4.出任民國總長
1912年元旦，黃興高興的出席了孫中山臨時大總統的就職典禮，並被委任陸軍總長兼參謀總長，負責指揮全軍作戰。4月1日，南京臨時政府結束後，黃興仍被任為南京留守府留守。後在袁世凱的高壓下，黃興將南方軍隊裁減了一部分，為了“破除猜疑”，又於6月正式辭去了南京留守職務。10月，黃興辭去了所有職務。
就在黃興以為革命成功時，1913年3月20日，袁世凱派人刺殺了國民黨重要領導人宋教仁，接著又派兵南下，企圖一舉撲滅南方革命力量。革命黨人毫無準備，連吃敗仗。黃興對袁世凱的幻想破滅。7月12日，原江西都督李烈鈞起兵討袁，“二次”革命爆發。14日，黃興到了南京，召集軍事會議，決定出兵討袁。但因種種原因，“二次革命”也失敗了。黃興先後流亡日本、美國。袁世凱死後，1916年7月8日，黃興由日本回到上海。他和孫中山合作，共商建國大計。不久，因操勞過度，舊病複發，於10月31日去世，時年42歲。1917年春安葬湖南長沙嶽麓山。