這官撤了又複原，複原了又撤，反正左良玉已經是個官場老油條了，這些身外之物他也不那麼看中了，最為關鍵的還是他自個手中有兵，這個世道，有兵那才是王道。不久，起義軍再一次襲擊六合、攻天水，並且在瓜州、儀真一帶活動，而且還打破了盱眙，而這一次，左良玉自然又是拒不發兵，崇禎也已經預料到了，就這樣懶得再理會這麼個流氓無賴，屢教不改之徒了。崇禎雖然放棄了對左良玉的治療，不過熊文燦卻不信這個邪。剛剛新任的便要將左良玉的這支隊伍給歸屬到自己帳下，隻不過一切都隻是他的一廂情願，他熊文燦對於左良玉而言一不是他的恩公候恂之流，又不如大帥盧象昇之輩，他左良玉怎麼肯服這麼一個靠嘴皮子吃飯的家夥。
到了崇禎十一年正月間，左良玉和總兵陳洪範勳西一戰中大敗了農民軍，可以看出這個時候隨著剿賊的進行，左良玉的軍事集團已經做戰略重心轉移，從河南開始移向湖廣，這其中除了剿賊的需要，另一方麵而言，河南這些年起義軍鬧得厲害，而且天災連連，和湖廣這富庶之地是不能夠相提並論的。而不久在南陽之戰中，左良玉恰好遇到了扮作官軍的張獻忠軍，因為左良玉兵力上的優勢，張獻忠部潰逃，而張獻忠本人也被左良玉破了相，這也就為這二人日後的爭鬥種下了因果。
崇禎十一年，對於農民起義軍來說，無疑是個低潮期，許多義軍領袖都選擇了投降，其中比較有名的有劉國能、羅汝才、張獻忠等人，隻不過其中張獻忠等人‘暫且自保’的成分多一些，而劉國能等人卻是從農民退伍中徹底的變質。而當張獻忠選擇投降明政府時，左良玉當時的反應則是堅決不同意，和農民軍打交道打了這麼多年，他對張獻忠這個人是相當了解的，隻不過他的上司熊文燦不聽他的，熊文燦其人最早就是憑借福建巡撫任上招降鄧芝龍而升的官，這回張獻忠主動來降，何況還送上碧玉、珍珠，他自然是相信張獻忠的誠意的，不過對於張獻忠此人，他似乎並不怎麼了解，而且這農民起義軍和海寇之間到底存在怎麼樣的差異他也根本不知道。
熊文燦草草收降了張獻忠等人，左良玉雖說握有兵權那也無能為力，何況左良玉這人也不是什麼為了所謂政府利益拚死也要上書的忠臣，他心中隻有他左良玉自己的利益，至於為何反對收編張獻忠，那也不過是因為擔心收編張獻忠之後與自己利益有害而已，甚至心中是有一些擔心熊文燦如果真的安撫成功後，是不是會狠狠的踩他左良玉也說不好，不過既然熊文燦不聽他的，他也不會說什麼過的話，最多保留一下自己的意見而已。而過了個把月時間，左良玉又帶著剛剛收降的劉國能北上討賊去了，結果兵過灞頭、吳橋時大掠而去，結果被太監監軍給參了一本，當然這種事對於左良玉已是家常便飯，他知道朝廷不會拿他怎麼樣，最多來一個口頭懲罰，而結果朝廷也隻是給他來了詔令戴罪就完事了，該幹嘛還得幹嘛去。
左良玉看人的眼光準頭很高，出了一部分天賦之外，決定性因素還在於這些年的闖蕩，果然，張獻忠又反了，而且還是拉著羅汝才一起反的，穀城再起，對於明政府而言無疑是晴天霹靂，它猶如春雷一般宣示著明政府的招撫政策再一次破產了，這樣一來熊文燦當即就慌了手腳，立馬把左良玉叫來讓他出兵，這一次左良玉沒有躲在後麵看戲，卻是出兵了，究其原因，或許是因為張獻忠降而複叛他也脫不了幹係，之前雖說犯了很多錯誤政府不追究，那也不證明崇禎動起真格的會拿他左良玉沒辦法，左良玉他明白之所以不對他動真格那是因為他還有用，若是真沒用了也真就完蛋了，他左良玉還沒有強大到自立中央的地步。當然左良玉出兵是因為出於對於張獻忠無恥的憤怒那也說不定，不過話又說回來，這一次他左良玉實實在在的出兵了。
對於這一次出兵，左良玉也曾對敵我情況做過詳細的分析，他認為這穀城地方山路太多，路途艱險，運糧進山不容易，實在不適合追擊，不過熊文燦這個時候那是急火攻心，楊鶴安撫失敗的後果他是知道的，致仕回家那是要他的命，這是他萬萬不想看到的結果，那麼這個時候左良玉提的要求他自然不會去聽，對此左良玉也沒有辦法，隻好執行命令，他知道自己若是這個節骨眼上不聽話的話，很有可能他就會成為熊文燦的替死鬼，而熊文燦怎會將一切責任都推到他身上去，而那個時候崇禎皇帝便不會在這麼對他姑息養奸，麵對這種節骨眼上的大事，左良玉自然不會犯糊塗，而且對於剿滅張獻忠他也是信心十足。不過命運這玩意實在難以捉摸，左良玉所沒有想到的是這一戰對他來說則是他人生中的第一次滑鐵盧。