鴻臚寺丞李可灼是個五十開外的老人，他舉止飄逸，確有點道骨仙風。所進的“仙丹”盛在一個十分古樸的錦匣內。據李可灼講：此仙丹乃是他年輕時在峨眉山采藥時得遇一位仙長所贈，所用藥料均采自神府仙境，能治百病。
泰昌帝顯得比前幾天更消瘦了，體質虛弱。但他的神誌十分清楚，見方從哲進來就問：“仙丹可曾帶來？”方從哲跪著奏道：“李可灼已攜仙藥進宮，究竟能否治病，臣尚不敢妄言，請皇上明斷。”這時，李可灼也捧著“仙丹”跪在後麵。泰昌帝示意把藥呈上來。李可灼見周圍大臣有疑慮神色，先自服一丸，大臣們方才放心。而泰昌帝一見仙藥，於是命人取水來，急匆匆地把藥吞下去了。
過了會兒，泰昌帝睜開雙眼，坐了起來，好像一下子健康了許多，臉上露出了笑容，連誇：“果然是仙藥，仙藥!”又稱讚道：“李可灼是個大忠臣。”說罷探出身來叫道：“李可灼!”李可灼伏地輕應：“微臣在。”泰昌帝說：“朕服仙丹果然奏效，請你明天再進一丸來，大概就可痊愈了。”李可灼答道：“臣家中尚有一丸仙丹，但仙長曾指點過，需在第一丸後三天再進第二丸，臣當於三天後再獻靈藥。”泰昌帝說：“朕病好後，一定給你加官晉爵。”
自吃了李可灼的“仙丹”後，泰昌帝的病好似一下子被驅走了一半。兩天來，他除了時常坐在龍案前養神外，居然還有兩次走出了殿門。
三天前在皇上的催逼下，方從哲引李可灼進宮獻藥，雖然當時就收到了效果，但憑他多年的閱曆，總覺得這似乎是心理作用所致，並不一定是藥的神效。回到府中後，就有幾位心腹幕僚前來打聽情況，他們都勸方從哲不要再引李可灼進宮。尤其是太醫院的幾位太醫異口同聲否定“仙丹”的作用，他們表示，如果首輔再引人送什麼“仙丹”，他們就集體辭職了。
第三天一早，泰昌帝就派人催仙藥，並發下聖諭，如果內閣阻攔進藥，就以抗旨欺君論處。他才無可奈何地將李可灼召到內閣，再三叮問，李可灼力保仙丹有神效，方從哲這才拉上韓火廣一同陪李可灼進宮。
李可灼看泰昌帝服罷藥，跪請他上床休息，泰昌帝卻不在乎地擺了擺手說：“用不著，朕今天精神很好，李愛卿獻藥有功，來日定當封賞。”
泰昌帝剛剛說完這番話，便在當天夜裏一命嗚呼了……
本來已經康複了的泰昌帝，服了一粒並非禦醫進呈的紅丸，在夜裏猝然死去。方從哲已預料到明早就會有無數指劾他的奏本飛進來，弄不好很可能被扣上一頂“弑君”的帽子。按明朝舊例，皇帝駕崩，遺詔需由內閣首輔代擬。方從哲想來想去，覺得隻有利用擬遺詔的機會，申明服用紅丸是皇帝自己的意見，把責任一股腦推到大行皇帝身上才算上策。
果不出方從哲所料，泰昌帝的暴卒引起了整個朝廷的注意，要追查皇帝死因的奏折兩天之內就達數百件。其中有的奏本已經公開指出，給泰昌帝服瀉藥的內侍崔文升，最初曾在鄭貴妃屬下任職，後來才由鄭貴妃轉薦給泰昌帝。崔文升竟敢用瀉藥摧殘先皇，其背後必有人指使。
於是方從哲迫不及待地征得了閣臣同意，頒布了由他親筆起草的遺詔。遺詔中以大行皇帝的口吻誇獎李可灼，並詔賜銀幣。遺詔一下，群情鼎沸，朝臣們都知道遺詔出自首輔之手，無形中更把方從哲與紅丸案緊密聯係在一起了。
十月中旬，追查“紅丸案”的呼聲達到最高潮，禮部尚書孫慎行和左都禦史鄒元標上了兩道令人矚目的奏疏，孫慎行指出：“從哲縱無弑君之心，卻有弑君之罪。欲辭弑之名，難免弑之實。”這給追查“紅丸案”元凶定了基調。
方從哲思來想去，他寫了一道很長的奏本，一麵仔細為自己辯解，一麵十分誠懇地提出了退隱的要求。方從哲奏本遞上去不到十天，天啟皇帝的批準諭旨就下來了。十一月初，這位執政八年的老臣，離開了京城。
泰昌帝的猝逝，使得禦史鄭宗周、南京太常寺少卿曹珍等指此一事件與多年前的“梃擊案”出於同一“奸謀”，即有人必置光宗其人於死地；刑部主事王之采更直指光宗之死與鄭氏、光宗寵妃李氏等陰謀奪權有關。
泰昌帝繼位一個月即駕崩，加之朝廷內黨派紛爭激烈，使得關於此案的議論甚囂塵上，並且多少帶著東林黨借機伐異的意味。這些議論圍繞著泰昌帝的死因展開，方從哲、李可灼、崔文升等皆成為眾矢之的。