同日孫傳芳亦發出通電，宣告占領龍華，電雲：
“謹布者，頃據上海憲兵司令馬葆珩派馮副官來稱，敵被我軍攻擊，節節潰退，已不成軍，盧何等見大勢已去，於本日通電解除職務，乘船逃走，上海製造局暫由該司令維持等語。傳芳一麵指定地點收容潰兵，一麵飭所部停止軍事行動，傳芳擬即日率帶衛隊進駐龍華，暫維治安，以俟齊巡閱使蒞止，特此電布。孫傳芳。”
盧永祥倉皇棄軍出走，其實在形勢上還不到不可收拾的地步，當時戰局雖不利，可是除了鬆江、青浦、嘉定被齊、孫一方占領外，黃渡、南翔、瀏河、吳淞尚在盧、何一方，其部隊尚完整者，包括第四師、第十師、第六混成旅及臧致平、楊化昭之軍隊，合計不下3萬餘人，大都軍械齊備，子彈軍實猶有餘儲。盧、何出走後，這些軍隊群龍無首，紛紛退至閘北南市一帶和人民雜處。
上海租界方麵耽心潰兵湧入租界，乃在交界處遍布鹿角，網以鐵蒺藜，各國海軍陸戰隊和萬國義勇團亦出動巡邏，華界民居，十室九空。
盧永祥通電下野，盧部下尚有可戰之兵3萬負隅上海，皖係諸人是很不甘心的。一直在上海的皖係健將徐樹錚利用在福建時與臧致平、楊化昭等部的淵源，出麵授意這些軍隊準備以租界為城池，抗拒蘇軍，以待變化。
於是浙軍中級幹部召開了一次秘密會議，陳樂山、楊化昭均列席，徐樹錚乘機而起。他下令將卅七團和卅九團及閩軍臧、楊部下由北火車站開至麥根路潭子灣一帶布防，共設三道防線：第一道距真茹約三裏許，第二道距閘北約三裏許，第三道在閘北。
可是由於徐樹錚是住在公共租界的南洋路，公共租界工部局出麵表示為了維持租界的治安，所以派了若幹巡捕把小徐從10月15日起軟禁在家中，和外界完全隔絕，並於20日將小徐遞解離滬。皖係的最後掙紮宣告失敗。
10月17日，閩浙巡閱使孫傳芳和蘇軍第一師師長白寶山先後抵達上海，會同蘇皖贛巡閱使齊燮元的代表與浙滬聯軍磋商改編和遣散條件，戰敗一方由代理第十師師長朱聲廣出而接洽，先自行召開軍官緊急會議，大家認為盧永祥等已棄軍出走，徐樹錚又被扣留租界，群龍無首，再戰無力，決致函齊燮元和孫傳芳，要求改編敗軍，軍隊中不願改編者，每兵給餉20元，軍官按級加給。這封信交由齊燮元的駐滬代表轉致。
齊燮元複函表示，願受改編的在原防聽候點名改編，不願改編的，則給餉遣散，孫傳芳亦讚同齊的決定。10月19日敗軍集中至龍華、吳淞、江灣等處待命。
孫傳芳和齊燮元向敗軍發表訓詞雲：
“國民戰爭無勝敗榮辱可言，況此次作戰官兵傷亡甚多，言念及此，不勝痛惜，想各官兵轉戰月餘，備經困苦，各該家屬定必懸念，本使等久曆戎行，深知此情，有願回家者，每兵給川資廿元，司務長卅元，排長四十元，連長五十元，其願改編者，即可收編，無兵之官則以原薪暫行候差。本使等對於各軍一視同仁，絕無歧視，幸勿觀望，其各凜遵。孫傳芳、齊燮元。”
孫傳芳的參謀處發布結束戰事的通告如下：