弘治二年五月，河決開封黃沙岡抵紅船灣，凡六處，入沁河。所經州縣多災，省城尤甚。七月，順、永、河、保四府州縣大水。八月，盧溝河堤壞。四年八月，蘇、鬆、浙江水。五年夏秋，南畿、浙江、山東水。七年七月，蘇、常、鎮三府潮溢，平地水五尺，沿江者一丈，民多溺死。九年六月，山陰、蕭山山崩水湧，溺死三百餘人。十四年五月，貴池水漲，蛟出，淹死二百六十餘人，旁邑十二皆大水。七月，廉州及靈山海漲，淹死百五十餘人。閏七月，瓊山颶風潮溢，平地水高七尺。八月，安、寧、池、太四府大水，蛟出，漂流房屋。十五年七月，南京江水泛溢，湖水入城五尺餘。十七年六月，廬山平地水丈餘，溺死星子、德安民，及漂沒廬舍甚眾。
正德元年六月，陝西徽州河溢，漂沒居民孳畜。二年六月，固原河漲，平地水高四尺，人畜溺死。三年九月，延綏、慶陽大水。五年九月，安、寧、太三府大水，溺死二萬三千餘人。十一月，蘇、鬆、常三府水。六年六月，汜水暴漲，溺死百七十六人，毀城垣百七十餘堵。十二年，順天、河間、保定、真定大水。
鳳陽、淮安、蘇、鬆、常、鎮、嘉、湖諸府皆大水。荊、襄江水大漲。十五年五月，江西大水。十六年七月，遼陽湯跕堡大水決城。
嘉靖元年七月，南京暴風雨，江水湧溢，郊社、陵寢、宮闕、城垣吻脊欄楯皆壞。拔樹萬餘株，江船漂沒甚眾。廬、鳳、淮、揚四府同日大風雨雹，河水泛漲，溺死人畜無算。二年七月，揚、徐複大水。夏、秋間，山東州縣俱大水。八月，蘇、鬆、常、鎮四府大水，開封亦如之。五年六月，陝西五郎壩大水三丈餘，衝決官舍。徐、沛河溢，壞豐縣城。六年秋，湖廣水。十六年秋，兩畿、山東、河南、陝西、浙江各被水災，湖廣尤甚。二十六年七月丙辰，曹縣河決，城池漂沒，溺死者甚眾。二十七年正月，氵幵陽大水沒城。
隆慶元年夏，京師大水。六月，新河鯰魚口沉運船數百艘。是歲，襄陽、鄖陽水。二年七月，台州颶風，海潮大漲，挾天台山諸水入城，三日溺死三萬餘人，沒田十五萬畝，壞廬舍五萬區。三年閏六月，真定、保定、淮安、濟南、浙江、江南俱大水。七月壬午，河決沛縣，自考城、虞城、曹、單、豐、沛至徐州，壞田廬無算。九月，淮水溢，自清河至通濟閘及淮安城西，淤三十裏，決二壩入海。
莒、沂、郯城之水又溢出邳州，溺人民甚眾。四年七月，沙、薛、汶、泗諸水驟溢，決仲家淺等漕堤。八月，陝西大水，河決邳州。五年四月，又決邳州，自曲頭集至王家口新堤多壞。是歲，山東、河南大水。
萬曆元年七月，荊州、承天大水。二年六月，福建永定大水，溺七百餘人。
是歲，海鹽海大溢，死者數千人。八月庚午，淮安、揚州、徐州河溢傷稼。三年四月，淮、徐大水。五月，淮水大決。六月，杭、嘉、寧、紹四府海湧數丈，沒戰船、廬舍、人畜不計其數。八月，淮、揚、鳳、徐四府州大水，河決高郵、碭山及邵家口、曹家莊。九月，蘇、鬆、常、鎮四府俱水。四年正月，高郵清水堤決。九月，河決豐、沛、曹、單。十一月，淮、黃交溢。五年閏八月，徐州河淤，淮河南徙，決高郵、寶應諸湖堤。六年六月，清河水溢。七年五月，蘇、鬆、鳳陽、徐州大水。八月，又水。是歲，浙江大水。九年五月，從化、增城、龍門溪壑泛漲，田禾盡沒，淹死男婦無算。七月，福安洪水逾城，漂沒廬舍殆盡。八月，泰興、海門、如皋大水，塘圩坡埂盡決，溺死者甚眾。十年正月，淮、揚海漲，浸豐利等鹽場三十，淹死二千六百餘人。七月，蘇、鬆六州縣潮溢，壞田禾十萬頃，溺死者二萬人。十一年四月，承天江水暴漲，漂沒民廬人畜無算。金州河溢沒城。十四年夏，江南、浙江、江西、湖廣、廣東、福建、雲南、遼東大水。十五年五月，浙江大水。七月，開封及陝州、靈寶河決。是歲，杭、嘉、湖、應天、太平五府江湖泛溢，平地水深丈餘。七月終，颶風大作，環數百裏，一望成湖。
十六年八月，河決東光魏家口。十七年六月，浙江海沸，杭、嘉、寧、紹、台屬縣廨宇多圮，碎官民船及戰舸，壓溺者三百餘人。十九年六月，蘇、鬆大水，溺人數萬。七月，寧、紹、蘇、鬆、常五府濱海潮溢，傷稼淹人。九月，泗州大水，州治浸三尺。淮水高於城，祖陵被浸。十月，揚州湖淮漲溢，決邵伯堤五十餘丈，高郵南北閘俱衝。二十年夏秋，真、順、廣、大四府水。二十一年五月，邳州、高郵、寶應大水決湖堤。二十二年七月，鳳陽、廬州大水。二十三年四月，泗水浸祖陵。二十四年秋，杭、嘉、湖三府大水。二十九年八月，沔陽大水入城。三十年六月，京師大水。三十一年五月，成安、永年、肥鄉、安州、深澤，漳、滏、沙、燕河並溢，決堤橫流。祁州、靜海圮城垣、廬舍殆盡。六月，泰安大水，淹八百餘人。八月，泉州諸府海水暴漲，溺死萬餘人。三十二年六月，昌平大水，壞各陵橋道。七月，永平、真、保三府俱水，淹男婦無算。八月，河決蘇家莊，淹豐、沛，黃水逆流灌濟寧、魚台、單縣。三十五年六月，黃州蛟起，武昌、承天、鄖陽、嶽州、常德大水，漂沒廬舍。徽州、寧國、太平、嚴州四府山水大湧，漂人口甚眾。閏六月，京師大水，長安街水深五尺。三十七年九月，福建、江西大水。四十一年六月，通惠河決。七月，京師大水。南畿、江西、河南俱大水。