河井繼之助希望新政府軍考慮長岡藩內輿論無法統一的矛盾處境,暫且繞過長岡藩東進,然而這個要求卻被新政府軍軍監岩村精一郎一口回絕了。繼之助勸說道:“德川氏已經表示恭順,江戶城也打開了城門,時至今日,戰爭已經毫無必要了。如果開戰,隻能導致生靈塗炭和國家疲弱,西方列強趁虛而入。貴軍暫且繞路而行,以待本藩內部繼續討論對策,又有何不可?”
繼之助所言很有道理,然而從新政府軍的角度來看問題,是不能在長岡藩向背不明的情況下輕率東進的,那樣等於在自己背後埋下了一顆定時炸彈。最終談判破裂,惱羞成怒的河井繼之助回到長岡,立刻秣兵厲馬,準備和新政府軍惡戰一場。
不過長岡一個區區七萬石的小地方,雖然經過河井繼之助多年經營,兵強馬壯,也終究是無法與新政府大軍相抗衡的。於是繼之助就加入了以北陸和東北地區舊幕府親藩、譜代為主體所組成的“奧、羽、越列藩同盟”,求取援兵,共同拒敵。
同盟軍北陸地區的主將就是河井繼之助,而新政府軍的實際指揮者是北陸道鎮撫總督府參謀、長州重臣山縣狂介。雙方於五月十日首先在信濃川邊交上了火,第一回合,因為尾張藩兵的臨陣退縮,新政府軍吃了個大敗仗,隨即山縣狂介率領長州軍於十一日展開全麵反攻,占領朝日山製高點,扭轉了敗局。十三日淩晨,同盟軍對朝日山發動猛烈攻擊,新政府軍不敵敗退。十九日,山縣狂介率軍繞道奇襲並且攻占了長岡城,給同盟軍造成了心理上的沉重打擊。
到了六月份,奧、羽、越各地同盟諸侯的援軍紛紛開到前線,而解決了上野“彰義隊”問題的新政府東海方麵部隊也陸續向北增援,雙方實力同時壯大,新的激戰一觸即發。七月二十七日,河井繼之助利用對附近地理非常熟悉的優勢,派兵奇襲長岡,奪回了藩城。然而正當他想要乘勝追擊,徹底擊潰新政府軍的時候,卻發現戰鬥力聞名天下的薩摩軍大舉來援,並且已經逼降了長岡西麵的新發田溝口藩。
在與薩摩軍的惡戰中,河井繼之助腿部中彈,被迫退離戰場。失去了主將的同盟軍就此分崩離析,各藩逐一被新政府軍或攻破,或逼降,二十九日,新政府軍第二次攻占長岡城,宣布了“北越戰爭”的終結。
山縣狂介第一次奇襲並且占領了長岡城的時候,河井繼之助曾向新發田等藩求救,然而新發田藩主溝口直正在出陣當日卻遭到領內數百農民的阻攔。這些農民以大莊屋(地主)小川五兵衛為首,手持木棒和竹槍,攔在城門前高呼道:“不能和官軍為敵,否則定將滅亡!”溝口直正無奈,隻得退入城中,隨即就與山縣狂介暗通款曲,投降了新政府軍。
有了第一個就有第二個,奧羽列藩聯盟的成員紛紛叛變,三春藩的倒戈,更是直接把戰火燒到了二本鬆境內,讓淺野宗秀的親戚們不得不走上了戰場。