1925年6月間，東征軍回師廣州平亂，粵軍總司令許崇智為權宜之計，將潮梅惠屬各縣“讓”給****駐防。他委任****第六軍軍長、惠州守將楊坤如為粵軍第五軍軍長，讓他重返惠州；****第五軍軍長熊略，為粵軍第六軍軍長，令其入駐梅縣；劃汕頭為不駐兵區，除留下少數部隊外，其餘撤回廣州。
許崇智離汕頭時布告各方：“本總司令為鞏粵局，決以潮梅收入交現駐閩贛邊境林(虎)、洪(兆麟)、葉(舉)各粵軍，以彼此合作為條件，各蠲成見，共舒粵難，……決自銑日(16日)起實行。”這如養虎貽患，立見禍害。如熊略到梅縣後，立即廢棄許崇智所委第六軍番號，沿用****第二軍的名義，並稱“我軍凱旋”，梅縣下屬各地頓時驚恐不安。楊坤如一回到惠州，即趕走倒向革命軍的駱鳳翔，重占惠城。接著，劉誌陸、黃任寰、王定華、李易標等等，也紛紛開回東江，入據興寧、五華等地。
與此同時，省港大罷工爆發。港英當局采取“以華製華”的手段，收買各地軍閥，使之破壞罷工，陳炯明軍隊也借此機會興風作浪。
陳炯明軍隊竄回東江後，胡作非為，肆無忌憚地到處搗毀農會，進攻農軍。僅海豐一地，農會幹部被殺52人，遭難死亡的群眾有100多人。他們還破壞省港罷工，給英方運送糧食，四處摧殘罷工機關，毆打罷工工人，強迫工人返回香港複工。9月間，陳炯明驅逐了許崇智留駐汕頭的軍隊和機關，占據了汕頭及其周圍各縣。接著，兵分三路，分別以謝文炳、黎生、林烈為指揮，入侵陸豐、海豐、紫金、老隆、河源，逼許部退至平山、淡水一線。
9月16日，陳炯明率部進犯廣州，叫囂著討伐蔣介石。劉誌陸、李易標、熊略、楊坤如等等，也發出通電，在“聲討蔣介石”的幌子下，詆毀國民政府，大造進攻廣州的聲勢。陳炯明坐鎮香港，指派劉誌陸為總指揮，李易標為前敵指揮，謝文炳、王定華、林烈分別為左、中、右路指揮，約同南路鄧本殷一致行動，企圖一舉進攻，拿下廣州，革命政府形勢堪憂。看來，二度東征已是刻不容緩。
1925年9月28日，國民政府軍事委員會任命蔣介石為東征軍總司令，出兵東征，討伐陳炯明，具體戰略部署為：一、東征軍總指揮蔣中正(從第一、第四兩軍為基幹)出兵東江方麵。二、北路方麵：任命魯滌平為北路警備司令，節製北路駐軍，肅清附逆之川軍。三、南路方麵：第五軍軍長李福林率所屬第八及第十二師(欠第三十四團)警衛河南，防堵廣南之鄧部。四、廣州方麵：任命第一軍第二師師長王懋功，兼廣州衛戍司令。率所屬第二師(欠第四團)、警衛軍之第一團及黃埔學生軍，負廣州警備之責。並以第三軍軍長朱培德為總預備隊司令，待命出動。
蔣介石根據這一總的征討方略，具體製定了東征軍之作戰計劃。計劃規定了第二次東征的方針是：“東征軍以消滅東江叛軍之目的，擬集中東征部隊於正果，增城，石龍，石灘一帶，向潮惠各屬之敵進攻。”將東征部隊分為三個縱隊：第一縱隊縱隊長何應欽，第二縱隊縱隊長李濟深，第三縱隊縱隊長程潛，規定了各縱隊集中的日期及地點，並規定了作戰地區與前進路線。
同日，蔣介石以東征軍總指揮名義發出了《準備出發令》，提出了這次東征分三期出發：“第一期為十月一日，第三師全部及第二師第四團出發。第二期為十月五日，第一師全部及軍部出發，第二師第五團第一、二營開駐省城警戒，第三營留駐守虎門。第三期為十月九日，其它各部隊出發。”同時，對其它具體的十七項問題都一一作了規定，如“出征時，每連帶斧頭三把，每兵帶麻繩一丈”等等事項都作了明確指示。
這次東征吸取了前次東征的經驗，加強了政治工作。出發前夕，總政治部組織了強大的政治宣傳隊，包括總隊和3個支隊，人數共237人。隊員是從農民運動講習所、政治訓練班、黃埔軍校等部門挑選的，大多數受過一定的政治、軍事訓練，並懂得一些方言。
總政治部製定了《戰時政治宣傳大綱》，規定政治宣傳隊的任務，對本軍，是解釋作戰的意義和戰爭的形勢，鼓舞士氣，獎勵戰功，維護軍紀，活躍部隊，追悼烈士，慰勞傷兵；對敵軍，是揭露軍閥的罪行，比較兩種軍隊的區別，激發士兵的民族感、愛國心，優待俘虜，指明出路，爭取他們棄暗投明；對民眾，則是大力宣傳國民政府的政策、法令，解釋東征的意義和革命軍的紀律，密切軍民關係，爭取人民的援助、支持。
針對東江吏治的腐敗，總政治部擬定了《政治設施方案》，決定於大軍所到之處，實行禁絕煙賭，輕徭薄賦，整頓財政，澄清吏治。此外，總政治部還成立了社會運動科，以大力扶助工農革命運動，並提出了發展黨務工作的規劃。
東征開始之前，****廣東區委指定革命同誌會部分人士進入潮汕地區，與當地黨團組織一起組織發動群眾在敵後開展鬥爭，以策應、援助東征軍。
9月28日，蔣介石發出“準備出發令”，各部從10月1日起陸續出發，預計一個月內完成戰事。10月初國民政府、國民革命軍和廣東省政府分別發布宣告、布告，宣布東征的目的、革命軍的紀律和國民政府的政策法令，宣告第二次東征的開始。
東征軍進攻的第一個目標是惠州。惠州是東江的門戶，易守難攻，堪稱是****的堡壘，曾經在1923年以來5多年時間內，滇桂軍多次進攻，都無功而返，攻城不下。第一次東征後，革命軍一度占領惠州。但是後來，楊坤如得到許崇智的任用，被委以軍長重新統率舊部，重占惠州城，後楊率部棄許附陳，與陳等叛軍串通一氣，於是惠州又變成了陳炯明的勢力範圍。
1925年10月8日，蔣介石命令第一縱隊派出有力部隊圍攻惠州城，主力集結於響水、博羅附近，以備進攻河源，紫金方麵之敵，並具體製定了攻城計劃：(一)攻城部隊任務之區分：第四團擔任惠州城北門、西門之攻城，並任野炬連之掩護；第三師先行占領上下馬莊、飛鵝嶺，擔任攻擊惠州府城南門及惠陽城；野炮兵應在梅湖與下角之間地區占領陣地。(二)第一縱隊其係各部，在情羅策應，並準備敵人由水北竄出時隨時堵截。(三)第二縱隊對於平山增援惠城之敵，相擊迎擊，並策應我攻城部隊。(四)攻城的材料由副官處準備分配。(五)炮火集中如左：野炮連之火力，集中於腐城北門城內之敵，第四團應準備爬城部隊，以待炮火奏效時，立即衝到城根腳下，勇敢登城；山炮之火力，應集中於南門城內之敵，第三師應準備登城的部隊，以待炮火奏效之時，立即衝追城腳，勇敢登城。(六)登城隊宜攜帶武器較多，配合攜事短槍及手榴彈士兵。(七)登城獎金。首先登城者得獎一百元；其餘獎二十元，但不在敵人的火力下登城者，不得請獎。(八)飛機隊應準備多量炸彈，協同炮兵攻城。(九)參加攻城的炮兵。概歸炮兵營長蔡忠笏指揮。(十)第一師二兵隊，準備材料，協助攻城。(十一)第四團通訊隊，應速構成通信網。(十二)攻城指揮官，本總指揮兼任之。