事發後，以色列國防軍總參謀長阿什克納齊說，衝突隻發生在“馬維·馬爾馬拉”號上，不是沒有緣由的，是由對方率先蓄意挑起的，“馬維·馬爾馬拉”號屬於IHH這一“恐怖組織”，另外五艘船運送的則是人道主義救援物資以及和平誌願者。阿什克納齊還告訴媒體說，以軍士兵裝備不足，才導致不幸事件發生。據稱，以軍士兵登船後先使用彩彈槍和煙霧彈，但這些裝備沒起到太大作用，因為不少人配備了防毒麵罩和救生衣。
以色列副外長阿亞隆也在事後的新聞發布會上說，這是一次“有預謀”的“挑釁”，組織者與“基地”組織及哈馬斯有聯係，如果允許船隊通過，將為哈馬斯控製的加沙地帶開辟一條“恐怖分子和武器走私”的“走廊”。
不過，阿拉伯媒體則普遍認為，以色列的“不實之詞”是對真相的歪曲。
還有中東媒體報道說，以色列這次是“中了圈套”，得到了錯誤的情報和錯誤的信息，搜查的結果表明，船上根本就沒有槍支、彈藥和爆炸物品。以色列內部也有官員承認，他們的確得到了錯誤的情報。
以色列有所收斂，但衝擊波並未平息
襲船事件發生後，以色列遭到國際社會的一片譴責，許多國家爆發了大規模的遊行示威。阿拉伯媒體認為，事發地點在遠離加沙海岸120公裏的地中海公海水域，以色列沒有任何理由在公海為所欲為，這樣的做法嚴重違反了國際法。
聯合國人權理事會於6月2日通過決議，決定派遣一個獨立的國際調查團調查這起襲擊事件。
以色列外交部發表聲明，對這項決議表示“遺憾”，認為決議完全是出於“政治目的”。同一天，以色列總理內塔尼亞胡主持召開內閣會議，決定拒絕向“自由加沙運動”承認錯誤；拒絕國際調查，認為以色列自己有能力進行真實可信的獨立調查，無需外部介入。內塔尼亞胡辦公室的發言人馬克·雷格夫6月3日透露，以軍方已經著手調查這次行動，而且這種調查是“專業、迅速、客觀和全麵的”。
事發後，美國很氣惱，白宮要求就該行動展開調查，建議以政府成立一支有美國觀察員參與的獨立調查組。聞此，內塔尼亞胡趕緊派代表赴華盛頓，解釋其立場。美國總統國家安全事務助理瓊斯與以色列官員進行了長達數小時的會晤，奧巴馬也與內塔尼亞胡數次通電話。據悉，美國對以色列表示不滿，並正在考慮針對哈馬斯的新政策，即在保障以色列安全的情況下，要求以色列鬆動對加沙的封鎖，使生活物資得以進入加沙。
美國國務院發言人克勞利6月2日透露說，在此事件之前，美國曾通過數個渠道多次警告以色列慎用武力，因為船隊人員為平民，其中包括美國公民。但以色列置若罔聞。
事發後的6月1日，“自由加沙運動”宣布，另一艘名為“雷切爾·科裏”號的貨輪將搭載1.2萬噸物資，從意大利東部海域出發，駛向加沙。“自由加沙運動”創立人之一格蕾塔·伯林說，5月31日的流血事件不會阻止誌願者為加沙民眾提供援助的決心。她強調說，誌願者清楚麵臨的風險，但對加沙的救援不會停止。“我們希望以色列了解一些常識，那就是他們必須停止對加沙封鎖。我們實現這一目標的途徑之一就是派出船隻。”
“雷切爾·科裏”號救援船來自愛爾蘭，原計劃與5月31號被以軍攔截的六艘船同行，但因故障取消了行程。6月5日清晨，“雷切爾·科裏”號遭到以色列海軍三艘軍艦的尾隨和攔截。以色列海軍控製這艘船後，將其押往以南部港口阿什杜德，船上所載一應物品在接受嚴格檢查後，才被獲準運進加沙。
顯然，這一次以色列吸取了上次的教訓，及時甚至是高調地發布消息，以免陷入被動。以色列媒體報道說，以色列士兵是在得到對方“完全同意”的情況下才登船的，登船後船員“服從以軍命令”，沒有發生任何衝突。