這時的英國社會已經在革命中建立了世界上第一個資產階級的社會製度。1689年，國會選舉新議員，牛頓被校方選為代表劍橋的國會議員。在47歲的時候，離開劍橋，來到了倫敦。被選為國會議員。
但是，牛頓在議員生活中，過得並不愉快。他原本是一位以研究為生活重心的科學家，如今要他離開實驗室，整天為開會及接待客人而忙碌。實在是很痛苦的一件事。
由於牛頓對於政治沒有絲毫的興趣，所以在擔任議員的一年當中幾乎都保持沉默，從來不曾在議會中發表任何演說，他僅僅說過一句話：
“守衛長，麻煩您將窗戶關好。”
牛頓雖然在議會中沒有發表過任何言論，但他所代表的自由與民權的鬥士，仍是一股巨大的力量。文豪馬克列曾說：
“在默默無聞的議員中，牛頓那突出的額頭和沉痛的表情，表現了維護學術自由與宗教自由的強硬態度。”
牛頓在當了國會議員後，生活還是非常窮困，劍橋大學的教授們很同情他的處境，都為他奔走。但經過種種努力，仍無法替牛頓找到好的職位。
由於牛頓對一些政務工作不怎麼了解，還可能是由於他的性格內向，原本就不愛說話，因此他在議會當中是一個可有可無的人。
然而，倫敦的社會場景給他帶來了新的生活內容，也帶來了新觀念，他的思想開始慢慢改變。他不再總是一個人蹲在實驗室裏做實驗或者坐在書房裏寫作。
他交往的人多了，並且經常被邀請出席皇家學會會議，和老朋友聚會，和新朋友結識。還接觸了一些上流社會的人物，其中包括王公大臣、皇親貴族、政府官員。
自從牛頓發明第一架反射望遠鏡開始一直到《原理》出版流傳，他在英國科學界已經非常出名，在社會上也有些名氣了。雖然牛頓為英國作出了這麼大的貢獻，在社會上有了這樣的名氣，可是因為沒有錢，沒有地位，沒有身份，牛頓無法過上英國上流社會的生活。
不管怎樣，隨著牛頓在倫敦生活的社會環境的改變和交往的頻繁，他的應酬變得也越來越多，他在伍爾索普家鄉的弟妹們以及親戚朋友以為牛頓進入了上流社會，紛紛伸出手來希望他接濟；而牛頓又是一個本不看重錢財的人，因而每次都慷慨解囊。但是這樣一來，他的財政就出現了危機。
在任國會議員期間的主要收入仍然是教職收入，他還沒有辭去盧卡斯講座教師，他還需要經常回到劍橋大學去講課或者做研究工作。
當時他的年薪收入約二百英鎊，對於一般人來說這筆收入是可觀的，但是要拿到上層社會去，卻是捉襟見肘。隻有到這個時候，牛頓才感到了錢和地位的重要。
1696年，牛頓的生活發生了翻天覆地的變化，他由一位躲在書齋裏的學者搖身一變，成為了官場上的風雲人物。
3月19日，一封載著幸運的信件送到了牛頓手上，這是蒙德科寫來的。信中寫道：
由於造幣具監督奧博特裏先生，調任海關稅務委員會委員，原來的職位因此出缺。前一陣子國王向我表示，要請你繼任造幣局監督，不知你覺得如何？
我認為這職位很適合你，而且這是一個僅次於局長的職位，年薪約為五六百鎊，這裏的工作不會太繁忙，所以不會占用你多少時間。
請盡快來倫敦，一切必要的手續我會替你辦。
蒙德科是牛頓曾教過的學生，他畢業後選擇了從政，一路走高升。17世紀90年代末，他對英國的政務有著重要影響。他與牛頓的私人交情很深。
英國自伊麗莎白女王時代采金印本位製以來，因為銀幣是用品質粗劣的合金製成，所以常常被偽造，以致銀幣價值一落千丈，物價飛漲，人民生活困苦不堪，對國外的信用也喪失殆盡。
在這種情形下，國會通過鑄造新銀幣來代替舊銀幣的提案。這樣，貨幣改造問題，就成為英國的重大問題之一。而蒙德科為表現他的才幹，便委托牛頓擔負這一重要任務。
1696年1月21日，牛頓被任命為鑄幣廠督辦，他決定親自投入重新鑄造貨幣的工作。
牛頓在了解鑄造銀幣的過程後，便開始研究新的鑄造方法。他過去一度熱心於煉金術，也就是將各種金屬放在容器裏混合、加熱、提煉，試圖從中提煉出金子。雖然煉金的結果沒有煉出真正的金子，但那段經曆卻給牛頓鑄幣工作提供了難得的經驗。
對他來說嗎，這是一件相當辛苦的事情，三十幾年來，牛頓一直在講堂和研究室為科學真理獻身。現在，麵對陌生的政府行政工作，他感覺有點不太習慣。但牛頓的個性是不管哪一件事，隻要他負起責任來，就一定要確定做好，否則心裏會很過意不去。
沒多久，牛頓就想出了一個新的鑄幣方法。他把舊的銀幣放進大熔爐裏，等它熔化後再倒進預先鑄好的銀幣模子裏，這樣一來，銀幣的形狀、大小重量就統一了。
新的銀幣由於鑄幣方法複雜，所以極不易再被偽造，英國的經濟自此逐漸複蘇了。
從曆史的角度來看，貨幣重鑄工作與《原理》一書相比，隻是一件平庸的事情。但盡管如此，這卻是牛頓自己的選擇。
牛頓天生就是一個行政管理人才，由於他的到任，造幣廠受益匪淺。貨幣重鑄工作有一方麵進展不佳，即建立五個臨時地方造幣廠，以加速新幣在全國的發行。
當牛頓到職時，這些地方造幣廠的進度大大落後於計劃，財政部對它們的壓力很大。整頓這些造幣廠是牛頓著手的工作之一。
對於這些工廠的成功運作，牛頓所發揮作用的程度，恐怕無法精確表述，他發揮作用的證據，主要還是靠時間來表明。實際上，牛頓到職不足三個月，這些工廠就開始正常運行了，當然造幣廠的工作人員並非僅牛頓一人。
後來，牛頓博士從造幣廠督辦升為廠長。從督辦升任為廠長在造幣廠可以說是空前絕後。不過，牛頓仍是劍橋大學的研究員、教授。
實際上，三年半的時間足以將牛頓改變成一名地道的公務員。牛頓不但根本不想重返劍橋，而且還企圖謀取地位更高的廠長職位，達到其繼續留在倫敦的目的。
1701年12月10日，牛頓終於辭去劍橋大學的教授和研究員職務。這一年，鑄幣的工作量很大，牛頓作為廠長的收入幾乎達到3500英鎊，相比之下，劍橋大學的收入實在微不足道。
造幣廠廠長還有另一義務，即在下院出任議員。這樣，牛頓就可以在下院中支持政府。1698年正值選舉年，牛頓來到劍橋大學，不過他沒有參加議員競選。
1701年，牛頓競選議員並獲得成功，自12月20日起擔任議員職務。就像在以前的國會會議中一樣，牛頓在各方麵都不突出。
1702年夏，牛頓給他的一位朋友寫了一封信，信中指出，他拒絕返回劍橋公開參加新的一輪競選。當時安娜女王在選舉中強化遵奉國教的觀念，也許這對牛頓作出上述決定起了一定作用。
1703年11月30日聖安德魯節這一天，牛頓順利地當選為皇家學會會長。安娜女王的丈夫喬治公爵，對於科學相當有興趣。所以在牛頓擔任皇家學會會長的第二年，喬治公爵便加入了學會。
1705年，安娜女王便親臨劍橋，授封他為爵士。牛頓便成為了英國史上第一位被封為爵士的科學家。
於是，造幣廠廠長、皇家學會會長、爵士，牛頓成了名噪一時的風雲人物。
牛頓雖然得到英國史上最高的榮譽，但是他生性淡泊名利，從不因為擁有如此崇高的成就而驕傲。相反，他比以前更謙虛、寬厚，更樂於助人。
出色的皇家協會會長
牛頓是自造幣局建立以來最出色的、最有能力的局長，他總是認真地對待自己的工作。
雖然人們為科學界從此失去一個重量級人物而歎息，但牛頓卻以實際行動駁斥了“數學家缺乏實際頭腦”的愚蠢說法。
升任造幣局局長後，牛頓已經沒有精力繼續從事在劍橋大學的研究和教學工作，他決定不再幹下去了。
可是，這個講座由誰來接替他主持下去呢？當年，牛頓的老師巴羅教授主動將位子讓給牛頓，可謂慧眼識到了英才，現在，牛頓也想退位了，他必須找一個信得過，又有真才幹的人。
他首先想到了自己的一個忠實的追隨者，此人名叫慧斯頓。
“慧斯頓，我找你來想和你商量個事兒。”
牛頓把慧斯頓叫到家中，和他麵對麵談起來。
“先生，什麼事？您說吧。”
“你知道，我剛剛升任了造幣局局長的，這個職務雖高，但責任也大，要辦的事比以前多得多。我也漸漸老了，體力、精力都有限，劍橋這邊的事恐怕就沒有精力再支撐下去。叫你來，就是想推薦你接替我在這兒的職位，繼任盧卡斯數學講座教授。”
“什麼？盧卡斯數學講座教授？”
慧斯頓簡直不敢相信自己的耳朵。
“讓我接替？”
盧卡斯講座的成立源自劍橋大學盧卡斯教授，他在臨終時的遺囑裏設立了這個教席，並且規定，盧卡斯講座必須由三一學院最出色的教授執教，教授每年可以從盧卡斯的遺產中獲得 100英鎊的津貼。榮獲這一殊榮的第一位教授便是巴羅，而牛頓則是第二位。
對於任何科學家而言，這個職位都無疑是充滿誘惑性的，它意味著榮譽和地位。
牛頓那堅決的語氣，使慧斯頓增強了信心。在片刻的考慮過後，慧斯頓爽決地答應下來。
“好好幹吧，年輕人，我相信你一定能做得出色，衷心祝福你。”
兩個人緊緊握了握手，就這樣達成了默契。
1701年12月 10日，牛頓正式辭去盧卡斯教授一職，由慧斯頓接替。
雖然退出了劍橋大學，但牛頓並沒有退出整個學術界。他還有許多事要做。
1703年，牛頓的老對手，也是好友胡克去世了，這為牛頓當選皇家學會會長清楚了障礙，11月30日聖安德路節這一天，他順利當選為皇家學會會長。
1704年2月16日，牛頓以皇家學會會長的身份，給學會帶來了他的第二部巨著，即《光學》。
英國皇家學會成立於1660年，它完全由一流的學者組成，是世界上最早的科學團體之一，它為當時的英國，乃到世界的科技發展起到了推動作用。
英國皇家學會可以稱得上是英國科學的心髒。在當時複雜的政治狀況下，牛頓深知，要幹好這個會長絕不是件容易的事。
牛頓當選為會長後，學會在12月8日召開了第一次會議，可當時牛頓並沒有參加。直到12月15日，他才出現在會場上，之後他即刻執掌了帥印。
牛頓把在造幣廠所表現的品質以及管理才能帶到了皇家學會，同時本能地感到他無法將自己同意承擔的義務棄之不理。在皇家學會曆來的管理上，亨裏·來普斯爵士特別強調，目前學會的一切事務應該由既有能力又有膽識的領導全局策劃，統一指揮。
由於皇家學會的前幾任會長都是因其政治影響力而當選，所以，在經曆了會長多年來並不露麵的情況之後，學會會員們驚異地看到牛頓全身心地牢牢掌握著學會前進的航向，使其朝著既定的目標乘風破浪，不斷前進。牛頓自己也決意要把學會的理事會管理好。於是，幾乎每次理事會他都出席。
在學會裏，他仍舊保持著一慣的風格：謹慎、沉默。盡管他從不滔滔不絕，口若懸河，但是他卻總是帶著威嚴端坐在會議桌的中間，那樣子就像是家長坐在一群孩子中間。
“各位先生們，我非常感謝你們推選我為皇家學會會長，以接替不幸去世的胡克先生。”
牛頓的聲音在會議室裏回蕩著，緩慢又低沉。
“皇家學會自創辦以來，一直是大不列顛乃至整個歐洲科技研究的核心機構，我們當中的每個人都對它的健康成長有不可推卸的責任和義務，這一點每個會員都應該牢記。”
說到這，牛頓停了一下，清清嗓子，故意提高了聲音繼續說也“請大家記住，我們這裏不是議院，我們歡迎的是多做事少說閑話的人。”
有幾位平時比較活躍又不務實的會員聽到這，不約而同的低下了頭，他們知道，牛頓這話是說給他們聽的。
作為會長的牛頓對於皇家學會的貢獻主要在於他管理有方，而非其學術水平。在牛頓擔任會長，執掌學會各項事務期間，學會的經濟狀況也開始好轉。
在管理方麵也涉及到了學生問題。這點牛頓是很清楚的，學會當時的問題在於會議議題缺乏嚴肅的內容。於是，他就任會長後，便本著解決這一問題的原則，製定了一項“皇家學會建設規劃”。該規劃聲稱：“自然哲學的目的在於發現自然界的結構和作用，並盡可能地將其歸結為一些普遍的法則和定律，用觀察和實驗來建立這些法則，從而導出事物的原因和結果。”
有了這一目標，學會中就有了擅長哲學學科的專家，他們也會積極參加學會召開的例會。
接著，牛頓又確定了自然哲學的五門主要學科，為每門學科任命一名指導員，並給以一定的資助。這五門學科是：數學與力學；天文學與光學；動物學、解剖學與生理學；植物學以及化學。他還明確指出，學會隻任命那些在各門學科中享有盛名的學者。
在實際操作中，牛頓建議保留實驗員的職位，這樣在例會上就會有實實在在的內容。過去，牛頓的老對手胡克曾在這個職位上非常出色地做過許多年，而且，在會員們漫無目的的誇誇奇談使會議陷入庸俗的情況下，正是由於他的努力，學會才得以延續至今。胡克去世後，牛頓第一件事要找一個人來代替胡克。
牛頓很快付諸於行動，讓弗朗希絲·霍可斯爾接替胡克。1703年，牛頓主持第一次會議時，霍可斯爾首次在皇家學會亮相，盡管他當時並不是學會會員，但他卻在會上展示了自己新近改進的一台空氣泵。之後，他接連出席學會召開的會議。就這樣，整整十年，他一直為學會服務，為其召開的會議提供了大量具有科學性的內容。
1707年，牛頓又找了一個指導員，讓他暫時協助霍可斯爾在學會會議方麵的工作。就這樣，詹姆斯·道格拉斯博士經常在會上進行解剖講解。
在牛頓的努力下，學會例會的質量在穩步提高。學會會員從17世紀90年代的最低點開始不斷地增長，在牛頓執掌政務期間，會員人數翻了一番多。學會的振興當然是由許多因素促成的，但是牛頓極力倡導提高各種會議的水平，無疑是這些因素中最重要的原因。
牛頓在致力於處理各種繁雜管理瑣事的同時，還盡可能以有效的方式提醒皇家學會會員們時刻不要忘記學會的基本宗旨。
牛頓當上皇家學會會長之後，與以前的老友約翰·福拉姆斯第德開始了不愉快的交往。牛頓剛剛當選後幾個月，也就是在1704年4月12日那一天，他去了戈林維治，了解福拉姆斯第德的觀察進展情況。但看過結果後，建議把資料送給喬治親王過目，以便獲得一些資助。