第三，改革稅收機製。
在陝甘地區仿照福建的做法，開辦商賈貨厘，也就是商品稅。按照商品價值，收取百分之二。
招募廉潔樸實的士紳管理厘局，商品稅收支的數額，每月張榜公示。設總局由西安知府裕麟總管，將稅收轉入軍需局。
厘稅製度剔除了漕糧的積弊，原漕糧浮折，官私取給，規定按每石穀子交納六兩銀子。
而當地穀價賤跌，當年一石穀隻值四百錢，二千四百錢才能換到一兩銀子。農民用穀子換錢，再用錢換銀子，完納漕糧，苦不堪言。一個年收入百石穀子的家庭，折合銀子去交公糧，要用掉三分之一的穀子，於是拖欠日益積累。
左宗棠通令各州縣廢除舊規，按照戶部規定的章程，每石穀子交納三兩四錢銀子，其中地丁四錢，漕米折色一兩三錢，加上軍需一兩三錢，每石穀子增收四錢歸縣裏使用。左宗棠要求各地根據自己的收入，加減定額。
這種辦法既減輕了農民負擔，又增加了財政收入。作為農業家左宗棠看出漕運、商事稅收的弊病，行之有效的改革，讓陝甘地區的農業、商業，恢複了生機。
稅收、農事是左宗棠的強項，至於創辦的軍工企業，成為朝廷沉重的負擔，總是讓胡雪岩替他向洋行借錢，也是他為官一大弊端。
左宗棠漢族，字季高，號湘上農人。已經五十多歲，留有濃密的八字須。少時屢試不第，那雙金魚水泡眼，斜睨看人，有誰受得了。左宗棠自詡才高八鬥，天底下沒有他佩服的人，脾氣古怪，在大清官場上獨樹一幟。在天平天國猖獗時，贏得“國家不能一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠”的美譽。
就連他的恩師曾國藩也要讓著他，等到他羽翼豐滿，連曾國藩也看不慣，上書攻訐曾國藩，甚至到後來兩人鬧不和。
左宗棠從來不受賄，未做官時家裏就有錢有勢。不是他自己有錢，他家境中落，二十歲大齡青年尚未婚配。而是比聯招親，娶了湖南湘潭縣周姓大族的才女周詒端，做了入贅女婿。婚後夫婦蟄伏“桂在堂”吟詩唱和，談經論史。又一道鑽研方輿學和農學。在此度過了三試不第，充滿坎坷的十三年。這十三年也正是他夯實基礎、蓄銳待發的十三年。
太平天國之亂，讓左宗棠有了用武之地，憑借他高超的指揮藝術，以及超乎常人的眼光，從胡林翼的幕僚成為炙手可熱的統帥，陝甘總督，軍機大臣。
左宗棠正在為經費絞盡腦汁，年關各地官府封印，而下半年的楚軍以及湘軍的餉銀到此時還未見朝廷撥來，新的一年即將開始，兵部不會認老賬。這也是慣例，朝廷從來不會按照兵冊的數額，下發軍隊的餉銀，最多按照九個月的餉銀發放。兵部早已做出的規矩，讓左宗棠徒呼奈何，他手下的兵卒比花名冊上的數字還多。
“難呀！還是按照老辦法來。”想到要撫恤死去的各部戰士，左宗棠哪有瑞雪兆新年的好心情，對著手下的平慶涇固道員魏光燾大歎苦經。
“大帥，再難也要過年，將軍們一路勞頓，好酒好菜總要準備，下官先去安排一下。”魏光燾是稅務改製的製定者，為四品道台銜，被左宗棠從湖南調入陝甘，執行新的稅收改製政策。
左宗棠想起一事，心裏忿忿然，問道：“魏道台，那個押運使李國樓，如今到哪了？我怎麼連他的消息也沒有，他難道不用快馬傳遞消息嗎？”
道員魏光燾露出一絲苦笑，回道：“大帥，別提那個押運使李國樓，自以為對社稷有功。把國家財物當做私財，我發文問劼他物資具體數字，他竟然語焉不詳，均以一批，來敷衍我。反而要我們陝西地方為他提供2200人的食宿，1000匹牛馬的飼料，這種公文倒是沒少發，從未看見過有這麼囂張的官。”