文官官製改革比起軍製改革來複雜得多。沒有辦法，這一改革直接關係著百萬讀書人的利益，任改改動都影響著無數學子的命運，稍有不慎就可能引發災難性後果。元朝是怎麼完蛋的？原因有很多，其中最重要的一條就是降低了讀書人的地位，將讀書人打成了老九————差不多是跟乞丐、娼妓的地位差不多了。那些讀書人沒了出路，自然要造反的，偏偏元朝又很能作死，所以這個超級大國一下子就被弄死了，渣都沒剩下來。所以到了明朝中葉，大家明知道現有的製度有很大問題也不敢去動，寧可抱殘守缺混下去也不敢改革，害怕重蹈元朝的複轍呢。
不過朱聿鍵沒有這方麵的顧慮。這一仗把大半個大明給打爛了，沒了那麼多壇壇罐罐，他反而可能放開手腳，大刀闊斧的進行改革，而崇禎就絕對做不到。他比崇禎更有優勢的地方就在於，他長時間生活在民間，對大明現行的製度的弱點看得一清二楚，而崇禎能看到的隻有紫禁城這一方天地，知道有問題，卻不知道問題出在哪裏。
隆武新政關於文官官製改革的第一條就是，廢除次輔和樞輔，首輔改名為首相，內閣最高權力係於首相一身。首相由軍政兩界最傑出的人才競選產生，皇帝無權任命，不得幹涉競選，不管選上來的是誰，隻要程序合法，皇帝都必須予以承認。同樣，皇帝也無權罷免首相，如果首相有大的過錯，可以向皇帝提出辭職，皇帝隨意罷免首相是違反憲法的，內閣不會通過。這一條得到眾多文官的一致同意，撤掉次輔和樞輔讓首相少了很多掣肘，可以集中精力去幹自己想幹的事情，而大明的首輔絕大多數精力都用來防自己人和整自己人上麵了，這很不好。皇帝不得任命、罷免首相這一條更是大妙，崇禎這些年都他娘的換了多少個首輔啦？唯一不妙的是，這極大地限製了皇帝的權力，差不多把皇帝給架空了……但是對於大明來說這根本就不算個事，皇帝被架空那是常態，現在隻不過是把這種常態程序化、合法化而已！
原本首輔下轄的四部，兵部改為軍部，主管全國軍事，由兩位元帥掌握這一部門，文官無權插手。吏部原有權限不改，工部則細分開來，分為農業部、工業部、水利部、交通部，分別負責農業生產、工業發展、水利工程、修建道路和橋梁，這四個部門平級，不分大小。兵杖局改名為軍工部，劃歸軍部，負責研製和生產武器裝備，直接對軍隊負責，內閣無權插手軍工研究和生產，否則等同於幹涉軍事。戶部拆分為國土資源部、統計部、稅務部、財政部，分別負責管理全國國土資源、統計人口數據和田畝數據、征稅以及財政收支管理，以上四部都是平級，各自負責自己部門的事情，哪個部門出了問題，內閣直接找該部門老大算賬，他們還想像以前有個戶部那樣什麼都往戶部尚書身上推，再由戶部尚書和稀泥，那是不可能的。同時還要成立教育部，專門負責推行全國性的義務教育和高等教育，教育部同樣跟以上八個部門平級。
這些部門再加上軍部，基本上構成了帝國的框架。
九部之下就是省級官員了。省級官員撤掉巡撫和巡按，一省大權歸於總督一身。總督之下設人事部、交能部、水利部、工業部、國土資源部、統計部、稅務部、財政部、教育部，除此之外還要設立衛生部和法院。尤其是衛生部，非常重要，除了培養醫學人才、開設醫院之外，防止瘟疫，一個地方如果發生了大規模疫情沒有得到有效控製，中央直接找總督算賬，總督則會在自己完蛋之前先把衛生部部長掐死。府、縣兩級行政機構的結構跟省級基本一樣，隻是級別低了而已。這一輪改革下來，讓每一個縣都具備了相對獨立的行政行力，就算是世界末日到了，各地方也可以依靠原有的行政體係迅速作出反應，從而避免以前那種一旦皇帝被打掉整個帝國就完蛋的操蛋格局。
縣以下就是鎮、鄉、村三級行政機構了。帝國新政規定，鄉長和村長必須由競選產生，鎮長由縣官任命，鄉長和村長競選的結果必須得到縣官的承認，縣官任命的鎮長必須得到縣公民代表大隊和知府的承認，否則就是違法的。這一舉措直接打破了皇權不下鄉的格局。以前鄉鎮一級基本上都是地方宗族說了算，皇權能管到的，頂多也就是縣一級而已，縣以下的完全是獨立王國，現在還想玩這套可就行不通了。同時新政還規定，鄉長、鎮長有權競選縣長，隻要他的政績足夠出色。而當上了縣長之後，基本上就是天高海闊了。這一條是安地方宗族勢力的心的，總得給人家一個上升渠道吧？