傳說在800年以前，有一位至聖尊神，門下有兩個徒弟：智慧之神和光輝之神。智慧之神的皮卡丘覺醒，但控製不了能量，最後，智慧之神與光輝之神用超感波導給皮卡丘傳力，皮卡丘終於掌握覺醒力量，成為了第一隻炎丘。而這超感波導也自然傳給了後代，被稱為智光之力，隻有智光智力的幫助，皮卡丘才能真正覺醒。要想擁有智光之力，隻有兩位神的後代聯合在一起，用超感波導完全融合，才能發出此力。我們追隨這他們的後代，來到700年前，600年前，500年前，400年前，一直到3年前——一位帶著紅色帽子的少年帶著皮卡丘踏上神奧之旅，並在此遇到了一位藍頭發的女孩，直到分離，又到了現在——
“好累啊！”小智說。“好友多長時間才能到達下個城鎮啊！”“忍一下，我們快到了！”徐子峻看看地圖說。“智光之力，指的是小智與小光嗎？”聶瑞萱一直惦記著這件事，她好像又想到了那件事——“爸爸，這是什麼啊？”那時，聶瑞萱還小。“這是智光白金石，記住，我們是萊特一族，要努力發掘智光兩神的波導能力。據你爺爺的預言，這次的兩神後代是一男一女，配合默契。加油，好好尋找吧！”——“爸爸，這塊白金石真的行嗎？”聶瑞萱小聲的囔囔著。“要走了聶瑞萱！”徐子峻大喊。“奧！我知道了！”聶瑞萱趕上隊伍。
一個小鎮的神奇寶貝中心裏。“小智小光，我說一件嚴肅的事。”聶瑞宣說。“又來了，聶瑞萱！”小光急忙捂住臉。“不，我告訴你們，你們是智光兩神的後代。你們那住這塊白金石！”聶瑞萱一本正經的把石頭放在小智小光的手上。“這是？”突然，智光感受到了身體裏的智光之力。“讓皮卡丘覺醒的智光之力。”聶瑞宣說，智光也感受到了。“加油，快發出波導！”智光嚐試發出了波導。他們感受到了對方的力量，還感覺到了皮卡丘虛弱的覺醒能力。“皮卡丘，我們來為你傳輸能力吧。”智光默契的說。“皮卡？”皮卡丘很疑惑。“智光之力，啟動！”兩人發出了波導。“皮卡！！！！”皮卡丘突然覺醒了！他四處飛轉，還看看手腳，一會又自行便會了皮卡丘，消耗的實力也不大。“成功了！”智光來了一個清脆的擊掌。“終於完成了。”聶瑞萱欣慰的笑著。
“好了，你們也給承認對方的實力了吧。你們的波導互通了，對方想什麼也能知道。小光你該對我說實話了吧？”聶瑞萱一臉壞笑的說。“聶瑞萱！”智光說。“默契十足嘛！”聶瑞萱笑道。
然而在另一邊茂密的針葉森林裏。曾博宇正在記錄植物。“這個是藍桔樹，記下來。”“葉葉！”“騰拉！”葉精靈和藤藤蛇在四處玩耍。“蜥蜴！”“蔓藤！”蜥蜴王和巨蔓藤在互相切磋。“什麼！”曾博宇感受到了一股力量。“還是這樣嗎。智光之神的力量。小智和小光，作為智光兩神的後代，要加油啊！”曾博宇想了想，說：“如果這樣的話，木狐仙也該出現了。”“葉葉？”“好了，大家！出發，大慶市！”曾博宇收回了神奇寶貝，葉精靈趴在他肩上，然後，曾博宇趕向火車站。“尋找木狐仙之旅，出發！”“葉葉！”