法國方麵也在繼續施加壓力，曾國藩剛進天津城，法國公使羅淑亞和主教樊國樑也到達了天津。直接到三口通商衙門與曾國藩、崇厚見麵，羅淑亞口氣強硬地提出四項條件：賠修教堂、禮葬領事、懲辦官吏、查拿“凶手”。過了三天，羅淑亞又照會曾國藩，威脅曾國藩如不將張光藻、劉傑及天津提督陳國瑞處死抵命，法國水師提督將帶兵船到天津，徹底將天津城夷為平地。崇厚還到租界拜會了羅淑亞和法國新任駐津領事德微利亞，要求通融一下，饒過張光藻等人，而羅淑亞一點麵子也不給。新任天津知府馬繩武，帶紳民代表去找羅淑亞求情，羅淑亞也是麵沉似水，不予理睬。
曾國藩隻能發布告示，曉諭士民查拿凶犯，修葺教堂。與此同時，在崇厚的幾番勸說下，曾氏勉強答應將天津道周家勳撤職，知府張光藻、知縣劉傑二員即行革職，請旨飭交刑部治罪，以示懲儆。如此，除了崇厚，天津的領導班子被一擼到底，悉數落馬。依照曾國藩的本意，張、劉二人平時公正清廉，算是良吏，如此以替罪羊的方式來向洋人示好，實在有辱斯文。再者若真正逐一問責，當時教案的最高責任者毫無疑問是崇厚，絕非道、府、縣三級官員，倘秉公處置，崇厚須負主要責任，地方官吏頂多算協從之罪。然而崇厚頭頂有恭親王這層保護傘，且又肩負赴法之命，曾國藩也奈他不何，唯有啞巴吃黃連，默默生悶氣。
也正因是非對錯念頭於心中不斷交戰，奏折剛一發出，曾國藩就後悔了。他對幕僚吐槽道：“崇厚駐天津近十年，調停於民教之間，人頗譏之。事變之後，崇公出示解散，有嚴禁聚眾滋事之語，由是怨聲載道”。而自己心頭一軟，答應處置本地官吏，語太偏徇，同人多不謂然，將來必為清議所譏。不出所料，朝中清流果然全都開始狂噴曾國藩，大恨他不能一味強硬，完全拒絕法人要求。詬詈之聲大作，‘賣國賊’之徽號，也落到了曾國藩的頭上。京師湖南同鄉尤引為鄉人之大恥，會館中所懸曾國藩官爵匾額，本來老鄉們視為與有榮焉的物件，現在也悉數被擊毀。最最愛惜羽毛之人，卻執行最最容易玷汙清譽之事，似再沒有比這更大的諷刺了。若非為了國家和大局，曾國藩真是寧可自殺，也絕對不幹這髒事。
曾國藩即便後悔，也沒耽誤了他做正事，一邊後悔一邊也沒忘了查問實際案情。曾國藩弄了數百名當初鬧事的帶頭人，詢問挖眼剖心有何實據？結果竟無一人能說出個一二三來。他又逐一訊問了教堂的一百五十餘名中國教民，也均稱習教已久，其家送至堂中豢養，並無被拐情節。曾國藩抵達天津十幾天以來，也沒有一遺失幼孩之家前來報案。所以曾大帥得出了結論，迷拐孩子作藥的事“全係謠傳”、“毫無實據”。他當即定下“但冀和局之速成，不顧情罪之當否”的處理原則，這個原則於情於理都是妥當的，可惜這跟社會輿論就大相徑庭了。
查明了實情之後，曾國藩找崇厚聯名上了個奏折——《查明天津教案大概情形折》，其中仔細分析了五條天津士民之所以積疑成憤的原因。教堂終日閉門不開，莫能窺則，其可疑者一；中國之民到仁慈堂治病，恒久留不出，其可疑者二；仁慈堂死屍，有洗屍封眼之事，其可疑者三；仁慈堂所以病人，雖親屬在內，不得相見，其可疑者四；堂中掩埋死人，有一棺而兩三屍者，其可疑者五。“百姓積此五疑，眾怒遂不可遏”。所以曾國藩希望朝廷明降諭旨，將此情形布告天下，雪洋人之冤，釋眾人之惑。然而不知是恭親王等諸人有意刪改，還是崇厚暗中做了手腳，在朝廷對外公開時，這五點可疑之處被完全略掉，於是曾國藩的奏折通篇都在替洋人說話，一時輿論嘩然。曾國藩自然是有口難辯，隻能外慚清議，內疚神明。
曾國藩洋人其實啥也沒幹的說法，自京師及各省皆斥為謬論，堅不肯信。一時間，輿論嘩然，紛紛指責曾國藩“賣國求榮”，“為洋人獻媚”，甚至到了“謗譏紛紛、舉國欲殺”的地步。曾經是漢人英雄的曾國藩，一下子成了眾矢之地，一輩子攢下的名聲，不到十天就賠了個幹淨。