靈州一帶回民素聽馬化龍之命，對清政府委派的地方官，極為藐視，不受約束，官長坐視回眾而莫可如何。
馬化龍仍保持相當大的獨立性，地方公事及征收錢糧等向皆由他主持，擁有委任參領、協領以至知州等大小官吏和管理軍政事務之權。馬化龍和他委任的官吏在金積堡地區執行團結漢民和“少殺人”、“重農事”的政策，領導回漢人民興修水利，增加糧食生產，促進了經濟發展，人民生活比較安定，受到當地群眾的信任。
馬化龍有智有謀，在回民中有較高的威望。1862年他領導當地回民起義之後，陝甘回民紛紛投奔金積堡，以致勢力大振，憑借地理優勢，以及民心所向，多次把進攻的清軍打得大敗。他還向大清皇帝獻表、進貢，想以既存事實，讓大清承認金積堡的高度自治。
清廷也曾經和馬化龍求容取媚，熱絡一陣，但那是政治鬥爭的需要。現在清廷騰出手來，再也不肯容忍金積堡獨立於大清體係之外，一個國家哪能有國中之國？可以說大清言而無信，也是政治家謀略應有的胸襟謀略，國家隻講霸權，不講信義。
馬化龍安於現狀，甘於做一路諸侯，勢力沒有向外拓展，沒有在大清疲弱時趁勢坐大，錯失良機。現在隻能以守勢，對付清軍的進攻。
馬化龍知道清王朝決不會允許這種狀況長期存在下去的。因此他一方麵向清朝地方政府輸糧輸款，表示恭順。另一方麵則在金積地區修倉儲糧，築寨建堡，購馬造械，加緊進行防禦清軍進攻的準備。為了壯大自己的力量，馬化龍與河州、西寧、肅州等地的甘肅回民起義軍保持聯係。陝西回民起義軍退入甘肅後，馬化龍不斷在物質上給予幫助，
“陝回敗則資以馬械，陝回窮則助以軍糧”。因此，“自靈寧西達西寧，南通河狄，各回民無不仰其鼻息”。
可以說馬化龍在大清背後使絆子，資助造反的回軍，給清軍造成實際的傷害。
左宗棠對於馬化龍恨之入骨，不除不快。左宗棠還欺騙馬化龍，寫下書信，明白無誤的說：“官軍隻剿陝回，已撫之甘回安居無恐。”
左宗棠讓馬化龍安於現狀，沒有正式和大清翻臉。如今清軍平定董誌原，打通了向金積堡前進的道路，清軍豈肯班師回朝，終於到了刺刀見紅時。
左宗棠向馬化龍攤牌，讓馬化龍的地方武裝放下武器，接受朝廷的招撫。一切準備就緒之後，左宗棠開始向甘肅回軍大舉進攻，矛頭首先指向金積堡。
清軍分兵二路，對金積堡發起進攻，北路清軍由劉鬆山部進抵靈州，派兵攻占吳忠堡東麵的郭家橋。
中路清軍則由固原、平涼北進，左宗棠本人也由涇州進駐平涼。這樣清軍對金積堡形成了大包圍的態勢，準備以雷霆萬鈞之勢，一鼓作氣收複金積堡。
李國樓對於參加圍攻金積堡戰役，其實並不熱絡，所以才會在董誌原留守一個多月，為地方重建出謀劃策。
金積堡地區的一座座石堡大都建造在地勢險要的山坡上，攻打這種堅固的堡壘，挖地道非常緩慢，要用炸藥一點點炸開石洞，炸開一道城牆需要付出艱辛的勞作。清軍若是正麵攀登進攻，隻有用戰士的生命去肉搏戰，這種吃力不討好的戰役，他沒有興趣參加，故此李國樓磨磨蹭蹭不肯離開董誌原。
身處前線的徐占彪認為李國樓有參讚之才，寫信催促他到郭家橋，因為清軍攻打第一座堡壘——吳忠堡，就遇到非常大的困難，戰事進展不利。