13日一天一夜，不知道中國軍民的傷亡數字具體是多少，因為無法統計，但是日本華中方麵軍和上海派遣軍統計了日本九個使團的傷亡情況。兩萬多人，比之前攻城的時候傷亡1.2萬人的數字更大，而且死亡的士兵占比更大，因為他們居然第一次放棄了自己的傷兵撤出了南京。
日軍的九個師團，以第六師團的減員最為嚴重，因為穀壽夫的錯誤判斷，加上趙鋒馭本來就對這支主要參與了南京大屠殺的部隊重點照顧，甚至還調過去了兩門戰防炮，所以第六師團的減員已經超過了一半，他也是第一個撤出南京的師團。
天黑之後戰鬥減緩，日軍撤出南京自然是想在夜裏的時候炮擊南京，但是這一計劃並沒有實現，因為陸軍是混亂撤出的，所以沒有辦法進城的炮兵是不知道南京具體情況的，隻能待命。這一待命就到了第二天早上，所以鬆井石根就直接派出航空隊空襲下關，並且指揮炮兵對南京城內較大的建築實施炮擊。
趙鋒馭估計到日軍會空襲下關，所以夜裏的時候到下關去安排趁著夜裏組織大規模渡江的人將消息帶到唐智深的手裏，讓他不要空船回來，帶上一些防空武器。
果然，第二天一早日軍的航空隊就出發了，他們接到的命令就是空襲下關。趙鋒馭沒有實際參加下關空戰，因為他去炸炮去了。下關空戰的布防是趙鋒馭下達的命令，因為唐智深和桂永清指定他作指揮，所以下關雖然沒有空軍但是卻依然嚴陣以待。
所有的士兵都分發了大量的子彈，高射炮也準備就緒，趙鋒馭對他們的要求不高，每個人一個方框，這些方框是略有重疊的，將整個天空覆蓋了，趙鋒馭對他們說隻要看到日軍的飛機變成多大多大就開始朝著那個方向開槍。反製戰鬥機最好的辦法是戰鬥機，但是中國空軍的力量太弱了，所以這場戰鬥是地麵活力和空中火力的一次較量。
趙鋒馭在金陵也準備了同樣的防空火力網，他推測日軍應該會轟炸這兩處地方，但是實際上這個時候日軍還沒有搞清楚金陵女子學院的作用，加上分發彈藥的又不隻有這一處地方可以，所以日軍也暈頭轉向了。
日軍第三飛行團是華中方麵軍第三飛行集團下屬的一個飛行團，有三個飛行戰隊和三個獨立飛行中隊，一個飛行戰隊可以分解成三個飛行中隊，每個飛行中隊裝備戰鬥機10架和轟炸機7架。實施下關空襲的是一個日軍飛行戰隊出動了36架戰鬥機和21架轟炸機的巨大規模。
下關的主要防空力量是高射機炮，但是這些高射機炮是隱藏起來的，它們並不是第一攻擊序列，因為日軍飛機還沒有下降到一定高度就開始投彈了，這個時候防空火力用處不大提前暴露還會引來日軍的轟炸，所以先還擊的是地麵上擺成了w形狀的士兵。