第二天，就由內閣牽頭，恭親王親自主持，召集六部、九卿、翰、詹、科、道，在宗人府開會討論對顧命八臣的處置。載垣、端華、肅順三人都係愛新覺羅家族的近支親貴，也就是“宗人”，因此，若按律處置，這個會議應該有宗人府官員參加。但載垣被捕前是宗人府“宗令”，也就是皇族的族長，兩宮和奕欣為“公正起見”，所以未令宗人府與會。
由於要處置的畢竟是大行鹹豐皇帝臨終顧命之臣，因此幾乎所有當朝重臣都參與了這個“曆史性”的會議。惟其如此，定罪和處分也久議不決。主要大概有兩種意見：一種意見是主張持重，這部分人中有的是顧及祖製和大行皇帝遺命，因為無論八臣怎麼跋扈，到底也是大行皇帝的托孤之臣。如今大行皇帝屍骨未寒，就要殺托孤之臣，不但於心不忍，而且也顯得繼位的嗣君絲毫不給皇考大行皇帝留餘地，不是為繼者之道。
有的則是念及為首的載垣、端華二人乃是世襲罔替的“鐵帽子王”，符合朝廷“議親議貴”之條，況且清朝開國至今，還沒有公開殺“鐵帽子王”的先例。當然也有人頗能對肅順看法持平，認為他雖然狂悖跋扈、目中無人，但對朝廷的莫大貢獻也是有目共睹的。尤其是他一手維持的、以曾國藩為統帥的湘軍，剛剛從太平天國手裏奪下長江第一重鎮安慶。安慶是太平天國首都南京的最後一道屏障，奪回安慶，則打下南京也就是指顧間的事了。此正當肅順功勞彰顯的時候，卻被處以極刑，難免會讓局外人想起“兔死狗烹、鳥盡弓藏”的話來。也說不定就會寒了前方浴血奮戰的湘軍將領的心，再激出什麼意想不到的變故，局麵就真的不好收拾了。而且要處置顧命大臣這樣的重臣，不征求曾國藩等前方重要疆臣的意見，也實在很難說得過去。更要命的是這裏麵還攪和了一個果興阿，固安軍陳兵京畿，隨時都有可能動武兵諫，處置肅順也不得不考慮果興阿的態度。當然這樣的意見，此時也隻是腹誹而已，當此情勢，是無論如何不能拿到桌麵上去講的，否則就會有“附逆”之嫌。總之這部分人是主張從輕處罰的。
還有一種意見則是主張對顧命八臣、尤其是對載垣、端華、肅順三人，進行嚴厲處置。這部分人中大多數是不滿肅順等人的跋扈，當然也有些人是揣摩到慈禧太後和恭親王有必欲置肅順於死地的意思，“聞風希旨”，拍皇太後和恭親王的馬屁，對肅順落井下石。更有一種人是公報私仇的，肅順為政的風格嚴厲，得罪了很多人。鹹豐八年，肅順處理“順天科場舞弊案”時，就曾經堅持殺了當時的文淵閣大學士、軍機大臣柏葰，柏葰的門生故吏眾多，這些人當然對肅順恨之入骨，比如參加這個會議的刑部尚書趙光，就是柏葰的門生。刑部掌管“秋曹”，所以趙光的意見當然至關重要，他強硬堅持要殺掉肅順，為他老師報仇的意思，幾乎是盡人皆知的。而主持會議的恭親王以及大多數王公大臣都並不反對，那些隱隱為肅順抱屈的人，也就無可奈何了。所以會議的結果，是給載垣、端華、肅順三人擬了個淩遲處死的處分，也就是老百姓通常說的“千刀萬剮”。其餘景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛諸人，皆擬革職，並發往新疆效力贖罪。
恭親王將這次中央政府各部門聯席會議的結果上奏後，兩宮皇太後立即批準，並正式頒布上諭，公告天下。因大清有一個不成文的規矩，就是曆來臣下所擬的給犯罪大臣的處罰，都要比最後該大臣所得到的實際處罰要重。以便於皇帝在做最終裁定的時候，“充好人”來減刑，以示“皇恩浩蕩”，而且“恩出自上”。對顧命八臣的處罰就是玩的這個把戲，原來會議給載垣、端華、肅順三人擬的都是淩遲處死，現在“加恩”改為載垣、端華自盡，肅順斬立決。給景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛擬的都是發往新疆效力，現在也“加恩”改為景壽僅僅革職，仍留公爵和額駙品級。其餘四人中，也僅穆蔭改為發往軍台效力贖罪，其餘三人均免其發遣。