馬哲元是狂熱的愛國者，那一刻讓國家強大的心比任何人的都要強烈。正因為如此，他發現了這株植物可能為整個國家帶來的價值和意義。自然，他全心全意的投入到研究這株植物的方向上。
事情進展的是緩慢的，畢竟那時候的華國內的各種科研工作都算是處於停滯的狀態，幾乎沒辦法得到設備和人才。再加上馬哲元就是一個大老粗，在研究這件事情上，他沒有任何的好的意見和處理。經常是牆頭草一般，有了新的建議或是方向，就可能改變大家現有的工作。自然，混亂一直充斥在整個工作的進程當中。但是，隨著研究的滲入，他們發現了更多的價值和可能性。後來，馬哲元就在發現巨大的植物的地方建立了一所醫院樣式的研究基地，既是為了掩人耳目，方便行事，也是為了能夠就地取材。剩餘的實驗材料和一些器械設備就留在了稍遠的倉庫裏，隨時進行取用。
但是，麵對著各方麵的壓力，施工還是必須要進行的。所以才有了外麵的施工隊的營地，他們並不隻是一個幌子，他們也是在施工著。施工的路線就是那個被堵住的地方，其實在那條路的後麵還有著岔路，一條通往這裏，另一條通向施工的盡頭。
馬哲元引導的研究雖然是進展緩慢，但是不代表他們的工作沒有收獲。那時候的馬哲元雖然十分的狂熱，但是還沒到喪盡天良的地步。雖然知道最快的研究方式就是進行人體試驗，收集數據，但是他還是沒有狠得下心來，用自己的同伴作為試驗品。這一點上，至少老徐說的有些欠缺。但是老徐說的也是對的，這樣的研究還是存在了。雖然馬哲元算是一直領導著這裏，甚至自己都居住在這個底下的世界，為的就是加快研究速度。但還是有人做下了不可饒恕的錯誤，那就是有人背著馬哲元進行了人體試驗。那個人是他的一個同僚，文中提及的這個同僚並沒有任何的名字姓氏，但是馬哲元字裏行間的自責和惋惜還是有的。等他發現那個人在上麵進行著這樣或是那樣的慘無人道的實驗的時候，已經是數個月之後了。不少的人早就成了一具具的白骨，被掩埋，被焚燒。當這兩個昔日的隊友針鋒相對的時候，他們都難以自持，或許生命就是如此的無奈。至少最後的結局是，馬哲元的那個同事被控製了，抓住了，關了起來。但是馬哲元知道，一旦這樣的事情被上麵知曉的話自己受到處罰還在其次，自己的隊友一定是活不了了。所以，為了顧念舊情，馬哲元還是決定把這個人一直囚禁在那棟醫院的某個牢房裏，至少這樣，或許等這個事情過去的話，他還有著活下來的可能，雖說下半生可能麵臨的就是鐵窗生涯，但也總比直接就死去強得多。
這樣的囚禁持續了一段時間，有著馬哲元的保護，那個人倒也沒死。就在馬哲元第二次下到了下麵來之後，他發現了一件事情，那就是自己也被控製了。對方的方式十分的高明，就算是馬哲元身邊的人，都沒有任何人知道他不出門是被囚禁了。囚禁他的是一些戴著奇怪的麵具的人，這些人的身手很高，掩藏能力也是高明的很。雖然明明知道馬哲元的周圍都是他的親信，但還是幹堂而皇之的留下馬哲元的身邊監視著他。那時候，馬哲元的一切行動就都被監控了。他們不許他出去，不許他一個人走動，和外麵的交流也受到限製。雖然身邊就有著自己的親衛隊，但是他不能接觸，美其名曰生病。有時候，他們根本不用再跟在他的身邊了。因為一開始，他們就做到了一件事情，那就是控製住了馬哲元最重要的存在——他的兒子。
馬哲元是老來得子，而他的老伴更是為了這個孩子難產而死。如果說還有什麼能讓他拋棄自己的信仰和一切，那就是他的兒子了。這唯一珍視的兒子，也是馬哲元最大的弱點。
他們控製住了馬哲元的兒子，也就是控製住了他的一切。
他們雖然不禁止馬哲元寫東西，但是一切的對外麵的交流，其實都斷了。馬哲元成了一個名義上的主管。而他們控製住馬哲元之後，就讓他放了那個馬哲元的同伴了，也是那時候馬哲元才知道這個同伴和他們是一夥的。自那之後，其實那個馬哲元的同伴是沒有再次出現的，至少沒有再見過馬哲元一次。但是馬哲元的心底的不安更甚，他總覺得這些怪人們一定和那個同伴有著什麼關係。接著，他們提出了第二個要求。那就是從這個樹海這裏，向上挖去，一直要上到地麵。
其實馬哲元他們早就挖了一條路，沒有的話，也沒辦法下來。但是現在，竟然再開一條路出來，更是讓馬哲元猜不透他們。而且，他們還給了馬哲元圖紙，上麵畫著一些奇怪的東西。雖然馬哲元的學識不多，但是記性很好，那張圖他看了一次就記了下來。那群人控製住馬哲元，似乎是想修建一個特別的廣場一樣的地方。那裏有著很多的符號和特色，在馬哲元看來，他們太極八卦一類的陣法。