麵對法軍的攻勢，清軍戰法非常靈活，並沒有一味死守，而是開始了戰術性反攻。曹誌忠帶領一營兵一千餘人襲擊獅球嶺，試圖收複該戰略要地，但被法軍發現後，從山頂炮擊，並以機關槍掃射，清軍傷亡四十多人後被迫撤退。同時，法軍探查暖暖時遭遇清軍，在團練首領周玉謙等人堅守下，以及林朝棟、曹誌忠支援下，法軍連攻三日均遭擊退。
劉銘傳親率嫡係銘軍向雞籠靠攏後，清軍開始打算包圍雞籠。不過法軍的\"非洲軍團\"也有兩千餘人抵達雞籠，開始朝暖暖推進，雙方決戰氣氛濃厚。然後便是擦槍走火，雙方爆發了鳥嘴峰之役。由於清軍迅速增援，法軍被迫於隔日撤退。孤拔與李士卑斯皆認為不應在台灣發動陸戰，但法國政府為增加將來談判的籌碼，仍要求孤拔至少打贏一場勝仗，並占領雞籠礦山。中正十年七月，法軍外籍軍團約三千人抵達雞籠，法軍陸戰隊總兵力達到近一萬三千人左右，足以發動陸戰。
七月二十五日，法軍李偉林中校指揮十個中隊共四千六百名法軍四路進攻清軍防線，其中一路襲擊深澳坑後方，另外三路主力進攻清軍守備較弱的月眉山，於是第一次月眉山之役正式爆發。開戰之初，駐守月眉山的民團潰敗，法軍攻占山頂，但隔日張仁貴等人率軍反攻，而在深澳坑擊敗另一路法軍的曹誌忠、林朝棟也趕來支援，雙方展開激烈的攻防戰。在曹誌忠指揮下，清軍逐漸逼退法軍，奪回山頭，最後兩軍分別在山頂與山腳下建立碉堡。鞏固防禦後，曹誌忠與林朝棟發動夜襲，雙方激戰至隔日清晨才撤軍，戰役方告結束。另一方麵，清軍將領聶士成率領八百淮軍於八月一日趕到，而法軍終於攻占獅球嶺，清軍退守雞籠河南岸。隨後清軍多次增援，法軍則試圖攻占林朝棟鎮守的大武侖炮台，但均未成功。
雙方休整半月，法軍又派出三千人襲擊清軍防線，月眉山的戰火再次燃起。法軍先攻陷深澳坑的防禦土牆，截斷劉朝枯防守的戲台山，隨後有擊潰了蘇得勝派來的八百援軍，並包圍月眉山的曹誌忠本部部隊，占領月眉山頂。曹誌忠發動反擊，將法軍稍稍擊退，隔日攻打月眉山頂的法軍，但卻失敗，而鎮守鳥嘴峰的民團則於當日潰敗，法軍改由枕頭山、竹嵩山和龍潭堵三路圍攻曹誌宗本部，另外派軍由鳥嘴峰深入深澳坑後方，依序擊潰蘇得勝、鎮守劉朝枯與曹誌忠等部隊。戰至八月底，清軍僅剩鎮守大水窟的林朝棟、四角亭的蘇樹森未敗退，但因主力潰敗，兩軍隻好放棄陣地，掩護清軍主力撤退至基隆河南岸的暖暖、五堵。劉銘傳則親率八百銘軍馳援六堵，而法軍則因彈藥用盡，加上當晚大雨不停，溪水暴漲，故退至基隆河北岸。
雞籠戰事進展不順，法國政府停止了增援雞籠戰事，並命孤拔攻占澎湖。孤拔隻能率領遠東艦隊八艘戰艦進攻媽宮城，清軍將領梁景夫死守四角仔要塞，並以炮轟還擊，但法軍火力強大，至九月初，整座要塞幾乎被夷平，鎮守清軍死傷慘重、完全瓦解，法軍得以順利占領澎湖。
徹底占領了澎湖列島之後，法軍再次掉頭轉向台灣。清軍已經沒有了大陸的支援，朝廷還屢屢降旨催促他們撤退，正是法軍攻占台灣的好機會。然而這次法軍卻遇到了硬茬子，法艦剛一靠近台灣，七艘掛著八星捧日旗的驅逐艦便攔在了他們的麵前。在英國人的戰列艦麵前，海狼級驅逐艦有些不夠看，可是收拾法國人木包鐵的落伍產品，他們還是很有富餘的。
“大清朝廷已向我滿洲帝國政府移交了台灣全權，台灣如今已為我滿洲帝國大將軍轄地，三日之內全部清軍將退回大陸。請貴軍立即停止對台灣的一切攻擊行為，一切對八星捧日旗下之地的攻擊，都是對我滿洲帝國大將軍陛下的挑釁，請貴軍熟思之！若是我滿洲軍介入戰爭，法國的國旗將之亞洲境內徹底消失！”滿洲軍派出了使者，不但說明了情況，而且發出了吃果果的威脅。