王允說完，兩邊回廊轉彎處轉出了兩百餘人，各持兵器就照著董卓招呼過去。董卓被擊傷手臂掉到了車下大喊道：“我兒奉先何在？”
呂布從車後轉了出來，厲聲道：“奉詔討賊！”說罷一下就將兵器刺入董卓咽喉。李肅隨即上前割下董卓頭顱。
呂布左手持著方天畫戟，右手從懷中掏出詔書道：“奉詔討賊臣董卓，其餘不追究其罪過。”
而後呂布又道：“助董卓為惡的隻有李儒，誰願意前去將其捉拿，”
李肅應聲願往。忽然聽到朝門外發出喊聲，入內稟報的侍衛道：“李儒已經被其家奴綁了送到了宮外。”
王允下令，將其綁到菜市口斬首示眾。而後將董卓和李儒的石首仍在大街上。
王允又命呂布和皇甫嵩、李肅領兵五萬，到郿塢抄沒董卓家產、人口。
另一邊，李傕、郭汜、張濟、樊稠聽說董卓已死，而呂布又快到了，便帶著飛熊軍連夜逃往涼州去了。
呂布入了郿塢，便先去尋找貂蟬去了。皇甫嵩下令將塢中所藏良家子女，盡數釋放。而董卓親屬，不分老幼，全部誅殺。董卓的母親也在其列，董卓的弟弟董旻、侄兒董璜都被斬殺。而後抄沒郿塢中的藏物，黃金數十萬兩，白銀數百萬，綺羅、珠寶、器皿、糧食，不計其數。
回去稟報王允，於是王允下令犒勞軍士，在都堂設宴，召集眾官，飲酒慶賀。
就在他們飲宴時，忽然有人來報道：“董卓暴屍於市，忽然有一人趴在他屍體上大哭。”
王允聞言怒道：“董卓伏誅，天下百姓無不慶賀，那是誰，竟敢獨自哭泣！”
隨即換來武士，令其將那人捉來。
不久，那人被押了進來。眾官員一看，無不驚駭，這人竟是侍中蔡邕。
王允喝道：“董卓逆賊，今日伏誅，乃是國之大幸。你是漢臣，為何不慶反哭？”
蔡邕伏罪道：“邕雖不才，亦知大義，豈肯背國而心向董卓？隻是一時之間有感其知遇之恩，不知不覺便為其哭泣了起來，我自知有罪。請司徒大人開恩，讓我續成漢史，以贖其辜。”
百官惜才，全出力想要保住蔡邕。太傅馬日磾暗中對王允道：“伯喈曠世逸才，若使續成漢史，誠為盛事。且其孝行素來著名，如果就這麼殺了，恐怕會失了人望。”
王允道：“昔日孝武皇帝不殺司馬遷，而後讓他寫史書，才導致其留下記錄誹謗皇帝。如今國力微弱，朝政錯亂，不能讓佞臣執筆在幼主左右，讓我等蒙受其非議。”馬日磾無言以對，私下對眾官道：“王允的後代大概要滅絕了!善人是國家的楷模，史著是國家的經典.毀滅楷模，廢除經典，國家如何能夠長久？”
當下王允不聽馬日磾之言，命人將蔡邕在獄中縊死。一時之間聽聞此事的官員，盡皆為其悲戚。