳湘從電話中招來一隊騎兵把“公民團”驅散。
這時已是晚10時半，議員們再也沒有心情繼續討論，當天的會議就此結束。
“公民團”事件發生後，全國輿論大嘩。國民黨係閣員伍廷芳、程璧光、張耀曾、穀鍾秀建議內閣總辭職以明責任，段不肯接受，於是這四個人都單獨提出辭呈。因此，5月12日國務會議舉行例會時，隻剩下段一個人出席，院秘書長張國淦勸段暫時引退。段還以為我不自動辭職，總統其奈我何？根據段的見解，如果總統下令免他的職，他本人拒絕副署，這道命令就不能發生效力。
段每天照常到院辦公，他還打算俟參戰案在國會通過後，即著手組織國防內閣，增設不管部閣員數人。他似乎滿有把握地認為國會一定會通過參戰案，而內閣也不會有嚴重危機，他一連用三道谘文催促眾議院從速通過對德宣戰案。
黎對段照常到院辦公感到驚奇。他向幕僚們得意地說：“且看他的獨腳戲唱到幾時？”他對各閣員的辭呈都批了“交院”兩個字，隻是對伍廷芳的辭呈留中不發。有人問他，為什麼伍總長的辭呈不交院並案辦理。他閃爍其詞地說：“為了外交的關係。”這是騙人的，事實上他是決心留伍繼續任職，以便於適當時期派他代理內閣總理。
19日眾議院開會時，議員褚輔成動議：“對德宣戰一案原是以總統的名義谘交國會的，何以三次催請表決的谘文都用國務院的名義？國務院發出公文，應由國務會議決定，但是現在僅有總理一人而並未舉行國務會議，因此本席認為此項來文不合手續。在內閣未改組前，本案應不予討論。”這個動議以多數人的同意獲得通過。從此國會與段也進入到短兵相接和勢不兩立的新階段了。
同一日，督軍團倪嗣衝宅又舉行緊急會議，決定采取最後一個步驟，對國會再施以壓力迫使通過對德宣戰案，否則便以國會憲法二讀會中所通過的憲法草案條文，嚴重地違反憲政精神為借口，呈請總統解散國會。當天督軍團用開快車的方法，呈請黎谘交國會改正憲法草案，全文如下：
“竊維國家賴法律以生存，法律以憲法為根本，故憲法良否，實即國家存亡之樞。恩遠等到京以來，轉瞬月餘，目睹政象之危，匪言可喻，然猶不難變計圖善，惟日前憲法會議二讀會通過之憲法數條內，有眾議院有不信任國務員之決議時，大總統可免國務員之職或解散眾議院，惟解散時須得參議院之同意。又大總統任免國務總理，不必經國務員之副署。又兩院議決案與法律有同等效力等語，實屬震悚異常。查責任內閣製，內閣對國會負責，若政策不得國會同意，或國會提案彈劾，則或令內閣去職，或解散國會，訴之國民，本為相對之權責，乃得持平之維係。今竟限於有不信任之決議時，始可解散。夫政策不同意，尚有政策可憑，是案彈劾，尚須罪狀可指，所謂不信任雲者，本屬空渺無當，在憲政各國，難有其例，究無明文。內閣相對之權，應為無限製之解散，今更限以參議院之同意。我國參、眾兩院，性質本無區別，回護自在意中，欲以參議院之同意，解散眾議院，寧有能行之一日？是既陷內閣於時時顛危之地，更侵國民裁製之權，憲政精神，澌滅已盡。且內閣對於國會負責，故所有國家法令，難以大總統名義頒行，而無一不由閣員副署，所以舉責任之實際者在此，所以堅閣員之保障者亦在此。任免總理，為國家何等大政，乃雲不必經國務員副署，是任命總理，雖先有兩院之同意為限製，而罷免時則毫無牽礙，一惟大總統個人之意旨，便可去總理如逐廝役。試問為總理者，何以盡其忠國之謀？為民宣力乎，且以兩院鄭重之同意，不惜犧牲於命令之下，將處法律於何等乎？至議決案與法律有同等效力一層，議會專製口吻，尤屬彰彰悖逆，肆無忌憚。夫議事之權，本法律所賦予，果令議決之案與法律有同等效力，則議員之法律，無不可起滅自由，與朕開口即為法律之口吻更何以異。國家所有行政司法之權，將同歸消滅，而一切官吏之去留，又不容不仰議員之鼻息，如此而欲求國家治理，能乎不能？況憲法會議近日開會情形，尤屬鬼蜮，每一條文出，既恒阻止討論，群以即付表決相嘩請，又每不循四分之三表決定例，而輒以反證表決為能事。以神聖之會議，與兒戲相終結，將來宣布後謂能有效，直欺天耳。此等憲法，破壞責任內閣精神，掃地無餘，勢非舉內外行政各官吏，盡數變為議員仆隸，事事聽彼操縱，以暢遂其暴民專製之私欲不止。我國本以專製弊政。秕害百端，故人民將士，不惜擲頭顱，捐血肉，慘淡經營，以構成此共和局麵，而彼等乃舞文弄墨，顯攫專製之權，歸其掌握，更複成何國家？以上所舉，猶不過其犖犖大者。其他鉗束行政，播弄私權，紕繆尚多，不勝枚舉。如認此憲法為有效，則國家直已淪胥於少數暴民之手。如憲法布而群不認為有效，則禍變相尋，何堪逆計。恩遠等觸目驚心，實不忍坐視艱辛締造之局，任令少數之人，倚法為奸，重召钜禍，欲作未雨之綢繆，應權利害之輕重，以常事與國會較，固國會重，以國會與國家較，則國家重。今日之國會，既不為國家計，是已自絕於人民，代表資格，當然不能存在。猶憶天壇草案初成，舉國惶駭時，我大總統在鄂都任內，挈銜通電，力辟其非，至理名言，今猶頌聲盈耳。議憲各員，具有天良，當能記憶，何竟變本加利，一至於此。惟有仰懇大總統權宜輕重，毅然獨斷，如其不能改正，即將參、眾兩院，即日解散，另行組織。俾議憲之局，得以早日改圖，庶幾共和政體，永得保障，奕世人民，重拜厚賜。恩遠等忝膺疆寄，與國家休戚相關。興亡之責，寧忍自後於匹夫？垂涕之言，伏祈鑒察！無任激切屏營之至！”
倪嗣衝將此項呈文送到國務院，請其轉呈總統，徐樹錚就在呈文上蓋了將軍府的一顆大印，另外擬就了解散國會的一道命令，一並送往公府。
20日，黎邀請國會中各政團領袖——政學會領袖穀鍾秀、研究會領袖湯化龍、益友社領袖吳景濂、政餘俱樂部領袖王正廷等到公府舉行談話會。黎提出各督軍所指責的關於憲法草案的三個“缺點”，希望國會自動地加以改正。各政團領袖回答說，他們對此並無成見，可以轉答本團體的議員重加考慮。
當談話會結束的時候，有人問黎，如果督軍團一定要解散國會，總統用什麼方法對付他們？黎說：“我抱定了九個字的主意：不違法，不蓋印，不怕死！”
21日，黎召喚在督軍團呈文上為首簽名的孟恩遠入府談話。黎剴切地說明，解散國會在《約法》上是沒有根據的，當前的問題在內閣而不在國會。芝泉（段）已經無法單獨幹下去，因此，解決時局的樞紐，惟有總理辭職，另外組織一個健全的內閣。但孟表示督軍團是支持段內閣的，結果不歡而散。第二天，各督軍紛紛出京，齊聚徐州，繼續商討對策。
23日黎元洪鼓足勇氣，一連下了三道命令：第一道命令是免去國務總理段祺瑞的職，特派外交總長伍廷芳暫代國務總理；第二道命令是派陸軍部次長張士鈺暫代陸軍總長；第三道命令是派王士珍為京津一帶警備總司令，並派江朝宗、陳光遠為副司令。
同一天，段乘車往天津，黎派公府顧問丁槐贈以程儀1萬元，並派侍從武官長蔭昌代表送行。段臨行前發表漾電說：“……查共和各國內閣製，非經在任內閣總理副署，不能發生命令效力。以上各件（指以上三令），未經祺瑞副署，將來地方及國家因此生何影響，祺瑞一概不能負責。”這個電報顯然是控訴總統以非法手段免去他的國務總理，不承認這個命令有效；電報末尾署名為“國務總理段祺瑞”，顯然仍以在職的國務總理自居。
此命令一下，首先徐州的督軍團大嘩，致電大總統：“各省督軍及各省代表二十餘人昨晚偕同到徐，以憲法問題就商。旋奉公府秘書廳漾電開……等因。鹹以民國適用責任內閣製，凡任免官吏，向由國務院發出，非由國務總理副署，不能發生效力。秘書廳職司機要，對於此事，本無責任可言，今忽逾越職權，擅發通電，宣布命令，殊屬創舉，當然不能認為有效。共和國家首重法治，如果任意出入，人民將何適從？中央現既首先破壞法律，則各省惟有自由行動等語。事關法律問題，理由極為充分，如無持平辦法，必將激生他變。謹飛電直陳，敬候鈞裁。”
黎從來沒有想到要與北洋派為敵，他的目的僅僅在於排去一個目無總統的段。為了避免北洋派因免段而可能引起誤解，所以不止一次地請北洋派元老徐世昌繼段之後組織內閣，信使不絕於途，但是在天津的徐則堅決不肯應命。黎又請北洋派的另外一塊金字招牌王士珍組閣，5月25日曾到王宅苦口勸駕，王也不肯“賣友（段）求榮”，說來說去，最後承認在新內閣中擔任陸軍總長，以便隨時為總統幫忙。當天，黎向國會提出了以李經羲為國務總理的同意案。27日為星期日，眾議院破例開會，在483票中以338票通過李經羲為國務總理的同意案。28日，參議院又以166票對26票獲得通過。
但是督軍團並不買賬，而且反應更加激烈。29日，蚌埠方麵倪嗣衝首先宣布獨立。隨後河南、浙江、山東、山西、福建、陝西、奉天等省紛紛響應宣布獨立。各督軍還紛紛部署軍隊，耀武揚威。督軍團宣稱獨立是“兵諫”，如果黎肯接受他們所提的解散國會、改正憲法、組織健全內閣、摒斥“公府僉壬”四個條件，就可以取消獨立，向黎俯首認罪。
在此時期，西南六省紛紛通電反對軍人幹政，反對解散國會。5月30日，湖南督軍譚延闓通電主張調停，淮軍老將薑桂題表示附和，並建議邀請馮國璋、張勳、譚延闓等到北京，與王士珍共同組織“調人會議”。孫中山則反對調停，電促西南六省興師討逆。國民黨係的海軍總長程璧光電勸獨立各省取消獨立，並表明海軍始終保障共和的態度。李烈鈞由上海到廣州，擬率領在粵滇軍張開儒、方聲濤兩師北伐。廣東督軍陳炳焜、廣西督軍譚浩明與李烈鈞聯名發出通電，發起滇、黔、川、湘、粵、桂六省聯盟，並建議公推陸榮廷為盟主，請陸到廣東“主持至計”、“遵守《約法》、擁護共和為始終不渝之宗旨”，又請馮國璋“堅持護法之心”。唐繼堯通電西南各省，建議在廣州組織臨時政府，遙戴黎為總統。
在此種情形之下，黎元洪隻有更番不休地催促李經羲到北京組織內閣。李不敢就職，但卻勸黎電召張勳晉京調停時局。李認為張勳是督軍團的大盟主，其力足以控製督軍團；加以張勳未向北京政府宣布獨立，因此具有居間調停的良好條件；張勳和他的私人關係很密切，如肯晉京調停，就能夠加強他的內閣地位，並支援總統，澄清時局，正在這個時候，張勳有回電表示擁護總統，擔任調停，因此黎於6月1日除派專車到徐州迎接外，並以總統命令召喚張勳晉京調停時局。命令說：“安徽督軍張勳來電瀝陳時局，情詞懇摯。本大總統德薄能鮮，誠信未孚，致為國家禦侮之官，竟有藩鎮聯兵之禍，事與心左，慨慊交深。張勳功高望重，公誠愛國，盼即迅速來京，共商國事，必能匡濟時艱，挽回大局，跂予望之！”
6月2日，天津河北大馬路中州會館忽然掛出一塊“獨立各省總參謀處”的招牌，被通緝的洪憲帝製要犯雷震春通電就總參謀職。並在電文中說：“鞏固共和政體，另定根本辦法，設立臨時政府、臨時議會”。參加這個組織的有帝製派、複辟派、段黨、研究係以及其他一些陰謀政客和投機分子，這個組織號稱是獨立各省聯合軍事機構，也就是獨立各省所組織的變相的“臨時政府”。它公開地發布宣言：“此次用兵，專為黎氏一人”。毫無疑問，它的目標是在驅逐總統，但在驅逐總統以後的下一步驟，究竟是擁戴段上台或者擁戴溥儀複辟，卻暖昧不明。
事情鬧到這種地步，其實黎、段都沒有占到上風，反而是讓張辮帥漁翁得利了。不管是有意無意，都使他獲得了一個複辟帝製的千載難逢的好機會。