果興阿在外東北和俄國人打的天翻地覆，觀戰的大清朝廷可是樂開了花，全都以為文祥驅虎吞狼的計劃取得了成功。果興阿和俄軍雙方百萬大軍，在數千公裏的戰線上殺的血流成河，但是朝廷還是覺得不過癮，他們很希望戰爭的規模在大一些。畢竟打死了俄國就平外患，弄殘了果興阿就平內亂，無論打成什麼樣，對於朝廷來說都是好消息。
不過這個重大利好消息，要員隻能是在得空的時候聊兩句寬寬心，朝廷還是沒時間關於關注這場和他們幾乎無關的戰爭。大清的天下目前距離河清海晏，可還有很遙遠的距離，大人們要操心的事情實在是太多了。
洪秀全被曾國荃一炮給幹的回歸天地間了，幼天王洪天貴福及一幹餘孽，也基本是戰死的戰死，淩遲的淩遲了，可是天平天國的殘部還是沒有肅清，依舊在南中國到處鬧騰。撚軍鬧騰的也是不輕，弄死了僧格林沁，逼得曾國藩灰頭土臉之後，他們又開始東西兩路流竄，就像當年的李自成一樣，鬧得整個中原都不得安寧。李鴻章和左宗棠兩位大帥出手，也隻能是追著他們到處跑，想解決這幫流寇，也不知道要等到什麼時候。
不過最讓奕欣和肅順頭疼的，卻是西北的回亂，果興阿當年在鹹豐麵前的預言成為了現實，可惜朝廷並沒有做任何的準備。同治元年回民突然起事之後，僅陝西一地，便在短時間內形成了十八大營，更是波及到了陝西、甘肅、寧夏、青海、新疆，席卷了整個西北大地。因為回民起事並不是像漢民一樣是因為生活無以為繼，全是在吃飽喝足的情況下突然鬧起來的，所以當地留守清軍對他們沒有任何的防備，一瞬間就讓回軍做大了起來。
回軍曾包圍西安達一年多之久，還曾包圍了潼關，一度威脅著陝晉豫的咽喉要地和山西濱河一帶的地區。陝西回民起事不久，即與甘肅河州老教回民取得聯絡，於同年秋占據泰州、秦安。翌年，平涼、固原、西寧、狄道、河州、寧夏，先後為回軍所占據。同治五年撚軍梁王張宗禹等部進入陝西時，原來已經退到甘肅的陝西回民造反軍又紛紛東下，試圖利用撚軍牽製清軍，再次攻略陝西。甘肅回軍也迅猛發展，在甘肅形成了以金積堡、河州、西寧、肅州為中心的四個造反基地，領袖為馬化龍、馬占鼇、馬桂源、馬文祿，聲勢一點也不比陝西的差。直到同治五年，左宗棠出鎮西北，壓製住了西撚軍的勢頭，又重點打擊了回軍，西北的局勢才算穩定了一點。
陝西是保住了，但是甘肅以西還在變亂之中，而且無論將來如何，西北的元氣沒個三五十年是別想緩過來了。回民起事與漢人起義全不相同，他們不是衝著大清皇帝來的，而是對著漢人來的，是宗教戰爭和民族戰爭，所以他們的首要攻擊對象不是官府而是人。回軍是走到那裏殺到那裏，而且是見人就殺，打得下城鎮就屠城，打不下城鎮就把村子裏的人都殺光。西北的漢人根本不知道什麼叫異教徒，也不明白什麼是宗教戰爭，都以為老實當順民就沒事了，結果是整村、整城的被人殺了個幹淨。