正德繼位後大張旗鼓的改革終於開始了，其實在此之間劉瑾已經做過一次改革，隻不過那一次是令出於中官，而且根本不經朝臣廷議，所改革的內容也是五花八門，怎麼能控製人怎麼來，而這一次雖然隻有十條，卻條條直指整個下最尖銳的幾項問題：吏治、稅製、土地、兵製以及部分學製。
劉瑾當政時大權獨攬，但凡對他的改革有反對者立即以各種名義逮捕或罷官，而這一次卻是內閣、六部‘倡議道係統全體擁戴下出台的，而且楊淩和內閣的人反複探討，針對可能出現的各種詰問從政策上予以完善、堵塞漏洞，每推出一條，都詳細明舊製的弊端，新製針對哪些部分，為什麼做出改動，令得反對者也無法開口，所以皇帝一經批準，政策推出異常順利。
《大明勘亂法》、《大明募兵法》、《大明稅賦法》、《大明工商法》、《大明移民法》、《大明科舉法》、《官吏考成法》一一出台，在大明腹地正在用兵剿匪、西北江山風雲突起的時候，給渾噩陳腐的朝綱注入了一股清泉。
朝廷中的有識之士並不少，尤其是這次流民造反真的成了改革的強大助力，造反者短時期內竟然聚起這麼多響應者，北方幾大重鎮無數富紳豪門不但破家而且滅門，朝廷財政處處拮據的現象，把他們從太平盛世的幻象中打醒過來，這種種慘劇對他們深有觸動。他們也知道民意不可違，朝廷是該進行一番改革了。
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正德皇帝下旨，再次明確減免京畿，山東，河南，河北等地稅糧，並宣布流民複業者。官給廩食、廬舍、牛種，以撫慰流民之心，並對去關東移民者施以種種優惠政策，開拓土地歸個人所有、三年之內不納錢糧等等，這一來許多正常人家也動了心思。
尤其家中子女較多的，包括所多軍戶人家，因為按照民間慣例，家產是由長嫡子繼承的，其餘諸子隻能自謀生路，趁著年輕在關外創下一片基業，擁有自己的土地、田莊，何樂而不為？更何況這些人沒有後顧之憂，一旦失敗再返回家中就是了。於是許多在家中不是長子的年輕人都紛紛報麼，東北三衛擁入的移民開始增加大批不攜家眷的拓荒者，這些人將成為團練部隊的主力。
朝廷內部也進行了整頓，現在內閣當中以焦芳為，但是李東陽的激流勇退給了這位晚年才得以一展報複的焦閣老很大觸動。他主動請旨，以老邁之身巡視山東，河南，河北，山西等地。
這些地方共用因戰亂而離散家鄉的難民三十餘萬，這些人都是隨時可以點燃的幹草。現在他們雖然到處乞討，還看不出亂子，可是隻要今年冬這些人得不到安置，無處居住、沒有衣穿、沒有飯吃，造反還將隨時生。
焦芳請了聖旨，以欽差身份巡視地方，督促各地府城官倉存糧減低價格，折納鈔票，糶給農民，並令諭以上各地布政使在流民較多的地方，編成裏甲，新立鄉都，就地安置，防止他們繼續流竄。
流民較零散的地方，則就地安插於附近各州縣原有的鄉都戶籍中，但也新立裏長，加以管理，更各撥給境內荒田或黃河退灘地，又量給耕牛種籽，使流民得以從事生產。農民有房有地，有了生存的希望，就絕不會把腦袋係在褲腰袋上去造反。
朝中大事由楊廷和主持，成為實際上執掌朝政的人，這也是微妙的權力調整，爭取到楊廷和一派的全力支持，楊廷和革除弊政，減輕窮困地區的漕糧和賦稅，遣返宮女樂人，釋放無辜囚徒，清查空餉兵額，僅這些每年就為朝廷節省財賦百萬餘兩。
江南士紳趁機鼓動他們的利益代言人，請求降低江南賦稅，對此楊廷和卻堅決拒絕，江南是楊淩改革的重點，這些官員見楊廷和不允，便轉而去求楊淩，不免出楊廷和許多讒言來，又將江南百姓的苦處的十分不堪。
江南富甲下，楊淩是知道的，江南百姓富過其他地方，這一點他兩下江南也深知肚明，楊廷和的窮地少征、富地多征有點類似現代的個人收入調節稅，是一項很有效的稅收平衡杠杆，所以楊淩對他十分支持，對這些遊官員全都打了回去。
兩個人雖然由於楊一清的原因，私交不太好，卻都能以大局為重，彼此心照不宣的配合著對方行動。其實要江南百姓賦稅重，其實並不假，但是原因不在朝廷賦稅重，根源仍在土地兼並和舊的稅製。
土地兼並本身並不是問題，如果土地全部歸於國有，那算不算一種最大的土地兼並？土地是國家的也好，富紳的也好，他總要找人種的，就算真有那權力把土地全部返還農民，讓人人有自己的土地，農民無論是持家理財也好、種地經商也罷，素質同樣有高有低，過上百十年，優勝劣汰，土地還是會很自然地向少部分人手中集中。
問題是土地兼並者都是皇親國戚、權宦世家，他們一旦把土地集中占有，就利用特權瞞田逃稅，土地被兼並愈多，朝廷的稅收愈少。皇親國戚、有爵位的勳臣、有權勢的太監、有功名的鄉紳，倚仗特權，賄賂官府，隱占戶口，瞞田偷稅，逃避差役。
這樣朝廷稅賦就全壓在自耕農身上，朝廷製訂的原有稅賦是人頭稅，這些沒有特權的農民田地沒有多少，交納的賦稅卻越來越多，於是越來越窮，田地不得不典當給富人。轉而成為佃戶，於是朝廷的賦稅也每況逾下。
一條鞭法、攤丁入畝，從賦役製度上解決了這個難題，打擊違法豪紳的特權。同時根據各地貧富、土地肥薄，官方製訂田租地最高比例，不允許他們過份盤剝農民，這就解決了這個難題。