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日本寬永十四年秋，島原半島和天草群島出現大範圍饑荒，顆粒無收，餓殍遍野。
守護代鬆倉氏的家督鬆倉勝家，仍按舊例征收年貢，繳納不足者便要處死，多地農民被逼的走頭無路，天草時貞了解的那名死在水牢中的女子，隻是眾多慘案中不起眼的一例罷了。
當最後一名傳教士被燒死後，整個九州島，陷入了一片恐慌，官府逼迫的越緊，人們反而愈加信奉起天主教來。
在這種形勢下，天草時貞根據天主教義，開始重新編寫適合日本國情的教義，這位原名叫作夏天的大明人，為了替死去的千名同鄉報仇，將自己的身份忘掉，轉而投入到利用宗教信仰激起民怨的事情上。
當人掙紮在生死邊緣之時，更願意相信人人平等這種教義，天主信仰開始重新傳播。
八月十九日，鬆倉氏的一名家將在一處村莊中征收年貢時，引發暴動，被饑餓的村民所殺。
八月二十日，該村一百六十七人，被鬆倉勝家派來的軍隊屠殺殆盡，怒火之下，附近幾個村莊也無一幸免。
八月二十七日，島原城外，七百零三名天主教徒被活活燒死，屍體化為炭灰，這七百多人被燒死的地方每到夜間便會傳來隱約的哭聲，被稱為“鬼地”。
九月十三日，天草時貞編寫的新教義在教徒中廣為流傳，教義中有天草時貞加進去的一個故事，“慶長十八年夏，一名神父在被迫離開日本時曾預言：“25年後當出現一位天童，是上帝再世，精通教義，諳魔法，他一定會拯救你們。””，人民根據這段故事的指引，開始彙聚在天草時貞周圍，能控製的力量逐漸增強。
十月初一，島原一名農民角藏，接受教義，渡過鬼池前往天草郡，拜訪了天草時貞，被授稱號修道士，負責在島原傳教。
十月十七日，角藏、三吉全家十八口被守護代的代官林兵右衛門殺死，一時間，怨聲載道。
十月二十日，島原有馬村爆發一揆，林兵右衛門家中被憤怒的農民衝進，當場打死，上千名暴民攻占武器庫，搶了兵器將鬆倉氏本城島原城圍住。
十月二十七日，在天草時貞帶領下，天草群島也爆發土一揆，與島原義軍遙相呼應，大量信奉天主教的浪人和武士開始加入。
十一月十四日，唐津藩的代官三宅重利被義軍殺死，富岡城被圍。
得知島原叛亂，幕府急調重兵前往圍剿，兩處義軍合二為一，殺死原城城主小島五兵衛，退守原城。
原城本為廢城，但城牆土壘尚屬堅固，義軍據城而守，成功打退幕府兩次進攻，第三次攻城時，幕府將領板倉重昌身中流矢而死，幕府軍大敗。
得知板倉重昌死訊，重傷中的德川家光大為惱怒，派老中鬆平伊豆守信綱前往九州統帥各路諸候聯軍，劍聖宮本武藏隨軍。鬆平信綱到來之後，僅僅是派大軍將原城團團圍住，卻一直按兵不動。
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原城，天草時貞見到了一位意想不到的客人。
“早就聽說義軍領袖年青有為，又用兵如神，原來是你啊。一年沒見，居然成了教主，其它鄉親呢？”鍾子悅爽朗的笑著，一把摟住夏天的肩膀。