正是因為有了這樣的變化，清廷正是明發上諭，聲明：“生番地方，本係中國轄境，豈容日本窺伺。”並派沈葆楨帶率領輪船軍隊，以巡閱為名，前往台灣生番一帶察看，“不動聲色，相機籌辦”。李鶴年的強硬照會，與稍後的上諭精神完全一致。英、法、美諸國也均照會清廷，表示對日本的行為不予支持。
但李鶴年顯然仍對領土主權為何物不甚了然，其稍後的一道奏章又回到了“天下觀”裏“番地不屬界內”的老調：“惟念邊釁易開不易弭，番地腹地，究有區分，如果倭兵擾入台灣腹地，自當督飭鎮道鼓勵兵團，合力堵剿。若僅以戕殺琉球難民為名，與生番複仇，惟當按約理論，不遽聲罪致討，以免釁開自我。”
這種“番地”、“腹地”的區分，難免又被日本曲解成“番地無主”。故而，總理衙門再次發布上諭，嚴厲強調：“番地雖居荒服，究隸中國版圖，其戕害日本難民，當聽中國持平辦理，日本何得遽爾興兵，侵軼入境。若謂該國僅與生番尋仇，未擾腹地，遂聽其蠻觸相爭，必為外國所輕視，更生覬覦。釁端固不可開，體製更不可失。該督惟當按約理論，阻令回兵，以敦和好，不得以番地異於腹地，聽其肆意妄為也。 ”“天下觀”裏的“番地”、“腹地”概念必須服從於“世界觀”下的領土主權，這是清廷對台灣是中國領土的最清晰表述。
兩邊聲明走了一波，西鄉從道還是帶著他的探險隊出發了，不可釁自我開的清軍還是選擇了克製，居然讓西鄉從道在琅嶠登了陸。已經完成了軍事改革的日軍，打一群隻是勇武的生番，自然是皇軍武運長久，牡丹社酋長阿實祿父子等一開戰便戰死沙場，讓日本人報了琉球難民之仇。然後日軍便開始了臭不要臉模式，以龜山為中心建立都督府，準備賴在台灣不走了。
清政府得知日軍侵犯台灣消息後，立即向日本政府提出質問，並派福建船政大臣沉葆楨率軍直赴台灣。沈葆楨等到達台灣後，一麵與日軍交涉，一麵積極備戰，不過遲遲沒有開火。日軍由於不服台灣水土，士兵病死較多，日本政府也知道不能立即軍事占領台灣，不得不轉而尋求外交手段解決問題。
六月初夏生番出草，十月初九兩邊就又在北京談上了。日本派大久保利通為全權大臣，到北京與總理衙門談判。大久保利通此行帶了不少國際法專家，準備用國際法與中國辯論台灣“番地”的主權問題。談判長達四十多天，中日共舉行了五次會談，均是討論“番地”主權問題。大久保利通頻繁援引《萬國公法》，總理衙門諸大臣盡管在“番地”主權問題上寸步不讓，但對《萬國公法》，卻自始至終采取回避態度。恭親王給大久保利通的照會中說：“本王大臣未能詳悉泰西公法全書精義，不敢據以問難。”文祥也在問答中說道：“至大久保所說《萬國公法》，並無中國在內，不能以此責備中國。”
清廷以軟（談判）硬（備戰）兩手迫使日軍撤離台灣，保全了台灣領土主權，但仍是事件中的大輸家--日本內務卿大久保利通曾歡呼此事的了結：“嗚呼！此誠為古今所罕有，終生所無的大業！” 因為清廷與日本簽訂了結此事的《北京專條》裏有這樣兩條不是人話的記載：其一、“茲以台灣生番曾將日本國屬民等妄為加害, 日本國本意為該番是問, 遂遣兵往彼, 向該生番等潔責。”--這等同於承認了之前被台灣番民殺害的琉球民眾屬於日本，為日本吞並琉球留下了口實。其二、“日本國此次所辦，原為保民義舉起見，中國不指以為不是。”--清廷隻求日本撤兵，餘概不問，是非之顛倒莫此為甚。而且日本人也像果興阿一樣，利用不得不的撤兵，訛詐了大清足足五十萬兩白銀。
“諸位，可以開始談判了嗎？”合約剛剛簽過字，大久保利通正滿心歡喜的準備回去慶祝的時候，一個懶洋洋的聲音從大堂門口傳了過來。
大久保利通不認識這個一身大清官服卻沒有辮子的家夥，但是恭親王奕欣以下的所有大清官員都認識他，這個人正是北滿州駐北京公使欒玉。台灣事件折騰了半年，北滿州一個字都沒有說過，現在他們突然冒出來，這個意思可就有點深了。