接著美國陸軍部，在菲律賓設立軍官區，不過就在各國準備看遠東該如何應對的時候，遠東和俄國，在朝鮮漢城簽訂多項雙方海軍秘密協定。
遠東的強硬和沙俄的聯盟，讓各國感到了強烈的不滿意，接著他們就加大了對清政府的施壓，5月20日列強駐京使團，召開特別會議，隨後強烈要求清政府鎮壓義和團運動，21日英、美、法、德各駐華公使再次照會清政府，敦促嚴厲鎮壓義和團及懲辦鎮壓不力的官吏。
而清政府則是立即下令嚴禁義和團，先後派出多批軍隊參與鎮壓，數千義和團在石亭設伏擊斃楊福同，被稱為淶水大捷，這次戕官事件使清廷大為震驚，隨後直隸中部蘆保鐵路沿線，約3萬義和團占據了涿州城，知州龔蔭培無計可施，便絕食坐以待斃，這是義和團占據和控製的第一個州城，在此之後，清政府又派出聶士成等參與鎮壓，與義和團多次交戰，但此時直隸地區的義和團運動已呈現出誅不勝誅的局麵。
義和團的迅猛發展，使各國列強大為恐慌，他們紛紛要求清政府采取措施消滅義和團，在外國勢力的壓力下，實際掌握政局的慈禧太後，多次發布嚴禁義和團的上諭，並組織軍隊進行圍剿，但由於多種原因，一時難以撲滅義和團，在北京西什庫教堂，當時是外國天主教的總堂，主教樊國梁的建議下，各國列強遂計劃於5月28日派出使館衛隊進入北京。
不過立即遭到了清政府拒絕，最後在5月31日被迫於同意，但提出“以二三十人為率”，結果列強先後派出400多人進京，大大超出了清政府的限製，後來列強又派遣西摩爾帶領2000人前往北京，這些行為對清政府形成了嚴重威脅。
列強向北京強行進軍和義和團抵禦外國軍隊，使清廷對義和團的態度開始出現轉變，麵對列強咄咄逼人的態勢，清廷內部主和與主戰，主剿與主撫的分歧更加嚴重，清政府於6月5日派趙舒翹和何乃瑩，去涿州“勸散”義和團，不過逐漸清政府開始承認義和團為合法組織，這種態度直接導致6月初義和團大量進入北京。
在初期，義和團與北京的外國人關係緊張，但並未發生大規模流血事件。
對此，清政府一麵繼續發布鎮壓義和團的命令以消除列強派兵的理由，一麵又調集軍隊進入北京以防不測，對外國人抱有敵意的董福祥所率領的武衛後軍（甘軍）即在6月9日被調入北京駐守，6月11日，日本書記官杉山彬前去迎接入京的西摩爾聯軍，在永定門外被甘軍所殺，事後，大臣榮祿親赴日本使館道歉。
6月12日，北京東華門外教堂起火，不少教民牽而北去，這是義和團入京第一次有關事件，隨後北京的局勢迅速惡化；6月14日，克林德帶領水手一排行於內城之上，發現有義和團練習，即毫不遲疑發令開槍，當場打死二十餘人；15日，義和團圍攻北京西什庫大教堂，6月17日，八國聯軍突然出兵攻占大沽炮台，當天遠東宣布進入一級戰略態勢，駐防朝鮮的5個陸軍野戰軍和東北野戰集團軍，在鴨綠江邊境整裝待命。